Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
792,109 |
G→A |
83.0% |
V339V (GTG→GTA) |
dadX → |
alanine racemase 2, PLP‑binding |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 792,109 | 0 | G | A | 83.0%
| 100.6
/ 10.8
| 64 | V339V (GTG→GTA) | dadX | alanine racemase 2, PLP‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/3); new base A (18/35); total (26/38) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.91e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
ACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGT > minE/792044‑792171
|
aCGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGc < 1:917714/69‑1 (MQ=255)
tGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGtt < 1:674750/69‑1 (MQ=255)
tGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGtt < 1:871867/69‑1 (MQ=255)
gtgGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGAtgt > 1:2820611/1‑68 (MQ=255)
gagaTCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTg > 1:888517/1‑54 (MQ=255)
gagaTCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGgc > 1:141835/1‑68 (MQ=255)
gagaTCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGgc > 1:906041/1‑68 (MQ=255)
gagaTCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGgc > 1:1121803/1‑68 (MQ=255)
gagaTCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGgc > 1:3121713/1‑68 (MQ=255)
gTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTtgtg > 1:2363039/1‑69 (MQ=255)
gTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTtgtg > 1:3147888/1‑69 (MQ=255)
tCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:1674513/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:2233908/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:207572/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:3028609/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:3250250/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:1024565/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:2765035/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:1364366/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:929522/69‑1 (MQ=255)
tCGCCGCCGCTGCCGGAACGGGAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTtgtgg < 1:1194496/69‑2 (MQ=255)
cgccgccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:3055997/68‑1 (MQ=255)
cgccgccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:2905465/68‑1 (MQ=255)
cgccgccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:710614/68‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:2911111/69‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:2837087/69‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:10692/69‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:3260221/69‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:3294115/69‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:3358379/69‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:678759/69‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:764078/69‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:974824/69‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:2757695/69‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:1161657/69‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:120085/69‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:1425666/69‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:1555975/69‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:1920504/69‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:1949183/69‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:2750390/69‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:2711944/69‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:268107/69‑1 (MQ=255)
ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGGTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:1611337/69‑1 (MQ=255)
cgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:637048/68‑1 (MQ=255)
ggAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:2662500/61‑1 (MQ=255)
aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTTGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:2581502/1‑67 (MQ=255)
aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTc > 1:919938/1‑43 (MQ=38)
aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:1925775/1‑67 (MQ=255)
aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:2770992/1‑67 (MQ=255)
aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:928005/1‑67 (MQ=255)
aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:1440588/1‑67 (MQ=255)
aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:3021780/1‑67 (MQ=255)
aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:1596759/1‑67 (MQ=255)
aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:797579/1‑67 (MQ=255)
aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:1930386/1‑67 (MQ=255)
aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:529459/1‑67 (MQ=255)
aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:3412885/1‑67 (MQ=255)
aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:336038/1‑67 (MQ=255)
aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:3325580/1‑67 (MQ=255)
aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:2025961/1‑67 (MQ=255)
aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:2458940/1‑67 (MQ=255)
aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:2546347/1‑67 (MQ=255)
aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGAGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:2526338/1‑67 (MQ=255)
|
ACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGT > minE/792044‑792171
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
