Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
775,352 |
T→C |
51.2% |
G325G (GGT→GGC) |
icd → |
isocitrate dehydrogenase, specific for NADP+ |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 775,352 | 0 | T | C | 51.2%
| ‑1.9
/ 37.2
| 45 | G325G (GGT→GGC) | icd | isocitrate dehydrogenase, specific for NADP+ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/7); new base C (7/16); total (22/23) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.74e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCG > minE/775287‑775416
|
cTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCa < 1:1715096/69‑1 (MQ=255)
cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGTTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:3030795/69‑1 (MQ=255)
cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:882427/69‑1 (MQ=255)
cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:652842/69‑1 (MQ=255)
cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:3134522/69‑1 (MQ=255)
cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:1529713/69‑1 (MQ=255)
cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2665349/69‑1 (MQ=255)
cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2618193/69‑1 (MQ=255)
cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:1637771/69‑1 (MQ=255)
cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2555419/69‑1 (MQ=255)
cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2540510/69‑1 (MQ=255)
cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2486650/69‑1 (MQ=255)
cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2471326/69‑1 (MQ=255)
cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2176113/69‑1 (MQ=255)
ggTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2529456/68‑1 (MQ=255)
ggTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:525659/68‑1 (MQ=255)
ggTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2064830/68‑1 (MQ=255)
aCATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACg < 1:3161336/69‑1 (MQ=255)
aCATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACg < 1:288716/69‑1 (MQ=255)
aCATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACg < 1:530581/69‑1 (MQ=255)
aCATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACg < 1:1598977/69‑1 (MQ=255)
tttCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAAt > 1:3390580/1‑69 (MQ=255)
cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATgcgc > 1:1677111/1‑64 (MQ=255)
cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTg > 1:2299313/1‑68 (MQ=255)
cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGt > 1:113976/1‑69 (MQ=255)
cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGt > 1:2737077/1‑69 (MQ=255)
cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGt > 1:1243583/1‑69 (MQ=255)
cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGt > 1:699279/1‑69 (MQ=255)
cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGt > 1:3176067/1‑69 (MQ=255)
gcAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGcca > 1:2350532/1‑68 (MQ=255)
gcAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGcca > 1:3242865/1‑68 (MQ=255)
gcAGGTTGGCGGTATCGGTATCGACCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGcca > 1:1941157/1‑68 (MQ=255)
ggtatcgCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGt > 1:1031347/1‑60 (MQ=255)
ggtatcgCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTgcgc > 1:2590413/1‑67 (MQ=255)
ggtatcgCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTgcgc > 1:1285713/1‑67 (MQ=255)
ggtatcgCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGcc > 1:2767583/1‑68 (MQ=255)
ggtatcgCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGcc > 1:2081850/1‑68 (MQ=255)
atcgCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGaaa < 1:2163458/69‑1 (MQ=255)
atcgCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGaaa < 1:461561/69‑1 (MQ=255)
ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACt > 1:153557/1‑51 (MQ=255)
ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCg > 1:2767522/1‑67 (MQ=255)
ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCg > 1:155454/1‑67 (MQ=255)
ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCg > 1:2412396/1‑67 (MQ=255)
ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCg > 1:711982/1‑67 (MQ=255)
ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCg > 1:1040734/1‑67 (MQ=255)
|
CTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCG > minE/775287‑775416
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
