Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
842,947 |
G→A |
36.2% |
intergenic (+13/‑189) |
rssB → / → galU |
response regulator of RpoS/glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 842,947 | 0 | G | A | 36.2%
| 48.2
/ 42.7
| 75 | intergenic (+13/‑189) | rssB/galU | response regulator of RpoS/glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/28); new base A (11/16); total (31/44) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGT > minE/842881‑843017
|
tGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAAcgcg > 1:2535901/1‑69 (MQ=255)
tGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAAcgcg > 1:3026138/1‑69 (MQ=255)
tGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAAcgcg > 1:701668/1‑69 (MQ=255)
tGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAAcgcg > 1:324051/1‑69 (MQ=255)
tGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAAcgcg > 1:2221675/1‑69 (MQ=255)
tGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAAcgcg > 1:3226561/1‑69 (MQ=255)
gCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCgg > 1:442412/1‑69 (MQ=255)
gggAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACTCGGGCTAAATTTg > 1:1904527/1‑69 (MQ=255)
gggAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGc > 1:1549784/1‑61 (MQ=255)
gggAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTg > 1:1328547/1‑69 (MQ=255)
gggAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTg > 1:867085/1‑69 (MQ=255)
gggAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTg > 1:3132876/1‑69 (MQ=255)
aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGc > 1:623016/1‑66 (MQ=255)
aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:3102484/1‑69 (MQ=255)
aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:1885975/1‑69 (MQ=255)
aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:26010/1‑69 (MQ=255)
aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:2421218/1‑69 (MQ=255)
aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:2691283/1‑69 (MQ=255)
aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:2565830/1‑69 (MQ=255)
aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:50114/1‑69 (MQ=255)
aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:1346392/1‑69 (MQ=255)
aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:1572235/1‑69 (MQ=255)
aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:1567868/1‑69 (MQ=255)
aCCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCAtt < 1:230140/69‑1 (MQ=255)
ccGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGGATTa < 1:393492/69‑1 (MQ=255)
ccGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa < 1:1250115/69‑1 (MQ=255)
ccGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa > 1:2004572/1‑69 (MQ=255)
ccGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa < 1:2161493/69‑1 (MQ=255)
ccGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa < 1:2170747/69‑1 (MQ=255)
ccGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa < 1:2174600/69‑1 (MQ=255)
ccGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa < 1:1528268/69‑1 (MQ=255)
ccGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa < 1:3054643/69‑1 (MQ=255)
cGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa < 1:640194/68‑1 (MQ=255)
cGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa < 1:501375/68‑1 (MQ=255)
gtCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCt < 1:673325/69‑1 (MQ=255)
gtCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCt < 1:1914614/69‑1 (MQ=255)
cGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa > 1:3042824/1‑61 (MQ=255)
cGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa > 1:2786688/1‑61 (MQ=255)
cGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa > 1:91142/1‑61 (MQ=255)
cGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa > 1:982907/1‑61 (MQ=255)
cGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa > 1:998833/1‑61 (MQ=255)
cGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa > 1:2334205/1‑61 (MQ=255)
aCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa < 1:1564531/59‑1 (MQ=255)
gttgtCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCtggtgg < 1:2523052/68‑1 (MQ=255)
gttgtCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCtggtgg < 1:946451/68‑1 (MQ=255)
gttgtCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCtggtgg < 1:689980/68‑1 (MQ=255)
gttgtCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCtggtgg < 1:372698/68‑1 (MQ=255)
gttgtCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCtggtgg < 1:1921871/68‑1 (MQ=255)
gtCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCg > 1:987128/1‑57 (MQ=255)
gtCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACt > 1:2349618/1‑69 (MQ=255)
gtCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACt > 1:1743501/1‑69 (MQ=255)
gtCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACt > 1:3313982/1‑69 (MQ=255)
aTGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGcc > 1:1006655/1‑69 (MQ=255)
aTGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGcc > 1:933868/1‑69 (MQ=255)
aTGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGcc > 1:933300/1‑69 (MQ=255)
aaCGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGta < 1:3206388/69‑1 (MQ=255)
aaCGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGta < 1:1728913/69‑1 (MQ=255)
tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGTTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:3312142/63‑1 (MQ=255)
tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:2510172/63‑1 (MQ=255)
tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:3310446/63‑1 (MQ=255)
tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:2810267/63‑1 (MQ=255)
tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:1078922/63‑1 (MQ=255)
tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:2857160/63‑1 (MQ=255)
tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:2455306/63‑1 (MQ=255)
tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:131890/63‑1 (MQ=255)
tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:1331660/63‑1 (MQ=255)
tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:2262845/63‑1 (MQ=255)
tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:1510500/63‑1 (MQ=255)
tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:633639/63‑1 (MQ=255)
tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:2044352/63‑1 (MQ=255)
tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:1991298/63‑1 (MQ=255)
tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:3376593/63‑1 (MQ=255)
tAACACGGGCTAAATTTGCATTACATGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:144224/63‑1 (MQ=255)
aaCGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTa < 1:1511552/69‑1 (MQ=255)
aaCGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTa < 1:817660/69‑1 (MQ=255)
aaCGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTa < 1:926758/69‑1 (MQ=255)
aaCGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTa < 1:2872090/69‑1 (MQ=255)
aaCGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTa < 1:3397845/69‑1 (MQ=255)
aaCGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTa < 1:326501/69‑1 (MQ=255)
aCGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTa < 1:1658917/68‑1 (MQ=255)
aCGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTa < 1:1805160/68‑1 (MQ=255)
gcgGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCG‑‑‑GGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGt < 1:3330443/68‑1 (MQ=255)
|
TGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGT > minE/842881‑843017
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
