Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F50 I1 R1
|
144 |
141.8 |
4677362 |
93.6% |
4378010 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,780,330 |
G→A |
G799G (GGC→GGT) |
ypjA ← |
adhesin‑like autotransporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,780,330 | 0 | G | A | 99.3%
| 518.5
/ NA
| 135 | G799G (GGC→GGT) | ypjA | adhesin‑like autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (75/59); minor base C (0/1); total (75/60) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TGTTTTTATTGCCTCTCCGTTAGCTGAAACTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCGCCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCT > NC_000913/2780183‑2780476
|
ttttATTGCCTCTCCGTTAGCTGAAACTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACCCCCTCGACATTTGTTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCat < 1:1721615/150‑1 (MQ=255)
ttttATTGCCTCTCCGTTAGCTGAAACTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCat > 1:73547/1‑150 (MQ=255)
ttATTGCCTCTCCGTTAGCTGAAACTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATAtt > 2:1063171/1‑151 (MQ=255)
tATTGCCTCTCCGTTAGCTGAAACTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATAtt > 1:895102/1‑150 (MQ=255)
tATTGCCTCTCCGTTAGCTGAAACTGTTTGTATCCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACCCCCTCTACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATAtt < 1:1471266/150‑1 (MQ=255)
ttGCCTCTCCGTTAGCTGAAACTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGa < 4:413883/150‑1 (MQ=255)
ttGCCTCTCCGTGAGCTGAAACTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACCCCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATAGTg < 1:1605064/149‑1 (MQ=255)
gCCTCTCCGTTAGGGGAACCTGTTTGTATTCCGCCGTCTTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACCCCCTCAACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCt < 1:602686/151‑1 (MQ=255)
ccTCTCCGTTAGCTGAAACTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCtg > 3:344134/1‑151 (MQ=255)
ctcCGTTAGCTGAAACTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTgtgt > 1:519820/1‑151 (MQ=255)
tcCGTTAGCTGAAACTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGtt > 2:1122606/1‑151 (MQ=255)
ccGTTAGCTGAAACTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACCCCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCtgtg < 1:1040309/148‑1 (MQ=255)
ccGTTAGCTGAAACTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGttt > 2:90442/1‑151 (MQ=255)
ttAGCTGAAACTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACCCCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGtttt < 1:1066566/149‑1 (MQ=255)
ttAGCTGAAACTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCTTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGCCGCAGGGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGt > 4:199850/1‑151 (MQ=255)
ttAGCTGAAACTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGt > 1:799890/1‑151 (MQ=255)
tAGCTGAAACTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGt < 3:329041/150‑1 (MQ=255)
tAGCTGAAACTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTc > 2:607252/1‑151 (MQ=255)
tAGCTGAAACTGCTTGTATTCCGTCGTCGTTAATTGCTGGGTCATTCGCCACACCCTGGACAATTTCTTCACCGCCGGTGTGCGTCGTGCCGGACGCTACGCCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGACCACCCATATTGACCTGTGGTTTGTc > 1:844075/1‑151 (MQ=255)
aaaCTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCaga > 3:185047/1‑148 (MQ=255)
ttGTATTCCGCCGTCGTTAGTTGGTGTCTCATGCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGGCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCGCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGGGTCt > 1:619709/1‑151 (MQ=255)
gTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTg < 2:51052/150‑1 (MQ=255)
tATTCGGACGGCGTTAATTGTTGTATCATTGGCCACACTATCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGAc > 1:1358358/1‑151 (MQ=255)
tATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGAc > 1:707743/1‑151 (MQ=255)
aTTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACt > 3:444234/1‑151 (MQ=255)
ttCCGCCGTCGTTAATTGTTTTCTCATTCCCCACCCCCCCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGa < 2:674020/148‑1 (MQ=255)
tCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTcc > 1:504933/1‑151 (MQ=255)
ccgccgTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACCCCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTc < 1:210126/149‑1 (MQ=255)
gccgTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACg > 3:4524/1‑151 (MQ=255)
gccgTCGTTAATTGTTGTCTCATTAGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACg > 1:247066/1‑151 (MQ=255)
cgtcgtTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGt > 1:1027233/1‑151 (MQ=255)
cgtcgtTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGt > 3:352523/1‑151 (MQ=255)
gtcgtTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTTTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGtt < 2:444267/151‑1 (MQ=255)
tcgtTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGtt > 4:264614/1‑150 (MQ=255)
gtTAATTGTTGTCTCATTCGCCACCCCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGtt < 1:209671/148‑1 (MQ=255)
gtTAATTGTTGTCTCATTCGCCACCCCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTaa < 2:1315707/150‑1 (MQ=255)
ttAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTaa < 1:1269908/149‑1 (MQ=255)
ttAATTGTTGCCCTATCCGCCGCTCCCTCGACAATTTGTATTCCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCGCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCCCGGtg < 1:1492254/147‑2 (MQ=255)
ttgttgTCTCTTTCGCCGCCCCCTCGACATTTTGTTCTCCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGATTCCACGGTTa < 1:1459716/144‑1 (MQ=255)
gttgtCTCATTCGCCACCCCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACAcgccg < 3:283402/150‑1 (MQ=255)
gttgtCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACAcgccgc > 1:414906/1‑151 (MQ=255)
ttgtCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACgccgcc > 3:378261/1‑151 (MQ=255)
tctcATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCAtt > 3:271054/1‑151 (MQ=255)
ctcATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCAttt > 1:1264688/1‑151 (MQ=255)
aTTCGCCCCCCCCTCGACAATTGGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGcc < 1:1449810/151‑1 (MQ=255)
aTTCGCCCCACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGc < 2:1308676/150‑1 (MQ=255)
aTTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGcc > 1:1202217/1‑151 (MQ=255)
aTTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGcc > 2:120568/1‑151 (MQ=255)
ttCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGcc > 1:1377340/1‑150 (MQ=255)
ttCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGAAGTGGCATTTGTTTTGACGAGCTCCCGTCCACCCATATTGAACTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCAttt > 1:1700308/1‑147 (MQ=255)
tCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGCCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTg > 1:1704448/1‑147 (MQ=255)
cGCCACCCCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCca < 1:750589/149‑1 (MQ=255)
ccACCCCCTCGACAATTTTTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCcagca < 1:1037807/150‑1 (MQ=255)
ccACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCcagca < 3:98798/150‑1 (MQ=255)
cccccTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGat < 1:376186/149‑1 (MQ=255)
cacCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGat > 2:193565/1‑151 (MQ=255)
cacCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGat < 2:159507/151‑1 (MQ=255)
cTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTg > 2:312303/1‑151 (MQ=255)
tCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGt > 1:1025899/1‑151 (MQ=255)
tCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGt > 1:1262888/1‑151 (MQ=255)
cGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGGCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGtt < 2:759918/151‑1 (MQ=255)
cGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGtt > 2:424673/1‑151 (MQ=255)
aCAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGt < 1:577645/148‑1 (MQ=255)
aCAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTcg < 1:1008860/151‑1 (MQ=255)
aCAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTc < 4:387861/150‑1 (MQ=255)
aTTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTcgccg > 2:1060200/1‑151 (MQ=255)
tttGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTcgccg < 1:355163/150‑1 (MQ=255)
tttttCCCCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTTTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTcgcc < 1:1584794/145‑1 (MQ=255)
ttCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCAccc > 1:1638684/1‑151 (MQ=255)
tCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCt > 4:220459/1‑151 (MQ=255)
cACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCt > 3:216684/1‑150 (MQ=255)
cACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCt < 2:792373/150‑1 (MQ=255)
cACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTg < 2:519901/151‑1 (MQ=255)
cgccgGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTc > 1:408491/1‑151 (MQ=255)
gccgGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCg > 1:1284641/1‑151 (MQ=255)
ggTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATg < 4:1307/151‑1 (MQ=255)
ggTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATg < 2:295361/151‑1 (MQ=255)
gTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCCCCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTTTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGa < 1:1405194/148‑1 (MQ=255)
gTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGc > 4:132765/1‑151 (MQ=255)
gCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGaa < 1:1546734/151‑1 (MQ=255)
cgtcgtGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAAc > 2:899116/1‑151 (MQ=255)
gtcgtGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCCTATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATTCTGAAc > 1:165737/1‑150 (MQ=255)
cgtGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAAcgcg > 2:1085760/1‑151 (MQ=255)
cgtGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAAcgcg > 3:573376/1‑151 (MQ=255)
gtGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGa < 2:165318/151‑1 (MQ=255)
gCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACg > 2:1459592/1‑151 (MQ=255)
ccTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGc > 1:1654150/1‑151 (MQ=255)
gTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCAt > 1:1391998/1‑151 (MQ=255)
cAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCcgc < 1:867744/151‑1 (MQ=255)
cAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCGCGATGCTGAACGCGACGCCATCcgc < 1:1336507/151‑1 (MQ=255)
tttgttttgACGATCTCCCGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTc > 1:315055/1‑151 (MQ=255)
cccGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCcgcg < 2:414973/147‑1 (MQ=255)
cccGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGt < 2:1627157/148‑1 (MQ=255)
cccGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCg < 3:170154/150‑1 (MQ=255)
cGTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGccc > 2:1166241/1‑151 (MQ=255)
gTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCt < 1:157286/151‑1 (MQ=255)
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gTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCt < 1:1166739/151‑1 (MQ=255)
gTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCt < 2:1504955/151‑1 (MQ=255)
gTCCACCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAACAGGTGTCGGGCTCCACGGTTAACACGCCACCATTTGCCAGCAGGCTATTGTTCGCCGCAACCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCt > 2:152608/1‑151 (MQ=255)
|
TGTTTTTATTGCCTCTCCGTTAGCTGAAACTGTTTGTATTCCGCCGTCGTTAATTGTTGTCTCATTCGCCACACCCTCGACAATTTGTTCACCGCCGGTGAGCGTCGTGCCTGTCGCAGTGGCTTTTGTTTTGACGATCTCCCGTCCGCCCATATTGACCTGTGTTTTGTCAGAAGAGGTGTCTGACTCCACGGTTAACACGCCGCCATTTGCCAGCAGGATATTGTTCGCCGCACCCTGCTCGATGCTGAACGCGACGCCATCCGCGCGTGTTCCTGTGACCCGCGTCGCCCT > NC_000913/2780183‑2780476
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
