Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
821,054 |
C→A |
27.5% |
R226R (CGA→AGA) |
kdsA → |
3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonate 8‑phosphate synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 821,054 | 0 | C | A | 27.5%
| 87.1
/ 27.6
| 58 | R226R (CGA→AGA) | kdsA | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonate 8‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/29); new base A (12/4); total (25/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.39e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 |
ATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAACATGCGAA > minE/820993‑821121
|
aTGTCGCGATCCATTTGGCGCAGCTTCCGGCGGTCGCCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCAAGAGcc < 1:2804642/67‑1 (MQ=255)
aTGTCGCGATCCATTTGGCGCAGCTTCCGGCGGTCGCCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCAAGAGcc < 1:1632833/67‑1 (MQ=255)
aTGTCGCGATCCATTTGGCGCAGCTTCCGGCGGTCGCCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCAAGAGcc < 1:1843741/67‑1 (MQ=255)
aTGCCGCGATCCGTTTGGCTCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCgg < 1:912482/69‑1 (MQ=255)
aTGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCgg < 1:2301656/69‑1 (MQ=255)
aTGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCgg < 1:611717/69‑1 (MQ=255)
aTGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCgg < 1:390994/69‑1 (MQ=255)
aTGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCgg < 1:2941368/69‑1 (MQ=255)
aTGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCgg < 1:2937427/69‑1 (MQ=255)
aTGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCgg < 1:2519931/69‑1 (MQ=255)
aTGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCgg < 1:2305849/69‑1 (MQ=255)
aTGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCgg < 1:2269991/69‑1 (MQ=255)
aTGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCgg < 1:2268090/69‑1 (MQ=255)
aTGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCgg < 1:2250642/69‑1 (MQ=255)
aTGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCgg < 1:2006786/69‑1 (MQ=255)
aTGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCgg < 1:1834614/69‑1 (MQ=255)
aTGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCgg < 1:1752878/69‑1 (MQ=255)
aTGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCgg < 1:1685421/69‑1 (MQ=255)
aTGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCgg < 1:1263678/69‑1 (MQ=255)
aTGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCgg < 1:1610949/69‑1 (MQ=255)
aTGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGGGGCTGAGCTGGCACGAGCCgg < 1:2945171/69‑1 (MQ=255)
tGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCgg < 1:781686/68‑1 (MQ=255)
cgATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGc < 1:1886486/69‑1 (MQ=255)
cgATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGCTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGc < 1:264384/69‑1 (MQ=255)
tGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTc > 1:1975467/1‑68 (MQ=255)
tGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCt > 1:558549/1‑69 (MQ=255)
tGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCt > 1:1627154/1‑69 (MQ=255)
cgcAGCTTCCGGCGGTCGCCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCAAGAGcc < 1:3019195/49‑1 (MQ=38)
tCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTg > 1:1330321/1‑69 (MQ=255)
ggtggtCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGtt < 1:2797945/68‑1 (MQ=255)
ggtggtCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGtt < 1:2428162/68‑1 (MQ=255)
ggtggtCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGtt < 1:576320/68‑1 (MQ=255)
ggtggtCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGtt < 1:2871841/68‑1 (MQ=255)
ggCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCatccggatc > 1:1354136/1‑68 (MQ=255)
ggCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCatccggatc > 1:2829414/1‑68 (MQ=255)
ggCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCatccggatc > 1:144107/1‑68 (MQ=255)
ggCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCatccggatc > 1:1036028/1‑68 (MQ=255)
cTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCatccggatccgg > 1:2534995/1‑69 (MQ=255)
cTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCatccggatccgg > 1:1491844/1‑69 (MQ=255)
cTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCatccggatccgg > 1:2373842/1‑69 (MQ=255)
cTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCatccggatccgg > 1:1596198/1‑69 (MQ=255)
cTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCatccggatccg > 1:794329/1‑68 (MQ=255)
tGGCAAGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAgcg > 1:1747372/1‑50 (MQ=255)
tGGCAAGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCatccggatcc > 1:3253635/1‑61 (MQ=255)
tGGCAAGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAACa > 1:3058700/1‑67 (MQ=255)
tGGCAAGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAACAt > 1:2467169/1‑68 (MQ=255)
tGGCAAGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAACAt > 1:1632616/1‑68 (MQ=255)
tGGCAAGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAACAt > 1:327554/1‑68 (MQ=255)
tGGCAAGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAACAt > 1:3419737/1‑68 (MQ=255)
tGGCAAGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAACAt > 1:1998236/1‑68 (MQ=255)
tGGCAAGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAACAt > 1:117873/1‑68 (MQ=255)
tGGCAAGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAACAt > 1:1737579/1‑68 (MQ=255)
tGGCAAGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAACAt > 1:1036905/1‑68 (MQ=255)
tGGCAAGAGCCGGAATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCatccgg > 1:1847747/1‑57 (MQ=255)
ggCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGtt < 1:2140215/39‑1 (MQ=255)
aCGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAACATGCGaa < 1:2574175/69‑1 (MQ=255)
aCGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAACATGCGaa < 1:2968698/69‑1 (MQ=255)
aCGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAACATGCGa < 1:1871253/68‑1 (MQ=255)
|
ATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAACATGCGAA > minE/820993‑821121
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
