Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F50 I1 R1
|
144 |
141.8 |
4677362 |
93.6% |
4378010 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,549,322 |
A→G |
N172S (AAT→AGT) |
fimH → |
minor component of type 1 fimbriae |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,549,322 | 0 | A | G | 99.1%
| 422.9
/ ‑4.1
| 112 | N172S (AAT→AGT) | fimH | minor component of type 1 fimbriae |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (55/56); total (55/57) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.65e-01 |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
CCGTGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGCAC > NC_000913/4549174‑4549469
|
ccGTGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCagta < 3:441431/151‑1 (MQ=255)
cGTGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCagtaa < 3:149889/151‑1 (MQ=255)
tGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCagtaat < 1:544352/150‑1 (MQ=255)
ggCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAatg < 2:221429/150‑1 (MQ=255)
ggCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAatg > 1:1617142/1‑150 (MQ=255)
cGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGAtgt > 1:200196/1‑151 (MQ=255)
ggTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGAtgtg < 1:345168/151‑1 (MQ=255)
ggCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATgtggtg < 3:262209/151‑1 (MQ=255)
cgcTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATgtggtgg > 1:12573/1‑150 (MQ=255)
cgcTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATgtggtgg > 2:1585949/1‑150 (MQ=255)
gcTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATgtggtgttg > 4:593982/1‑151 (MQ=255)
gcTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATgtggtggtg > 1:115553/1‑151 (MQ=255)
cTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGc > 2:1463478/1‑151 (MQ=255)
ttGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACt < 4:431739/150‑1 (MQ=255)
tGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTg < 1:463897/150‑1 (MQ=255)
tGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTg < 1:1463319/150‑1 (MQ=255)
cGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTggcgg > 2:987167/1‑151 (MQ=255)
gCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTggcggc < 3:465199/151‑1 (MQ=255)
ccTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTggcggc > 1:670099/1‑150 (MQ=255)
tgtgAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTg > 4:443955/1‑150 (MQ=255)
gtgAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTCCGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTTCTGGCGGCTGCg < 3:594570/151‑1 (MQ=255)
gtgAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTg < 2:711629/149‑1 (MQ=255)
gtgAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGc < 2:74680/150‑1 (MQ=255)
tgAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCg > 2:120898/1‑150 (MQ=255)
gAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGa < 2:14786/150‑1 (MQ=255)
gCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATg > 2:782931/1‑150 (MQ=255)
gCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGt < 2:712045/151‑1 (MQ=255)
gcgggGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCg < 2:1486246/151‑1 (MQ=255)
ggggTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTg < 1:8026/151‑1 (MQ=255)
ggggTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTg > 1:1303968/1‑151 (MQ=255)
gCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTc > 4:392581/1‑150 (MQ=255)
gCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTc < 4:489435/150‑1 (MQ=255)
gCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTc > 3:572197/1‑150 (MQ=255)
gCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCa < 2:1186023/151‑1 (MQ=255)
cGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCa > 4:165286/1‑150 (MQ=255)
aTTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCg < 4:145556/151‑1 (MQ=255)
aTTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCg < 2:284689/151‑1 (MQ=255)
ttAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCg > 1:134277/1‑150 (MQ=255)
tAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGtt > 2:55234/1‑151 (MQ=255)
tAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGt < 1:976230/150‑1 (MQ=255)
aaaGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGtt > 1:1332246/1‑150 (MQ=255)
aaaGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGtt < 2:183589/150‑1 (MQ=255)
aaaGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTa < 1:1675654/151‑1 (MQ=255)
aGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTAc > 2:919291/1‑150 (MQ=255)
ggCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTActct < 4:302286/149‑1 (MQ=255)
aTTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGa < 2:1674639/150‑1 (MQ=255)
aTTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGAc < 2:73819/151‑1 (MQ=255)
aTTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGAc > 1:1103884/1‑151 (MQ=255)
ttAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCgg > 3:429150/1‑148 (MQ=255)
ttAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGAc > 1:613331/1‑150 (MQ=255)
ttAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGAGGCAGTGAGGTTTCTGCTCGGGGAGTCACCGTTAATCTGCCGGACt > 1:1217812/1‑151 (MQ=255)
tAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACt > 3:199009/1‑150 (MQ=255)
aaTTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTAc > 2:912270/1‑151 (MQ=255)
aaTTGCCGTGCTTATGTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTAc < 2:491524/151‑1 (MQ=255)
gCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCt < 2:1321719/150‑1 (MQ=255)
gCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTg < 2:1458593/151‑1 (MQ=255)
gCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTg < 1:507847/151‑1 (MQ=255)
gCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTg < 1:1603244/151‑1 (MQ=255)
ccGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTGGGGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTgg > 1:1117119/1‑151 (MQ=255)
ttATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGt > 2:1099248/1‑151 (MQ=255)
aTTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGGCTACCCTGGTTCATTg > 1:90415/1‑150 (MQ=255)
aTTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGc < 3:443974/151‑1 (MQ=255)
ttttGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGcc > 3:553002/1‑151 (MQ=255)
tttGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGcc > 2:537916/1‑150 (MQ=255)
cGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAAtt > 1:278004/1‑150 (MQ=255)
cGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTc < 2:196735/151‑1 (MQ=255)
aGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGGGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCctct > 2:608162/1‑151 (MQ=255)
aCCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCtt > 1:943015/1‑150 (MQ=255)
caacaaCTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTAcc < 2:209860/151‑1 (MQ=255)
aacaacTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCg < 3:49214/151‑1 (MQ=255)
acaacTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGt < 1:505820/151‑1 (MQ=255)
acaacTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGt < 1:441720/151‑1 (MQ=255)
caacTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGtt < 1:1070775/151‑1 (MQ=255)
caacTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGtt < 2:245405/151‑1 (MQ=255)
aacTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATTTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGttt > 1:338295/1‑151 (MQ=255)
ataACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCAACGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTAtt > 1:1202820/1‑150 (MQ=255)
aaCAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATtgt < 1:1406821/150‑1 (MQ=255)
gatgatTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTGCTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTGCCGTTTATTGTGCGaaaa < 1:789892/151‑1 (MQ=255)
atgatTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGaaa > 2:1381013/1‑149 (MQ=255)
gatTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGAGGCGCCTACTGGCGGCTGCGATGCTTCTGCTCGTGAAGTCCACGTTCCTCTGCCGGACTGCCCCGGTTAAGAGTCAATTCCTCTTAACGTTTATTTTGCGAAAAg > 1:1363752/1‑149 (MQ=255)
atTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCCCCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGcc > 2:1304501/1‑150 (MQ=255)
tttCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCa < 2:922418/150‑1 (MQ=255)
ttCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCa > 3:394802/1‑82 (MQ=255)
tCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCaaa > 3:512278/1‑150 (MQ=255)
ccAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCaaaa < 2:222141/150‑1 (MQ=255)
cAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCaaaa > 4:414538/1‑149 (MQ=255)
aGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCaaaa < 1:1083172/148‑1 (MQ=255)
gTTTGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCt < 1:835939/150‑1 (MQ=255)
ttGTGTGGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTggg > 2:1262153/1‑151 (MQ=255)
tgtgtgGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTggg < 2:597277/150‑1 (MQ=255)
gtgtgGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTgggg < 2:1693478/150‑1 (MQ=255)
tgtgGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTgggg > 2:452652/1‑149 (MQ=255)
tgtgGAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGt > 4:195362/1‑150 (MQ=255)
ggAATATTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTa < 2:868286/151‑1 (MQ=255)
tatTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACctc > 3:230342/1‑151 (MQ=255)
atTTACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACctct < 2:145896/151‑1 (MQ=255)
tttACGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCtctc > 2:506403/1‑151 (MQ=255)
aCGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCg < 2:770847/150‑1 (MQ=255)
aCGCCAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGGATTACCTCTCCgg > 1:422241/1‑151 (MQ=255)
ccAGTAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGcac > 1:405527/1‑151 (MQ=255)
|
CCGTGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGCAC > NC_000913/4549174‑4549469
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
