Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F50 I1 R1
|
170 |
39.5 |
1266514 |
99.2% |
1256381 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,773,041 |
(G)6→7 |
coding (761/1914 nt) |
mtlA → |
mannitol‑specific PTS enzyme: IIA, IIB and IIC components |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,773,035 | 1 | . | G | 97.2%
| 129.8
/ ‑2.6
| 36 | coding (755/1914 nt) | mtlA | mannitol‑specific PTS enzyme: IIA, IIB and IIC components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base G (17/18); total (18/18) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.32e-01 |
CATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCT‑GG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATC > NC_000913/3772899‑3773180
|
cATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCAc > 2:38207/1‑151 (MQ=255)
gAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGaa < 2:294470/151‑1 (MQ=255)
aaCTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGaaa < 1:562554/151‑1 (MQ=255)
atcaatcTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTccc < 1:371578/151‑1 (MQ=255)
ttcttcCTGATTGAAGTTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTAtgtg > 1:49740/1‑151 (MQ=255)
ccTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCtgat < 2:324858/151‑1 (MQ=255)
aTTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTccc > 2:561312/1‑135 (MQ=255)
aTTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTccc < 1:561324/135‑1 (MQ=255)
cTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTc > 1:183799/1‑151 (MQ=255)
cTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTc > 1:194454/1‑151 (MQ=255)
aaCCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTATATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTg > 1:115010/1‑151 (MQ=255)
aaCCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCt < 2:67294/135‑1 (MQ=255)
aaCCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCt > 1:67294/1‑135 (MQ=255)
aaCCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCt < 2:235045/150‑1 (MQ=255)
ggtccaggtATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCt < 2:272885/150‑1 (MQ=255)
ggtccaggtATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTc > 2:587646/1‑151 (MQ=255)
ccaggtATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATTTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCa < 1:357772/151‑1 (MQ=255)
caggtATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAg < 2:356771/151‑1 (MQ=255)
ggtATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTc < 1:136729/151‑1 (MQ=255)
tATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCAt > 1:187095/1‑151 (MQ=255)
aTGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCAt < 1:359948/150‑1 (MQ=255)
gggCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCt < 2:187090/151‑1 (MQ=255)
cATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCgt < 2:109949/151‑1 (MQ=255)
ttCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGtt > 2:210577/1‑150 (MQ=255)
tttGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCAc > 1:163437/1‑150 (MQ=255)
ttGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGc > 1:543894/1‑151 (MQ=255)
cGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGAc > 2:457576/1‑150 (MQ=255)
gTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACt > 1:211509/1‑150 (MQ=255)
gTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTa < 1:198496/151‑1 (MQ=255)
gTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATcc < 2:143086/151‑1 (MQ=255)
cTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCT‑GGAGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCg > 2:246478/1‑151 (MQ=255)
cAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCggtgg > 1:342303/1‑150 (MQ=255)
gTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCt > 2:315491/1‑151 (MQ=255)
cgggcggTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGttt < 2:371160/151‑1 (MQ=255)
catcCACTTCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCgg < 2:543883/150‑1 (MQ=255)
ttCCTGGG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATc > 2:128169/1‑151 (MQ=255)
|
CATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCT‑GG‑GGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATC > NC_000913/3772899‑3773180
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
