Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F1 I0 R1 4577 57.4 3436498 77.7% 2670158 63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 424,941 T→C 27.9% K371R (AAG→AGG)  nagA ← N‑acetylglucosamine‑6‑phosphate deacetylase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE424,9410TC27.9% 123.6 / 50.9 118K371R (AAG→AGG) nagAN‑acetylglucosamine‑6‑phosphate deacetylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (41/44);  new base C (25/8);  total (66/52)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.60e-03
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 118 total aligned reads displayed.

GCTTGTCCGCCTGGTGTCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTGCGGCGAGTGTGCCGA  >  minE/424876‑425007
                                                                 |                                                                  
gCTTGTCCGCCTGGTGTCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTg                                                                  >  1:2912561/1‑68 (MQ=255)
gCTTGTCCGCCTGGTGTCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTg                                                                  >  1:626842/1‑68 (MQ=255)
 cTTGTCCGCCTGGTGTCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGt                                                                <  1:2496299/69‑1 (MQ=255)
               gtCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAg                                                  >  1:2922037/1‑69 (MQ=255)
               gtCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAg                                                  >  1:2204683/1‑69 (MQ=255)
               gtCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAg                                                  >  1:3368722/1‑69 (MQ=255)
               gtCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAg                                                  >  1:2765948/1‑69 (MQ=255)
               gtCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAg                                                  >  1:1786628/1‑69 (MQ=255)
               gtCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAg                                                  >  1:429105/1‑69 (MQ=255)
               gtCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTAACGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAg                                                  >  1:1772349/1‑69 (MQ=255)
               gtCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACATCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAg                                                  >  1:1022285/1‑69 (MQ=255)
                tCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAgg                                                 >  1:1152045/1‑69 (MQ=255)
                tCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAgg                                                 >  1:506093/1‑69 (MQ=255)
                  aTACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGgt                                                >  1:1315809/1‑68 (MQ=255)
                  aTACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGgt                                                >  1:2859266/1‑68 (MQ=255)
                  aTACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGgt                                                >  1:2695571/1‑68 (MQ=255)
                  aTACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGgt                                                >  1:2341085/1‑68 (MQ=255)
                    aCTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCCGGtgtg                                             <  1:440001/69‑1 (MQ=255)
                    aCTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGtgtg                                             <  1:1642617/69‑1 (MQ=255)
                    aCTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGtgtg                                             <  1:2594079/69‑1 (MQ=255)
                    aCTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGtgtg                                             <  1:3080991/69‑1 (MQ=255)
                    aCTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGtgtg                                             <  1:696423/69‑1 (MQ=255)
                    aCTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGtgtg                                             <  1:1142771/69‑1 (MQ=255)
                     cTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGtgtg                                             <  1:1420440/68‑1 (MQ=255)
                     cTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGa                                            >  1:2660014/1‑69 (MQ=255)
                     cTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGa                                            >  1:1717459/1‑69 (MQ=255)
                     cTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGa                                            >  1:1544328/1‑69 (MQ=255)
                     cTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGa                                            >  1:1975615/1‑69 (MQ=255)
                     cTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGa                                            >  1:1796548/1‑69 (MQ=255)
                     cTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGa                                            >  1:2703277/1‑69 (MQ=255)
                      tttCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGaa                                           >  1:2533506/1‑69 (MQ=255)
                      tttCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGaa                                           >  1:2111675/1‑69 (MQ=255)
                      tttCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGaa                                           >  1:2010988/1‑69 (MQ=255)
                      tttCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGaa                                           >  1:11578/1‑69 (MQ=255)
                      tttCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGaa                                           >  1:2785652/1‑69 (MQ=255)
                      tttCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGaa                                           >  1:1046453/1‑69 (MQ=255)
                      tttCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGaa                                           >  1:2926460/1‑69 (MQ=255)
                            ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGaa                                           >  1:1478787/1‑63 (MQ=255)
                            ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGATTGCa                                       >  1:3323762/1‑67 (MQ=255)
                            ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa                                       >  1:1003070/1‑67 (MQ=255)
                            ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa                                       >  1:3128905/1‑67 (MQ=255)
                            ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa                                       >  1:2399952/1‑67 (MQ=255)
                            ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa                                       >  1:864845/1‑67 (MQ=255)
                            ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa                                       >  1:364051/1‑67 (MQ=255)
                            ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa                                       >  1:989602/1‑67 (MQ=255)
                            ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa                                       >  1:3258089/1‑67 (MQ=255)
                            ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa                                       >  1:1669204/1‑67 (MQ=255)
                            ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa                                       >  1:1148028/1‑67 (MQ=255)
