Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
749,147 |
G→A |
48.7% |
I161I (ATC→ATT) |
ycfS ← |
conserved hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 749,147 | 0 | G | A | 48.7%
| ‑2.4
/ 32.0
| 39 | I161I (ATC→ATT) | ycfS | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/4); new base A (12/7); total (28/11) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.01e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGGTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGT > minE/749082‑749213
|
gggTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATg < 1:1870067/69‑1 (MQ=255)
tccagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTgg > 1:1003821/1‑69 (MQ=255)
cagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCgg > 1:3099199/1‑53 (MQ=255)
cagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCg > 1:3395005/1‑69 (MQ=255)
cagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCg > 1:159926/1‑69 (MQ=255)
cagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCg > 1:2743052/1‑69 (MQ=255)
cagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCg > 1:2560773/1‑69 (MQ=255)
aCCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTggg > 1:1705995/1‑69 (MQ=255)
ccGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGt > 1:3185245/1‑69 (MQ=255)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:103321/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:823050/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:546996/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:50647/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:2565187/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:2330652/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:2197876/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:1768602/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:1204525/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:2030685/1‑68 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGt > 1:328981/1‑67 (MQ=37)
gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGt > 1:1275993/1‑67 (MQ=37)
ggCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCa < 1:2360847/69‑1 (MQ=255)
cAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTc < 1:2057320/47‑1 (MQ=255)
cAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTc > 1:1999972/1‑47 (MQ=255)
cAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTc > 1:439209/1‑47 (MQ=255)
cAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTc > 1:3106235/1‑47 (MQ=255)
cAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTc > 1:3337985/1‑47 (MQ=255)
tCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGa > 1:2692866/1‑69 (MQ=255)
tCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGa > 1:345786/1‑69 (MQ=255)
tCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGa > 1:552075/1‑69 (MQ=255)
tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:1205985/69‑1 (MQ=25)
tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:2176335/69‑1 (MQ=25)
tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:1302466/69‑1 (MQ=25)
tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:2942480/69‑1 (MQ=25)
tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:2678143/69‑1 (MQ=25)
tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:2674091/69‑1 (MQ=25)
tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTACAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:1173620/69‑1 (MQ=25)
cTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACggtg > 1:3081829/1‑68 (MQ=255)
cTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACggtg > 1:2366282/1‑68 (MQ=255)
cgGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGgt < 1:3185877/69‑1 (MQ=255)
gATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGgt > 1:3292180/1‑67 (MQ=255)
gATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGgt > 1:710605/1‑67 (MQ=255)
|
GGGTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGT > minE/749082‑749213
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
