Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,725,134 |
G→A |
51.3% |
F12F (TTC→TTT) |
yheT ← |
predicted hydrolase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,725,134 | 0 | G | A | 51.3%
| ‑5.1
/ 31.2
| 37 | F12F (TTC→TTT) | yheT | predicted hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/15); new base A (12/7); total (15/22) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.94e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.24e-01 |
CGGCAGCATGGTTTGCAGATGACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCACTGCTGCTGAATTCATTGGCATCGGTCGTCGTTATCTGCGCCATCAGTTGCTTTGGCCTTCCAGCAGCATCTGCTCA > minE/2725068‑2725202
|
cgGCAGCATGGTTTGCAGATGACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCACTGCTGCTGa < 1:2731839/68‑1 (MQ=255)
cgGCAGCATGGTTTGCAGATGACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCACTGCTGCTGa < 1:1687704/68‑1 (MQ=255)
ggCAGCATGGTTTGCAGATGACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCACTGCTGCTGa < 1:880140/67‑1 (MQ=255)
gcagcaTGGTTTGCAGATGACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCACTGCTGCTGAAtt < 1:1339915/69‑1 (MQ=255)
gTTTGCAGATGACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCACTGCTGCTGAATTCATTGGCa > 1:2977235/1‑69 (MQ=255)
gTTTGCAGATGACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCACTGCTGCTGAATTCATTGGCa > 1:2404485/1‑69 (MQ=255)
gACAATTGCTAAAGCCGCGCATTGGGATGAATTCAGCActgctgctg < 1:2131757/47‑1 (MQ=255)
gACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCActgctgctg < 1:2841190/47‑1 (MQ=255)
gACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCActgctgctg < 1:2917428/47‑1 (MQ=255)
gACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCActgctgctg < 1:2784350/47‑1 (MQ=255)
gACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCActgctgctg < 1:2581330/47‑1 (MQ=255)
gACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCActgctgctg < 1:2434320/47‑1 (MQ=255)
gACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCActgctgctg < 1:3078368/47‑1 (MQ=255)
gACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCActgctgctg < 1:2268003/47‑1 (MQ=255)
gACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCActgctgctg > 1:2066502/1‑47 (MQ=255)
gACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCActgctgctg < 1:3292296/47‑1 (MQ=255)
gACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCActgctgctg > 1:1999973/1‑47 (MQ=255)
gACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCActgctgctg < 1:3310705/47‑1 (MQ=255)
gACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCActgctgctg > 1:1680876/1‑47 (MQ=255)
gACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCActgctgctg < 1:864246/47‑1 (MQ=255)
gACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCActgctgctg < 1:833016/47‑1 (MQ=255)
gACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGAGGAATTCAGCActgctgctg < 1:496033/47‑1 (MQ=255)
aaTTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCACTGCTGCTGAATTCATTGGCATCGGTCGTCGTTa < 1:3143714/69‑1 (MQ=255)
aaTTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCACTGCTGCTGAATTCATTGGCATCGGTCGTCGTTa < 1:2889350/69‑1 (MQ=255)
aaTTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCACTGCTGCTGAATTCATTGGCATCGGTCGTCGTTa < 1:2473940/69‑1 (MQ=255)
aTTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCACTGCTTCTGAATTCATTGGCATCGGTCGTCGTTa < 1:2682233/68‑1 (MQ=255)
ttGCTAAAGCCGCGCATAGGGGTGAATTCAGCACTGTTGCTAAATTCATTGGCATCGGTCGTTGTTATc > 1:3133944/1‑69 (MQ=255)
ttGCTAAAGCCGCGCATAGGGGTGAATTCAGCACTGCTGCTAAATTCATTGGCATCGGTCGTTGTTAt > 1:258930/1‑68 (MQ=255)
