Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F17 I0 R2
|
276 |
45.3 |
3729697 |
93.0% |
3468618 |
60.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
4,549,768 |
C→T |
45.8% |
intergenic (+57/‑10) |
fimC → / → fimD |
chaperone, periplasmic/outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 4,549,768 | 0 | C | T | 45.8%
| 12.2
/ 62.9
| 48 | intergenic (+57/‑10) | fimC/fimD | chaperone, periplasmic/outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/12); new base T (8/14); total (22/26) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.83e-01 |
AATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATAT > W3110S.gb/4549702‑4549830
|
aaTGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCTGGGTGATTTTAAGCCgg < 1:3206621/69‑1 (MQ=255)
ggAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCggagg < 1:2624580/69‑1 (MQ=255)
tAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGaata > 1:2400416/1‑69 (MQ=255)
tAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGaata > 1:2326392/1‑69 (MQ=255)
aCGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGATTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGaataat > 1:2106641/1‑69 (MQ=255)
aCGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGATTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGaataa > 1:1325500/1‑68 (MQ=255)
gCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGt < 1:358202/69‑1 (MQ=255)
gCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGt < 1:3472416/69‑1 (MQ=255)
tttttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGATGGAGGAATAATGTCATATCTGaa < 1:1735797/69‑1 (MQ=255)
tttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAAt > 1:985257/1‑68 (MQ=255)
tttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAAt > 1:443279/1‑68 (MQ=255)
tttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAAt > 1:2984713/1‑68 (MQ=255)
cTGAATAAAAAGAATTGATTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGAc < 1:3272264/69‑1 (MQ=255)
cTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGa < 1:1601793/68‑1 (MQ=255)
aaTAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACttt > 1:3432262/1‑69 (MQ=255)
tAAAAAGAATTGACTGCTGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACttt < 1:2747717/67‑1 (MQ=255)
tAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGTAGGAATAATGTc < 1:501495/47‑1 (MQ=39)
tAAAAAGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTc > 1:2869744/1‑47 (MQ=255)
aaaaaGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTAcc < 1:813075/69‑1 (MQ=255)
aaaaaGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGt > 1:1475581/1‑45 (MQ=255)
aaaaaGAATTGACTGCCAGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGt > 1:2941259/1‑45 (MQ=255)
tGACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAaca < 1:260072/69‑1 (MQ=255)
gACTGCCGGGTGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAaca > 1:3100604/1‑68 (MQ=255)
cTGCCGGGTGATATTAAGCTGGATGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacaca < 1:393310/68‑1 (MQ=255)
gCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACaa < 1:1947349/69‑1 (MQ=255)
gggTGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATg < 1:2497964/68‑1 (MQ=255)
aggTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAATCACACAATg < 1:3274240/67‑1 (MQ=255)
aggTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATg < 1:3478008/67‑1 (MQ=255)
ggTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGa > 1:873672/1‑56 (MQ=255)
tGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacacac < 1:642632/61‑1 (MQ=255)
tGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacacac < 1:3413196/61‑1 (MQ=255)
tGATTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacacac < 1:2335510/61‑1 (MQ=255)
aTTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCa < 1:313236/69‑1 (MQ=255)
aTTTTAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCa < 1:1397496/69‑1 (MQ=255)
aTTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCa < 1:1412674/69‑1 (MQ=255)
aTTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCa < 1:2980694/69‑1 (MQ=255)
ttAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacaca < 1:145542/55‑1 (MQ=255)
ttAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacaca < 1:144938/55‑1 (MQ=255)
ttAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacaca < 1:2540471/55‑1 (MQ=255)
ttAAGCTGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCatat > 1:482113/1‑69 (MQ=255)
ttAAGCCGGAGGTATAATGTCATATCTGAATATAACACt > 1:763498/1‑39 (MQ=37)
ttAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGa > 1:488674/1‑49 (MQ=255)
ttAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGa > 1:2702255/1‑49 (MQ=255)
ttAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGa > 1:1773987/1‑49 (MQ=255)
ttAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCatat > 1:3240269/1‑69 (MQ=255)
ttAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCatat > 1:2573042/1‑69 (MQ=255)
ttAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCatat > 1:723467/1‑69 (MQ=255)
ttAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCatat > 1:1012356/1‑69 (MQ=255)
|
AATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATAT > W3110S.gb/4549702‑4549830
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