                            ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa                                       >  1:1407694/1‑67 (MQ=255)
                            ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa                                       >  1:1562934/1‑67 (MQ=255)
                            ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa                                       >  1:1062635/1‑67 (MQ=255)
                            ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa                                       >  1:1946882/1‑67 (MQ=255)
                            ttATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCa                                       >  1:1320980/1‑67 (MQ=255)
                              aTTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGtgtg                                             >  1:293696/1‑59 (MQ=255)
                              aTTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa                                   >  1:1764627/1‑69 (MQ=255)
                                tGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa                                   <  1:2371843/67‑1 (MQ=255)
                                tGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa                                   <  1:3115756/67‑1 (MQ=255)
                                tGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa                                   <  1:2898142/67‑1 (MQ=255)
                                tGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa                                   <  1:1058372/67‑1 (MQ=255)
                                tGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa                                   <  1:2233760/67‑1 (MQ=255)
                                tGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa                                   <  1:1421195/67‑1 (MQ=255)
                                 gAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa                                   <  1:3242690/66‑1 (MQ=255)
                                 gAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa                                   <  1:975808/66‑1 (MQ=255)
                                 gAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCa                                   <  1:553919/66‑1 (MQ=255)
                                     tACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGc                            <  1:1035575/69‑1 (MQ=255)
                                      aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt                           <  1:3124237/69‑1 (MQ=255)
                                      aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt                           <  1:1545108/69‑1 (MQ=255)
                                      aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt                           <  1:292116/69‑1 (MQ=255)
                                      aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt                           <  1:679205/69‑1 (MQ=255)
                                      aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt                           <  1:2851004/69‑1 (MQ=255)
                                      aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt                           <  1:1829986/69‑1 (MQ=255)
                                      aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt                           <  1:1847316/69‑1 (MQ=255)
                                      aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt                           <  1:2171068/69‑1 (MQ=255)
                                      aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt                           <  1:2213113/69‑1 (MQ=255)
                                      aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt                           <  1:2358508/69‑1 (MQ=255)
                                      aCGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATACAGTCAGGTTGGCt                           <  1:2829030/69‑1 (MQ=255)
                                       cGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCt                           <  1:510661/68‑1 (MQ=255)
                                          ccTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACtt                       <  1:3252867/69‑1 (MQ=255)
                                          ccTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACtt                       <  1:258591/69‑1 (MQ=255)
                                          ccTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACtt                       <  1:3284743/69‑1 (MQ=255)
                                          ccTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACtt                       <  1:1608759/69‑1 (MQ=255)
                                          ccTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACtt                       <  1:1977116/69‑1 (MQ=255)
                                           cTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTgg                             >  1:711449/1‑62 (MQ=255)
                                           cTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACttt                      >  1:898103/1‑69 (MQ=255)
                                           cTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACttt                      >  1:1457456/1‑69 (MQ=255)
                                           cTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACttt                      <  1:3304803/69‑1 (MQ=255)
                                           cTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACttt                      >  1:2638614/1‑69 (MQ=255)
                                           cTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACttt                      >  1:1613722/1‑69 (MQ=255)
                                           cTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACttt                      >  1:759435/1‑69 (MQ=255)
                                           cTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACtt                       >  1:655013/1‑68 (MQ=255)
                                           cTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGATACtt                       >  1:2432322/1‑68 (MQ=255)
                                           cTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACtt                       <  1:3375781/68‑1 (MQ=255)
                                           cTCGTTACCGTTAACGATGGTCCTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACtt                       <  1:358334/68‑1 (MQ=255)
                                                    gTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTgcggc             <  1:1681934/69‑1 (MQ=255)
                                                    gTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTgcggc             <  1:454433/69‑1 (MQ=255)
                                                    gTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTgcggc             <  1:1507155/69‑1 (MQ=255)
                                                          gATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTGCGGCGAgtg        <  1:1736992/68‑1 (MQ=255)
                                                          gATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTGCGGCGAgtg        <  1:3021046/68‑1 (MQ=255)
                                                            tGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTGCGGCGAGtgtg      >  1:986407/1‑68 (MQ=255)
                                                                cTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTGCGGCGAGTGTGCCga  <  1:3382873/68‑1 (MQ=255)
                                                                 |                                                                  
GCTTGTCCGCCTGGTGTCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTGCGGCGAGTGTGCCGA  >  minE/424876‑425007

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A