Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F50 I2 R1
|
173 |
150.8 |
4954114 |
96.5% |
4780720 |
150.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,998,606 |
A→G |
pseudogene (223/1137 nt) |
ygeQ ← |
pseudogene, glycosyl hydrolase family 15, part of T3SS PAI ETT2 remnant |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,998,606 | 0 | A | G | 100.0%
| 531.2
/ NA
| 134 | pseudogene (223/1137 nt) | ygeQ | pseudogene, glycosyl hydrolase family 15, part of T3SS PAI ETT2 remnant |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (74/60); total (74/60) |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
CAGACAGCATCATAGTGGGTTTCTGCCGCTGTTTTGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATAGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATGTTAAATACAGATTCACTCGTCACTT > NC_000913/2998458‑2998752
|
cAGACAGCATCATAGTGGGTTTCTGCCGCTGTTTTGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGt > 1:83241/1‑151 (MQ=255)
cAGACAGCATCATAGTGGGTTTCTGCCGCTGTTTTGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGt < 1:546419/151‑1 (MQ=255)
aGACAGCATCATAGTGGGTTTCTGCCGCTGTTTTGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTg > 4:765699/1‑151 (MQ=255)
aGACAGCATCATAGTGGGTTTCTGCCGCTGTTTTGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTg < 4:1224907/151‑1 (MQ=255)
gACAGCATCATAGTGGGTTTCTGCCGCTGTTTTGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTAtggtgg < 1:654624/151‑1 (MQ=255)
aCAGCATCATAGTGGGTTTCTGCCGCTGTTTTGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGc > 4:236657/1‑151 (MQ=255)
catcatAGTGGGTTTCTGCCGCTGTTTTGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCtt < 4:597771/151‑1 (MQ=255)
catcatAGTGGGTTTCTGCCGCTGTTTTGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCtt < 1:1151874/151‑1 (MQ=255)
atAGTGGGTTTCTGCCGCTGTTTTGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTAtt > 1:525502/1‑151 (MQ=255)
gTGGGTTTCTGCCGCTGTTTTGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTc > 1:982645/1‑150 (MQ=255)
ggTTTCTGCCGCTGTTTTGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCAttt < 1:1588001/151‑1 (MQ=255)
gCCGCTGTTTTGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAAtt < 4:1196178/151‑1 (MQ=255)
ccGCTGTTTTGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAAttt < 4:318681/151‑1 (MQ=255)
cGCTGTTTTGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTg > 4:260274/1‑151 (MQ=255)
gCTGTTTTGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTgg < 1:1498248/151‑1 (MQ=255)
ttttGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTg > 4:1272397/1‑150 (MQ=255)
tttGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGa < 1:632924/150‑1 (MQ=255)
tGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTg > 3:183926/1‑151 (MQ=255)
gTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTg > 1:899768/1‑150 (MQ=255)
cATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGaa < 1:1341193/150‑1 (MQ=255)
cATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGaa < 3:341675/150‑1 (MQ=255)
aTCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATc > 4:1408523/1‑151 (MQ=255)
ttCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAAt > 3:235429/1‑147 (MQ=255)
ttCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATc > 4:513682/1‑148 (MQ=255)
tCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCaga > 1:1709458/1‑150 (MQ=255)
cGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCagaag < 1:1610754/151‑1 (MQ=255)
cGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCaga > 3:317839/1‑149 (MQ=255)
gAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCagaaga < 2:178091/151‑1 (MQ=255)
aaaGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGAc > 2:177946/1‑151 (MQ=255)
aaGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACg > 4:1693245/1‑151 (MQ=255)
aGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATaa < 1:299119/151‑1 (MQ=255)
aaGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAAtt < 2:438535/151‑1 (MQ=255)
aGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTa < 1:1276499/151‑1 (MQ=255)
aaGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAgg > 4:1846357/1‑150 (MQ=255)
aaGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGa < 4:1209501/151‑1 (MQ=255)
gAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGAt > 4:241527/1‑150 (MQ=255)
gAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGAt > 4:890336/1‑150 (MQ=255)
aaaCGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACtt > 1:75268/1‑150 (MQ=255)
aaaCGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACtt < 2:5652/150‑1 (MQ=255)
aaCGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTAt < 1:1161619/151‑1 (MQ=255)
aCGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATc < 1:806166/151‑1 (MQ=255)
ttCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTgg > 1:1327842/1‑151 (MQ=255)
tCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTgg > 1:336274/1‑150 (MQ=255)
ccccAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGa < 3:114550/150‑1 (MQ=255)
ccAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGAttt < 3:456623/151‑1 (MQ=255)
ccAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGAttt < 1:1224091/151‑1 (MQ=255)
ccAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGAttt < 4:542591/151‑1 (MQ=255)
cAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTa < 1:1145943/151‑1 (MQ=255)
aGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTaa < 4:1922958/151‑1 (MQ=255)
aGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTa > 1:687380/1‑150 (MQ=255)
gggTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAAc < 1:1176285/151‑1 (MQ=255)
ggTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACg < 1:1718285/151‑1 (MQ=255)
tcCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGataaat > 4:539103/1‑151 (MQ=255)
cGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGataaata > 1:1173396/1‑150 (MQ=255)
aaCGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACttt > 1:329319/1‑151 (MQ=255)
aaCGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACttt > 4:800008/1‑151 (MQ=255)
cGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTa < 4:603728/151‑1 (MQ=255)
gTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTAt > 1:1004859/1‑151 (MQ=255)
aaCTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCt < 1:258892/150‑1 (MQ=255)
aaCTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTg > 1:1468737/1‑151 (MQ=255)
aCTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGt > 1:730014/1‑151 (MQ=255)
ttgtgtgtTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTtgct > 4:572929/3‑151 (MQ=255)
tCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTtgc < 4:1073387/150‑1 (MQ=255)
cGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTtgctg > 1:1109066/1‑151 (MQ=255)
cGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTtgctg < 3:382985/151‑1 (MQ=255)
gtgtgtTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTtgctgc > 4:884027/1‑151 (MQ=255)
ttttCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGTTAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCg > 4:1887775/1‑151 (MQ=255)
tttCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCg > 1:1880634/1‑150 (MQ=255)
gTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGaa < 4:1127065/150‑1 (MQ=255)
gTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAAt < 4:235090/151‑1 (MQ=255)
gTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAAt < 1:1274496/151‑1 (MQ=255)
ttAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAAtt > 4:1467191/1‑151 (MQ=255)
tAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAAtt > 4:187986/1‑150 (MQ=255)
tAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAAtt > 1:165619/1‑150 (MQ=255)
aaTGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTaa < 4:71409/151‑1 (MQ=255)
gTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGa < 4:368830/150‑1 (MQ=255)
gTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGa > 2:418428/1‑150 (MQ=255)
ttAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAAt > 1:1250910/1‑151 (MQ=255)
tAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATg > 1:647461/1‑151 (MQ=255)
aGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATg < 1:1826685/150‑1 (MQ=255)
aaTCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATGTTa > 4:246639/1‑150 (MQ=255)
aTCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATGTTaa > 4:1664325/1‑150 (MQ=255)
aTCCTTGAATTTCGTATTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATGTTaaa < 1:1393898/151‑1 (MQ=255)
tGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATGTTAAATAc < 1:525498/149‑1 (MQ=255)
tGAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATGTTAAATAc < 1:260195/149‑1 (MQ=255)
gAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATGTTAAATACAg < 4:1154272/150‑1 (MQ=255)
gAATTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATGTTAAATACAg < 4:1299994/150‑1 (MQ=255)
aaTTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATGTTAAATAc > 4:1553743/1‑147 (MQ=255)
aaTTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATGTTAAATAc > 4:275374/1‑147 (MQ=255)
aaTTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATGTTAAATACAGAt < 2:378789/151‑1 (MQ=255)
aTTTCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATGTTAAATACAGAtt > 1:897997/1‑151 (MQ=255)
tCGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATGTTAAATACAGATTCa < 1:1692578/150‑1 (MQ=255)
cGTCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATGTTAAATACAGATTCACt < 1:1157794/151‑1 (MQ=255)
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tCTTTGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATGTTAAATACAGATTCACTCg > 2:184938/1‑151 (MQ=255)
ttGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATGTTAAATACAGATTCACTCg < 4:148067/148‑1 (MQ=255)
tGGTATGGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATGTTAAATACAGATTCACTCGTCAc > 4:292977/1‑151 (MQ=255)
tatgGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGTGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATGTTAAATACAGATTCACTCGTCACtt > 2:50251/1‑150 (MQ=255)
|
CAGACAGCATCATAGTGGGTTTCTGCCGCTGTTTTGTCATCTTCGAAAGTAGAAGCAAGAATAAACGTTCCCCAGGGTTTCTCCGTCAACGTTAACTTTCGTGTGTTTTCTGTTAATGTTAGCAATCCTTGAATTTCGTCTTTGGTATAGTGGCTCTTTATTTCATTTTGTAATTTGGCTGAGTGAATCAGAAGACGATAATTAGGATACTTATCTGGATTTAACGATAAATAACTTTTATCTGTTGCTGCCCCCGTGGAATTAAGAATGTTAAATACAGATTCACTCGTCACTT > NC_000913/2998458‑2998752
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
