Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,106,475 |
T→C |
40.9% |
S89S (TCT→TCC) |
agaA → |
predicted truncated N‑acetylgalactosamine‑6‑phosphate deacetylase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,106,475 | 0 | T | C | 40.9%
| 22.1
/ 46.6
| 66 | S89S (TCT→TCC) | agaA | predicted truncated N‑acetylgalactosamine‑6‑phosphate deacetylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/26); new base C (25/2); total (38/28) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.47e-07 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAGTGCGCAATATGGTCGAGTTGACGGGCGT > minE/2106407‑2106543
|
ccGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCt < 1:459059/69‑1 (MQ=255)
ccGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCt < 1:2452787/69‑1 (MQ=255)
ccGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCt < 1:642093/69‑1 (MQ=255)
ccGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCt < 1:237889/69‑1 (MQ=255)
ccGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCt < 1:2396471/69‑1 (MQ=255)
ccGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCt < 1:2768259/69‑1 (MQ=255)
cGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCt < 1:3139359/68‑1 (MQ=255)
cacTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTTCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTg < 1:1209786/67‑1 (MQ=255)
cacTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTg > 1:2584278/3‑69 (MQ=255)
cacTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTg > 1:2398403/3‑69 (MQ=255)
cacTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTg < 1:1891461/67‑1 (MQ=255)
cacTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTg > 1:1395694/3‑69 (MQ=255)
cacTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTg > 1:2882927/3‑69 (MQ=255)
cacTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTg > 1:400744/3‑69 (MQ=255)
cacTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTg > 1:588037/3‑69 (MQ=255)
cacTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTg > 1:3088756/3‑69 (MQ=255)
cacTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTg > 1:502823/3‑69 (MQ=255)
cacTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTACGGTGGGCTg > 1:3246088/3‑69 (MQ=255)
cGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGc > 1:1178017/1‑68 (MQ=255)
ttATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAg < 1:1891084/68‑1 (MQ=255)
ttATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAg < 1:226977/68‑1 (MQ=255)
ttATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAg < 1:704249/68‑1 (MQ=255)
ttATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAg < 1:1508052/68‑1 (MQ=255)
ttATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAg < 1:2655887/68‑1 (MQ=255)
ttATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAg < 1:2700222/68‑1 (MQ=255)
ttATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAg < 1:3415784/68‑1 (MQ=255)
ttATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAg < 1:1239507/68‑1 (MQ=255)
ttATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAg < 1:875917/68‑1 (MQ=255)
gtgAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGctgt > 1:3421946/1‑69 (MQ=255)
gtgAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGctgt > 1:2723284/1‑69 (MQ=255)
gtgAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGctgt > 1:3004332/1‑69 (MQ=255)
gtgAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGctgt > 1:3089426/1‑69 (MQ=255)
gtgAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGctgt > 1:606422/1‑69 (MQ=255)
gtgAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGctgt > 1:779182/1‑69 (MQ=255)
gtgAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGctgt > 1:1013192/1‑69 (MQ=255)
gtgAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGctgt > 1:1073495/1‑69 (MQ=255)
gtgAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGctgt > 1:847607/1‑69 (MQ=255)
gtgAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGctgt > 1:1126377/1‑69 (MQ=255)
gtgAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGctgt > 1:1299965/1‑69 (MQ=255)
gtgAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGctgt > 1:1413609/1‑69 (MQ=255)
gtgAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGctgt > 1:715016/1‑69 (MQ=255)
gtgAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGctgt > 1:695963/1‑69 (MQ=255)
gtgAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGctgt > 1:658384/1‑69 (MQ=255)
gtgAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCCGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGctg > 1:658275/1‑68 (MQ=255)
gtgAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGctgt > 1:1286240/1‑69 (MQ=255)
gaagTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGtt < 1:1430432/69‑1 (MQ=255)
gaagTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGtt < 1:2060124/69‑1 (MQ=255)
gaagTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGtt < 1:1283679/69‑1 (MQ=255)
gaagTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGtt < 1:838267/69‑1 (MQ=255)
gaagTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGtt < 1:3041637/69‑1 (MQ=255)
gaagTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGtt < 1:60221/69‑1 (MQ=255)
aagTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACTGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGtt < 1:932104/68‑1 (MQ=255)
aagTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTTGCGGGCAGTACGCTGTCTGtt < 1:2099330/68‑1 (MQ=255)
tGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACTCTGTCTGTTGATGCGGCAg < 1:1818957/69‑1 (MQ=255)
tGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAg < 1:3179510/69‑1 (MQ=255)
tGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAg < 1:2950102/69‑1 (MQ=255)
tGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAg < 1:183813/69‑1 (MQ=255)
tGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAg < 1:1865717/69‑1 (MQ=255)
tGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAg < 1:1334998/69‑1 (MQ=255)
tGCACGGTGGCGTTGTCCGTACAGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAg < 1:2971168/69‑1 (MQ=255)
gCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGtt > 1:1017850/1‑58 (MQ=255)
gCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAg < 1:1502925/68‑1 (MQ=255)
gCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAg > 1:2008087/1‑68 (MQ=255)
gCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAGt > 1:2096986/1‑69 (MQ=255)
gCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAGt > 1:792173/1‑69 (MQ=255)
gCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAGt > 1:3101622/1‑69 (MQ=255)
gCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAGt > 1:121402/1‑69 (MQ=255)
gCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAGt > 1:1088823/1‑69 (MQ=255)
gCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAGt > 1:2612538/1‑69 (MQ=255)
gCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAGt > 1:177559/1‑69 (MQ=255)
gCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAGt > 1:743809/1‑69 (MQ=255)
gCACGGTGGCGTTGTCAGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAGt > 1:2004185/1‑69 (MQ=255)
ggTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAGTgcgc < 1:400566/69‑1 (MQ=255)
tggtggGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAGTGCGCAATATGGTCGAGTTGACGGGCGt < 1:1755459/69‑1 (MQ=255)
tggtggGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAGTGCGCAATATGGTCGAGTTGACGGGCGt < 1:595375/69‑1 (MQ=255)
tggtggGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAGTGCGCAATATGGTCGAGTTGACGGGCGt < 1:464132/69‑1 (MQ=255)
tggtggGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAGTGCGCAATATGGTCGAGTTGACGGGCGt < 1:2191619/69‑1 (MQ=255)
tggtggGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAGTGCGCAATATGGTCGAGTTGACGGGCGt < 1:2380689/69‑1 (MQ=255)
tggtggGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAGTGCGCAATATGGTCGAGTTGACGGGCGt < 1:1003456/69‑1 (MQ=255)
|
CCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGGGCTGGCGGGCAGTACGCTGTCTGTTGATGCGGCAGTGCGCAATATGGTCGAGTTGACGGGCGT > minE/2106407‑2106543
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