ttGCTAAAGCCGCGCATAGGGGTGAATTCAGCACTGCTGCTAAATTCATTGGCATCGGTCGTTGTTAt > 1:658477/1‑68 (MQ=255)
ttGCTAAAGCCGCGCATAGGGGTGAATTCAGCACTGCTGCTAAATTCATTGGCATCGGTCGTTGTTAt > 1:2701984/1‑68 (MQ=255)
ttGCTAAAGCCGCGCATAGGGGTGAATTCAGCACTGCTGCTAAATTCATTGGCATCGGTCGTTGTTATc > 1:410223/1‑69 (MQ=255)
ttGCTAAAGCCGCGCATAGGGGTGAATTCAGCACTGCTGCTAAATTCATTGGCATCGGTCGTTGTTATc > 1:997100/1‑69 (MQ=255)
ttGCTAAAGCCGCGCATAGGGGTGAATTCAGCACTGCTGCTAAATTCATTGGCATCGGTCGTTGTTATc > 1:2808831/1‑69 (MQ=255)
ttGCTAAAGCCGCGCATAGGGGTGAATTCAGCACTGCTGCTAAATTCATTGGCATCGGTCGTTGTTATc > 1:1113169/1‑69 (MQ=255)
ttGCTAAAGCCGCGCATAGGGGTGAATTCAGCACTGCTGCTAAATTCATTGGCATCGGTCGTTGTTATc > 1:1125271/1‑69 (MQ=255)
ttGCTAAAGCCGCGCATAGGGGTGAATTCAGCACTGCTGCTAAATTCATTGGCATCGGTCGTTGTTATc > 1:1322719/1‑69 (MQ=255)
ttGCTAAAGCCGCGCATAGGGGTGAATTCAGCACTGCTGCTAAATTCATTGGCATCGGTCGTTGTTATc > 1:2375973/1‑69 (MQ=255)
ttGCTAAAGCCGCGCATAGGGGTGAATTCAGCACTGCTGCTAAATTCATTGGCATCGGTCGTTGTTATc > 1:2072966/1‑69 (MQ=255)
aaaGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCACTGCTGCTGAATTCATTGGCATCGgtcgtc < 1:2930899/58‑1 (MQ=255)
aaaGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCACTGCTGCTGAATTCATTGGCATCGgtcgtc < 1:698384/58‑1 (MQ=255)
aaaGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCACTGCTGCTGAATTCATTGGCATCGgtcgtc < 1:1747542/58‑1 (MQ=255)
aggggTGAATTCAGCACTGCTGCTAAATTCATTGGCATCGGTCGTTGTTATCTGCGCCATCAGTTGCtt < 1:2883217/68‑1 (MQ=255)
aggggTGAATTCAGCACTGCTGCTAAATTCATTGGCATCGGTCGTTGTTATCTGCGCCATCAGTTGCtt < 1:793685/68‑1 (MQ=255)
aggggTGAATTCAGCACTGCTGCTAAATTCATTGGCATCGGTCGTTGTTATCTGCGCCATCAGTTGCtt < 1:1584636/68‑1 (MQ=255)
aggggTGAATTCAGCACTGCTGCTAAATTCATTGGCATCGGTCGTTGTTATCTGCGCCATCAGTTGCtt < 1:3278466/68‑1 (MQ=255)
aggggTGAATTCAGCACTGCTGCTAAATTCATTGGCATCGGTCGTTGTTATCTGCGCCATCAGTTGCtt < 1:2881956/68‑1 (MQ=255)
aggggTGAATTCAGCACTGCTGCTAAATTCATTGGCATCGGTCGTTGTTATCTGCGCCATCAGTTGCtt < 1:2802760/68‑1 (MQ=255)
aggggTGAATTCAGCACTGCTGCTAAATTCATTGGCATCGGTCGTTGTTATCTGCGCCATCAGTTGCtt < 1:3120930/68‑1 (MQ=255)
gggATGAATTCAGCACTGCTGCTGAATTCATTGGCATCGGTCGTCGTTATCTGCGCCATCAGTTGCttt > 1:1575934/1‑69 (MQ=255)
gAATTCAGCACTGCTGCTGAATTCATTGGCATCGgtcgtc < 1:928271/40‑1 (MQ=255)
ttCAGCACTGCTGCTGAATTCATTGGCATCGGTCGTCGTTATCTGCGCCATCAGTTGCTTTGGCCTTcc < 1:2051710/69‑1 (MQ=255)
ttCAGCACTGCTGCTGAATTCATTGGCATCGGTCGTCGTTATCTGCGCCATCAGTTGCTTTGGCCTTcc < 1:524757/69‑1 (MQ=255)
tCAGCACTGCTGCTGAATTCATTGGCATCGGTCGTCGTTATCTGCGCCATCAGTTGCTTTGGCCTTcc < 1:454133/68‑1 (MQ=255)
ctgctgctgAATTCATTGGCATCGGTCGTCGTTATCTGCGCCATCAGTTGCTTTGGCCTTCCagcagc > 1:2680902/1‑68 (MQ=255)
ctgctgctgAATTCATTGGCATCGGTCGTCGTTATCTGCGCCATCAGTTGCTTTGGCCTTCCagcagc > 1:927394/1‑68 (MQ=255)
ctgctgctgAATTCATTGGCATCGGTCGTCGTTATCTGCGCCATCAGTTGCTTTGGCCTTCCAgcagca > 1:2135082/1‑69 (MQ=255)
ctgctgctgAATTCATTGGCATCGGTCGTCGTTATCTGCGCCATCAGTTGCTTTGGCCTTCCAgcagca > 1:1642689/1‑69 (MQ=255)
ctgctgctgAATTCATTGGCATCGGTCGTCGTTATCTGCGCCATCAGTTGCTTTGGCCTTCCAgcagca > 1:3423214/1‑69 (MQ=255)
ctgctgctgAATTCATTGGCATCGGTCGTCGTTATCTGCGCCATCAGTTGCTTTGGCCTTCCAgcagca > 1:1013976/1‑69 (MQ=255)
ctgctgctgAATTCATTGGCATCGGTCGTCGTTATCTGCGCCATCAGTTGCTTTGGCCTTCCAgcagca > 1:3252501/1‑69 (MQ=255)
ctgctgctgAATTCATTGGAATCGGTCGTCGTTATCTGCGCCATCAGTTGCTTTGGCCTTCCAgcagca > 1:1615846/1‑69 (MQ=255)
gAATTCATTGGCATCGGTCGTCGTTATCTGCGCCATCAGTTGCTTTGGCCTTCCAGCAGCATCTGCTCa > 1:339188/1‑69 (MQ=255)
|
CGGCAGCATGGTTTGCAGATGACAATTGCTAAAGCCGCGCATGGGGATGAATTCAGCACTGCTGCTGAATTCATTGGCATCGGTCGTCGTTATCTGCGCCATCAGTTGCTTTGGCCTTCCAGCAGCATCTGCTCA > minE/2725068‑2725202
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
