Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,749,239 |
A→T |
40.2% |
intergenic (‑104/‑201) |
yfiD ← / → ung |
pyruvate formate lyase subunit/uracil‑DNA‑glycosylase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,749,239 | 0 | A | T | 40.2%
| 48.3
/ 82.0
| 87 | intergenic (‑104/‑201) | yfiD/ung | pyruvate formate lyase subunit/uracil‑DNA‑glycosylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/30); new base T (18/17); total (40/47) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCAAATGGATTTTATTGTTTTACATC > minE/1749186‑1749307
|
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aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:968960/69‑1 (MQ=255)
aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:652516/69‑1 (MQ=255)
aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:402969/69‑1 (MQ=255)
aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:3416599/69‑1 (MQ=255)
aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:3121405/69‑1 (MQ=255)
aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:2735191/69‑1 (MQ=255)
aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:2691779/69‑1 (MQ=255)
aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:219385/69‑1 (MQ=255)
aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:2106834/69‑1 (MQ=255)
aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:2058849/69‑1 (MQ=255)
aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:204632/69‑1 (MQ=255)
aTTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:1097322/69‑1 (MQ=255)
ttGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:2310537/68‑1 (MQ=255)
tGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:2796426/67‑1 (MQ=255)
cATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACca < 1:1639673/69‑1 (MQ=255)
cATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACca < 1:2874176/69‑1 (MQ=255)
cATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACca < 1:1736565/69‑1 (MQ=255)
cATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACca < 1:1879644/69‑1 (MQ=255)
cATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACca < 1:532294/69‑1 (MQ=255)
tgttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGTATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcaca < 1:2634500/68‑1 (MQ=255)
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tgttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcatat > 1:1359221/1‑66 (MQ=255)
tgttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcatat > 1:342360/1‑66 (MQ=255)
tgttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcatat > 1:19506/1‑66 (MQ=255)
tgttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcatat > 1:424354/1‑66 (MQ=255)
tgttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcatat > 1:1433178/1‑66 (MQ=255)
tgttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcatat > 1:1558491/1‑66 (MQ=255)
tgttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcatat > 1:1677274/1‑66 (MQ=255)
tgttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcatat > 1:1775881/1‑66 (MQ=255)
tgttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcatat > 1:1800495/1‑66 (MQ=255)
tgttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcata > 1:602689/1‑66 (MQ=255)
tgttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcata > 1:3103263/1‑66 (MQ=255)
tgttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcata > 1:1800363/1‑66 (MQ=255)
tgttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcata > 1:3394149/1‑66 (MQ=255)
tgttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcata > 1:1666893/1‑66 (MQ=255)
tgttgCTTGAGTGAATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcacac < 1:2497112/69‑1 (MQ=255)
gttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:2545799/54‑1 (MQ=255)
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gttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcacac > 1:2739435/1‑68 (MQ=255)
gttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcacac > 1:1051795/1‑68 (MQ=255)
gttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcacac > 1:1911032/1‑68 (MQ=255)
gttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcacac > 1:2143694/1‑68 (MQ=255)
gttgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcacac > 1:2439214/1‑68 (MQ=255)
tgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcacaca > 1:1104353/1‑67 (MQ=255)
tgCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACcacaca > 1:2777936/1‑67 (MQ=255)
tGAGTCTATATATACTCCTCAAACACCATTGATTCTTTGATTTAAATc < 1:1305329/48‑1 (MQ=255)
tataCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCa < 1:1374064/68‑1 (MQ=255)
tataCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCa < 1:2030792/68‑1 (MQ=255)
tataCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCa < 1:3027781/68‑1 (MQ=255)
tataCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCa < 1:3020953/68‑1 (MQ=255)
taCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCaaa > 1:158758/1‑68 (MQ=255)
taCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCaaa > 1:1913260/1‑68 (MQ=255)
taCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCaaa > 1:1096865/1‑68 (MQ=255)
taCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCaaa > 1:1905027/1‑68 (MQ=255)
taCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCaaa > 1:1263958/1‑68 (MQ=255)
taCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCaaa > 1:3032679/1‑68 (MQ=255)
taCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCaaa > 1:919924/1‑68 (MQ=255)
taCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCaaa > 1:2198583/1‑68 (MQ=255)
taCTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCaaa > 1:2872587/1‑68 (MQ=255)
cAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCAAATGGAtttt < 1:276243/69‑1 (MQ=255)
cacCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCa > 1:2940746/1‑55 (MQ=255)
cacCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCa > 1:2719200/1‑55 (MQ=255)
cacCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCa > 1:2604319/1‑55 (MQ=255)
cacCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCa > 1:396967/1‑55 (MQ=255)
ttGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCAAATGGATTTTATTGTTTTa < 1:905163/69‑1 (MQ=255)
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aTCTTTGATTTATATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCAAATGGATTTTATTGTTTTACATc > 1:52930/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCAAATGGATTTTATTGTTTTACATc > 1:1053037/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCAAATGGATTTTATTGTTTTACATc > 1:727436/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCAAATGGATTTTATTGTTTTACATc > 1:915765/1‑69 (MQ=255)
|
ATTGGTAAAACCATTGTTGCTTGAGTGTATATATACTCCTCAAACACCCTTGAATCTTTGATTTAAATCAATAAAAACCACACATCAAGTATGGTCGCAAATGGATTTTATTGTTTTACATC > minE/1749186‑1749307
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
