Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
759,362 |
C→T |
46.6% |
G196G (GGC→GGT) |
cobB → |
deacetylase of acetyl‑CoA synthetase, NAD‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 759,362 | 0 | C | T | 46.6%
| 9.3
/ 62.0
| 75 | G196G (GGC→GGT) | cobB | deacetylase of acetyl‑CoA synthetase, NAD‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/19); new base T (13/22); total (34/41) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
GTTGCCAGTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGCACA > minE/759301‑759419
|
gttgCCAGTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGa > 1:346107/1‑67 (MQ=255)
gttgCCAGTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGa > 1:1765887/1‑67 (MQ=255)
gttgCCAGTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGAt > 1:1871586/1‑68 (MQ=255)
gttgCCAGTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGAt > 1:2673733/1‑68 (MQ=255)
gttgCCAGTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGAt > 1:1843153/1‑68 (MQ=255)
gttgCCAGTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGAt > 1:2420015/1‑68 (MQ=255)
gttgCCAGTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGAt > 1:227566/1‑68 (MQ=255)
gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGTTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:2681562/69‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTTGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:26351/69‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATTAAATTta < 1:591207/69‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:608934/69‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:868747/69‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:2274144/69‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:500912/69‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:2572722/69‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:2706559/69‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:2981792/69‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:3118026/69‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:812525/69‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:1650869/69‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:732820/69‑1 (MQ=255)
tttCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:1687868/68‑1 (MQ=255)
gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTGGGTATGGATGAAATTtat > 1:3308048/1‑63 (MQ=255)
gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGAt > 1:1700999/1‑54 (MQ=255)
gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:2144565/1‑63 (MQ=255)
gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:2993752/1‑63 (MQ=255)
gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:2612545/1‑63 (MQ=255)
gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:728093/1‑63 (MQ=255)
gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:2367341/1‑63 (MQ=255)
gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:2911067/1‑63 (MQ=255)
gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:2788525/1‑63 (MQ=255)
gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:3284237/1‑63 (MQ=255)
gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:1409958/1‑63 (MQ=255)
gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:3312810/1‑63 (MQ=255)
gtgGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGTAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCAt < 1:1479539/69‑1 (MQ=255)
gtgGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCAt < 1:1325799/69‑1 (MQ=255)
gtgGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCAt < 1:1947948/69‑1 (MQ=255)
gtgGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCAt < 1:3167274/69‑1 (MQ=255)
gCGAAGTGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:191298/55‑1 (MQ=255)
gCGAAATGCTACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:2325171/55‑1 (MQ=255)
gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:815718/55‑1 (MQ=255)
gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:3365845/55‑1 (MQ=255)
gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:448118/55‑1 (MQ=255)
gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:486113/55‑1 (MQ=255)
gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:672198/55‑1 (MQ=255)
gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:3301080/55‑1 (MQ=255)
gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:601175/55‑1 (MQ=255)
gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:908561/55‑1 (MQ=255)
gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:605086/55‑1 (MQ=255)
gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:205030/55‑1 (MQ=255)
gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:2943151/55‑1 (MQ=255)
gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:1257408/55‑1 (MQ=255)
gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:2506123/55‑1 (MQ=255)
gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:2074492/55‑1 (MQ=255)
gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:1516753/55‑1 (MQ=255)
gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:2485364/55‑1 (MQ=255)
gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:2087718/55‑1 (MQ=255)
gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:224131/55‑1 (MQ=255)
cGATATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:630120/54‑1 (MQ=255)
gAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTgg > 1:2277912/1‑68 (MQ=255)
gAAATGACACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTgg > 1:435495/1‑68 (MQ=255)
aTGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:3124432/50‑1 (MQ=255)
aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGc > 1:3047881/1‑44 (MQ=255)
aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:1823819/1‑69 (MQ=255)
aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:1834622/1‑69 (MQ=255)
aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:1657251/1‑69 (MQ=255)
aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:1019537/1‑69 (MQ=255)
aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:151658/1‑69 (MQ=255)
aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:560260/1‑69 (MQ=255)
aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:2420976/1‑69 (MQ=255)
aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:2459182/1‑69 (MQ=255)
aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:34128/1‑69 (MQ=255)
aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:3390950/1‑69 (MQ=255)
aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:2559062/1‑69 (MQ=255)
aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:3015806/1‑69 (MQ=255)
|
GTTGCCAGTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGCACA > minE/759301‑759419
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
