Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
839,914 |
A→C |
49.5% |
R130R (CGT→CGG) |
purU ← |
formyltetrahydrofolate hydrolase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 839,914 | 0 | A | C | 49.5%
| 8.7
/ 126.2
| 97 | R130R (CGT→CGG) | purU | formyltetrahydrofolate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/38); new base C (25/23); total (36/61) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.27e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.72e-01 |
CGTGCTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGACATCCAGG > minE/839859‑839977
|
cGTGCTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCagag > 1:211030/1‑69 (MQ=255)
cGTGCTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCagag > 1:925753/1‑69 (MQ=255)
cGTGCTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCagag > 1:1139809/1‑69 (MQ=255)
cGTGCTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCagag > 1:1675094/1‑69 (MQ=255)
cGTGCTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCagag > 1:1247828/1‑69 (MQ=255)
cGTGCTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCagag > 1:380801/1‑69 (MQ=255)
cGTGCTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCagag > 1:2255644/1‑69 (MQ=255)
cTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAAc > 1:1074095/1‑68 (MQ=255)
cTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAAc > 1:922081/1‑68 (MQ=255)
cGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTa < 1:2317270/69‑1 (MQ=255)
cGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTa < 1:3128253/69‑1 (MQ=255)
cGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTa < 1:3423340/69‑1 (MQ=255)
tAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTg < 1:300321/69‑1 (MQ=255)
tAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTg < 1:1330318/69‑1 (MQ=255)
tAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTg < 1:2145798/69‑1 (MQ=255)
tAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTg < 1:2834482/69‑1 (MQ=255)
tAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTg < 1:1580111/69‑1 (MQ=255)
aaCCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGACCGTa < 1:311673/58‑1 (MQ=255)
aaCCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTa < 1:1301511/58‑1 (MQ=255)
aaCCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTa < 1:2878535/58‑1 (MQ=255)
aaCCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTa < 1:2956853/58‑1 (MQ=255)
aaCCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTa < 1:1609112/58‑1 (MQ=255)
aaCCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTa < 1:2360691/58‑1 (MQ=255)
aaCCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTa < 1:1392481/58‑1 (MQ=255)
aaCCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTa < 1:2778091/58‑1 (MQ=255)
aaCCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTg < 1:1304415/68‑1 (MQ=255)
aaCCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTg < 1:461116/68‑1 (MQ=255)
aTGGCTTAGCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:1535902/1‑37 (MQ=38)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTc > 1:3180301/1‑36 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:212999/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:2341603/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:2239973/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:2306063/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:2023046/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:2008656/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:1977980/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:2846348/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:1835982/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:1815018/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:1811944/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:1798200/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:1735459/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:3049207/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:3340033/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:3404169/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:1367150/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:1358920/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:844402/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:867912/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:1054764/1‑37 (MQ=255)
aTGGCTTACCAGCTAAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:913402/1‑37 (MQ=38)
aTGGCTTAACAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCa > 1:961637/1‑37 (MQ=38)
tGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAAt < 1:284232/68‑1 (MQ=255)
gCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAAc < 1:2406248/69‑1 (MQ=255)
gCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAAc < 1:1445874/69‑1 (MQ=255)
gCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAAc < 1:433343/69‑1 (MQ=255)
gCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAAc < 1:3419278/69‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:1626615/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:1465439/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:3105081/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:1593450/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:1587248/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:3332367/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:1408704/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:1403406/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:576239/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:703582/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:820190/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:1356057/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:1314437/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:1020478/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:2637176/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:2288468/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:2263823/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:3012292/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:27647/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:2249826/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:2854890/68‑1 (MQ=255)
ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:1872788/68‑1 (MQ=255)
tACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:2304556/67‑1 (MQ=255)
aCGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGa < 1:526254/69‑1 (MQ=255)
aCGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGa < 1:169035/69‑1 (MQ=255)
aCGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGa < 1:1101465/69‑1 (MQ=255)
aCGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGa < 1:1134187/69‑1 (MQ=255)
aCGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGa < 1:1195149/69‑1 (MQ=255)
aCGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGa < 1:2437365/69‑1 (MQ=255)
aCGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGa < 1:2482199/69‑1 (MQ=255)
aCGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGa < 1:253268/69‑1 (MQ=255)
aCGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGa < 1:1933341/69‑1 (MQ=255)
aCGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGa < 1:514553/69‑1 (MQ=255)
aCGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGa < 1:499516/69‑1 (MQ=255)
aCGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGa < 1:1405959/69‑1 (MQ=255)
aCGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGa < 1:357906/69‑1 (MQ=255)
aCGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGa < 1:1438458/69‑1 (MQ=255)
aaTATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGACAt < 1:610891/68‑1 (MQ=255)
tCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGACATCCAgg > 1:2368229/1‑69 (MQ=255)
tCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGACATCCAg > 1:2140107/1‑68 (MQ=255)
aCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGACAt < 1:172443/59‑1 (MQ=255)
|
CGTGCTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGACATCCAGG > minE/839859‑839977
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
