Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
749,132 |
T→C |
36.5% |
K166K (AAA→AAG) |
ycfS ← |
conserved hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 749,132 | 0 | T | C | 36.5%
| 29.2
/ 30.4
| 52 | K166K (AAA→AAG) | ycfS | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/15); new base C (12/7); total (30/22) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
ATGATGGCCCATTGGGTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTG > minE/749069‑749198
|
atgatgGCCCATTGGGTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTtata < 1:2868635/69‑1 (MQ=255)
atgatgGCCCATTGGGTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTtata < 1:1249325/69‑1 (MQ=255)
atgatgGCCCATTGGGTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTtata < 1:3156417/69‑1 (MQ=255)
cATTGGGTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGcgcg < 1:734711/69‑1 (MQ=255)
cATTGGGTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGcgcg < 1:3022119/69‑1 (MQ=255)
cATTGGGTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGcgcg < 1:2003491/69‑1 (MQ=255)
gggTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACg < 1:2478226/59‑1 (MQ=255)
gggTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACg < 1:2117061/59‑1 (MQ=255)
gggTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACg < 1:1290839/59‑1 (MQ=255)
gggTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACg < 1:3151993/59‑1 (MQ=255)
gggTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACg < 1:1891946/59‑1 (MQ=255)
gggTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATg < 1:1870067/69‑1 (MQ=255)
tccagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTgg > 1:1003821/1‑69 (MQ=255)
cagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCttt > 1:3301750/1‑40 (MQ=255)
cagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACgg > 1:2432892/1‑47 (MQ=255)
cagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCgg > 1:3099199/1‑53 (MQ=255)
cagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCg > 1:159926/1‑69 (MQ=255)
cagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCg > 1:3395005/1‑69 (MQ=255)
cagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCg > 1:2743052/1‑69 (MQ=255)
cagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCg > 1:2560773/1‑69 (MQ=255)
aCTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGcgcg < 1:1334909/44‑1 (MQ=255)
aCCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTggg > 1:1705995/1‑69 (MQ=255)
ccGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGt > 1:3185245/1‑69 (MQ=255)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:823050/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:50647/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:546996/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:2565187/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:103321/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:1204525/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:2330652/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:2197876/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:1768602/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:2030685/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGt > 1:1275993/1‑67 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGt > 1:328981/1‑67 (MQ=37)
ggCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCa < 1:2360847/69‑1 (MQ=255)
cAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTc < 1:2057320/47‑1 (MQ=255)
cAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTc > 1:439209/1‑47 (MQ=255)
cAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTc > 1:3337985/1‑47 (MQ=255)
cAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTc > 1:1999972/1‑47 (MQ=255)
cAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTc > 1:3106235/1‑47 (MQ=255)
tCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGa > 1:2692866/1‑69 (MQ=255)
tCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGa > 1:345786/1‑69 (MQ=255)
tCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGa > 1:552075/1‑69 (MQ=255)
tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:2176335/69‑1 (MQ=25)
tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:2942480/69‑1 (MQ=25)
tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:1302466/69‑1 (MQ=25)
tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:2678143/69‑1 (MQ=25)
tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:1205985/69‑1 (MQ=25)
tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:2674091/69‑1 (MQ=25)
tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTACAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:1173620/69‑1 (MQ=25)
cTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACggtg > 1:3081829/1‑68 (MQ=255)
cTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACggtg > 1:2366282/1‑68 (MQ=255)
|
ATGATGGCCCATTGGGTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTG > minE/749069‑749198
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
