Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,725,709 |
A→G |
68.2% |
T458T (ACT→ACC) |
yheS ← |
fused predicted transporter subunits and ATP‑binding components of ABC superfamily |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,725,709 | 0 | A | G | 68.2%
| 61.0
/ 33.9
| 72 | T458T (ACT→ACC) | yheS | fused predicted transporter subunits and ATP‑binding components of ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/20); new base G (31/18); total (34/38) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.43e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.22e-01 |
TCAAACTCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCGGCCGCTGCCAGACAATTAATGCC > minE/2725653‑2725760
|
tCAAACTCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTtcgtcg > 1:2841776/1‑69 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGtt > 1:2909259/1‑58 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCTTCGagca > 1:132108/1‑67 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGagca > 1:91210/1‑67 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGagca > 1:739610/1‑67 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGagca > 1:2180119/1‑67 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGagca > 1:2527203/1‑67 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGagca > 1:2121835/1‑67 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGagca > 1:2075369/1‑67 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGagca > 1:666367/1‑67 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGagca > 1:2820286/1‑67 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGagca > 1:1638823/1‑67 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGagca > 1:1587891/1‑67 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGagca > 1:2925014/1‑67 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGagca > 1:1322660/1‑67 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGagca > 1:3221169/1‑67 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGagca > 1:537263/1‑67 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGagca > 1:871542/1‑67 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGagca > 1:1079946/1‑67 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGagca > 1:398811/1‑67 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGagca > 1:3355609/1‑67 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGagc > 1:1573412/1‑66 (MQ=255)
tCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGag > 1:2650869/1‑65 (MQ=255)
aaTGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGa < 1:668973/69‑1 (MQ=255)
cTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCg < 1:3033633/69‑1 (MQ=255)
cTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCg < 1:2655002/69‑1 (MQ=255)
cTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCg < 1:2274021/69‑1 (MQ=255)
cTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCg < 1:1369251/69‑1 (MQ=255)
gAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCGGCCGCt > 1:1707328/1‑68 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAgcagccgca > 1:1014897/1‑40 (MQ=17)
tCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAgcagcagca > 1:329665/1‑40 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAgcagcagca > 1:2083037/1‑40 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAgcagcagca > 1:2562810/1‑40 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAgcagcagca > 1:1028561/1‑40 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAgcagcagca > 1:3261541/1‑40 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAgcagcagca > 1:3248850/1‑40 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAgcagcagca > 1:8384/1‑40 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAgcagcagca > 1:3090176/1‑40 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCGGCCGCTGCCAGACAAtt < 1:1488245/63‑1 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCGGCCGCTGCCAGACAAtt < 1:1261112/63‑1 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCGGCCGCTGCCAGACAAtt < 1:322772/63‑1 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCGGCCGCTGCCAGACAAtt < 1:866816/63‑1 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCGGCCGCTGCCAGACAAtt < 1:583650/63‑1 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCGGCCGCTGCCAGACAAtt < 1:30799/63‑1 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCGGCCGCTGCCAGACAAtt < 1:2361442/63‑1 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCGGCCGCTGCCAGACAAtt < 1:849538/63‑1 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCGGCCGCTGCCAGACAAtt < 1:1830677/63‑1 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCGGCCGCTGCCAGACAAtt < 1:2724279/63‑1 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCGGCCGCTGCCAGACAAtt < 1:779981/63‑1 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCGGCCGCTGCCAGACAAtt < 1:2057432/63‑1 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCGGCCGCTGCCAGACAAtt < 1:2604264/63‑1 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCGGCCGCTGCCAGACAAtt < 1:2158769/63‑1 (MQ=255)
tCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCGGCCGCTGCCAGACAATTAATGcc > 1:1010612/1‑69 (MQ=255)
gAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCg < 1:534900/44‑1 (MQ=255)
tCAAGGTGTTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGAtt < 1:812096/38‑1 (MQ=14)
tCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGAtt < 1:3292025/38‑1 (MQ=255)
tCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGAtt < 1:1006196/38‑1 (MQ=255)
tCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGAtt < 1:909302/38‑1 (MQ=255)
tCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGAtt < 1:1199446/38‑1 (MQ=255)
tCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGAtt < 1:1291350/38‑1 (MQ=255)
tCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGAtt < 1:1696975/38‑1 (MQ=255)
tCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGAtt < 1:821846/38‑1 (MQ=255)
tCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGAtt < 1:1915359/38‑1 (MQ=255)
tCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGAtt < 1:2543226/38‑1 (MQ=255)
tCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGAtt < 1:2771964/38‑1 (MQ=255)
tCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGAtt < 1:601803/38‑1 (MQ=255)
tCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGAtt < 1:312461/38‑1 (MQ=255)
tCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGAtt < 1:327402/38‑1 (MQ=255)
tCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGAtt < 1:440545/38‑1 (MQ=255)
tCAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGAtt < 1:3294830/38‑1 (MQ=255)
tCAAGGTGGGTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGAtt < 1:1524572/38‑1 (MQ=14)
cAAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGAtt < 1:2403971/37‑1 (MQ=255)
|
TCAAACTCGATTAATGCTTCGGTGAGTGCCTGACGCATGTCGAGGTCAAGGTGGTTAGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCAGATTCGGCCGCTGCCAGACAATTAATGCC > minE/2725653‑2725760
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
