Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
728,796 |
T→G |
27.4% |
S261S (TCT→TCG) |
fabH → |
3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthase III |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 728,796 | 0 | T | G | 27.4%
| 105.2
/ 53.4
| 91 | S261S (TCT→TCG) | fabH | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthase III |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/35); new base G (18/7); total (49/42) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGGTTCCGCATCAGGCTAACCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCCTCTGTCCCGTGCGCG > minE/728735‑728862
|
tggTTCCGCATCAGGCTAACCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGAt < 1:3133094/68‑1 (MQ=255)
tggTTCCGCATCAGGCTAACCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGAt < 1:2730181/68‑1 (MQ=255)
tggTTCCGCATCAGGCTAACCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGAt < 1:307038/68‑1 (MQ=255)
cATCAGGCTAACCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCgt < 1:65188/68‑1 (MQ=255)
aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATa > 1:133811/1‑52 (MQ=255)
aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCgtggtgcc > 1:1290415/1‑63 (MQ=255)
aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTTGTGAc > 1:1219238/1‑65 (MQ=255)
aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGAc > 1:902677/1‑65 (MQ=255)
aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGAc > 1:950128/1‑65 (MQ=255)
aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGAc > 1:1921928/1‑65 (MQ=255)
aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGAc > 1:300978/1‑65 (MQ=255)
aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGAc > 1:3075857/1‑65 (MQ=255)
aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGAc > 1:3097888/1‑65 (MQ=255)
aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGAc > 1:321110/1‑65 (MQ=255)
cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCTTGGTGACGCTgg < 1:1893595/67‑1 (MQ=255)
cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:3086387/67‑1 (MQ=255)
cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:3082325/67‑1 (MQ=255)
cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:1060854/67‑1 (MQ=255)
cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:902953/67‑1 (MQ=255)
cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:2931840/67‑1 (MQ=255)
cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:3302519/67‑1 (MQ=255)
cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:2768262/67‑1 (MQ=255)
cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:466880/67‑1 (MQ=255)
cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:1154931/67‑1 (MQ=255)
cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:1435035/67‑1 (MQ=255)
cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:1240042/67‑1 (MQ=255)
cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:1053448/67‑1 (MQ=255)
tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGCCGCTGGATc > 1:2299305/1‑69 (MQ=255)
tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:3433075/1‑69 (MQ=255)
tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2511058/1‑69 (MQ=255)
tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:3252856/1‑69 (MQ=255)
tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:1281828/1‑69 (MQ=255)
tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:451776/1‑69 (MQ=255)
tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:16297/1‑69 (MQ=255)
tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:920628/1‑69 (MQ=255)
tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2291995/1‑69 (MQ=255)
tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:1361382/1‑69 (MQ=255)
gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAATCTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGAGGCTGGATc > 1:846608/1‑68 (MQ=255)
gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCgtg > 1:1628762/1‑55 (MQ=255)
gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:493273/1‑68 (MQ=255)
gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:1949864/1‑68 (MQ=255)
gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2986424/1‑68 (MQ=255)
gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:154826/1‑68 (MQ=255)
gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:3396259/1‑68 (MQ=255)
gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:607447/1‑68 (MQ=255)
gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2702093/1‑68 (MQ=255)
gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:403235/1‑68 (MQ=255)
gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2497571/1‑68 (MQ=255)
gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2457599/1‑68 (MQ=255)
gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:239314/1‑68 (MQ=255)
gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2343562/1‑68 (MQ=255)
gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2255778/1‑68 (MQ=255)
gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2228802/1‑68 (MQ=255)
gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2170620/1‑68 (MQ=255)
gCGTATTATCAGAGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2267327/1‑68 (MQ=255)
tattatCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGc < 1:1276582/67‑1 (MQ=255)
tattatCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGc < 1:739628/67‑1 (MQ=255)
ttatCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCAc > 1:70631/1‑68 (MQ=255)
ttatCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCAc > 1:497202/1‑68 (MQ=255)
atCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCgtggt < 1:3040196/50‑1 (MQ=255)
atCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCgtggt < 1:1724664/50‑1 (MQ=255)
atCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCgtggt < 1:1930661/50‑1 (MQ=255)
atCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCgtggt < 1:2570853/50‑1 (MQ=255)
atCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGt < 1:3377613/69‑1 (MQ=255)
atCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGt < 1:2681054/69‑1 (MQ=255)
atCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGt < 1:244095/69‑1 (MQ=255)
atCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGATGACGCTGGATCGCCACGGt < 1:1476030/69‑1 (MQ=255)
tGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATAc < 1:2721878/69‑1 (MQ=255)
tGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATAc < 1:996354/69‑1 (MQ=255)
cAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACCCTGGATCGCCACGGTAATACct > 1:2720754/1‑69 (MQ=255)
aaaaCTCTGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctc < 1:756828/69‑1 (MQ=255)
aaaaCTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctc < 1:807278/69‑1 (MQ=255)
aaaaCTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctc < 1:2135022/69‑1 (MQ=255)
aaaaCTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctc < 1:382120/69‑1 (MQ=255)
aaaaCTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctc < 1:453270/69‑1 (MQ=255)
aaaaCTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctc < 1:2886679/69‑1 (MQ=255)
aaaCTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctct < 1:644860/69‑1 (MQ=255)
aaaCTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctct < 1:1272171/69‑1 (MQ=255)
aaaCTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctct < 1:235146/69‑1 (MQ=255)
aaaCTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctct < 1:725559/69‑1 (MQ=255)
aaaCTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctct < 1:794852/69‑1 (MQ=255)
aaaCTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctct < 1:3075654/69‑1 (MQ=255)
cGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctct < 1:3432524/64‑1 (MQ=255)
tCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCCTCTGTCCCGTgcgcg > 1:2132653/1‑69 (MQ=255)
tCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCCTCTGTCCCGTgcgcg > 1:2373343/1‑69 (MQ=255)
tCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCCTCTGTCCCGTgcgcg > 1:3022932/1‑69 (MQ=255)
tCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCCTCTGTCCCGTgcgcg > 1:3049372/1‑69 (MQ=255)
tCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCCTCTGTCCCGTgcgcg > 1:1502287/1‑69 (MQ=255)
tCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCCTCTGTCCCGTgcgcg > 1:3082412/1‑69 (MQ=255)
tCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCCTCTGTCCCGTgcgcg > 1:1392259/1‑69 (MQ=255)
tCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCCTCTGTCCCGTgcgcg > 1:516422/1‑69 (MQ=255)
|
TGGTTCCGCATCAGGCTAACCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCCTCTGTCCCGTGCGCG > minE/728735‑728862
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
