Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I2 R1
|
121 |
82.0 |
2593086 |
97.7% |
2533445 |
150.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,440,116 |
T→C |
D305G (GAC→GGC) |
rpoA ← |
RNA polymerase, alpha subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,440,116 | 0 | T | C | 98.9%
| 321.6
/ ‑3.9
| 90 | D305G (GAC→GGC) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (39/49); total (40/50) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.74e-01 |
TCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACA > NC_000913/3439969‑3440262
|
tCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCtt > 1:437812/1‑151 (MQ=255)
aGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCttt > 2:215489/1‑150 (MQ=255)
aGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTa < 2:664132/151‑1 (MQ=255)
gTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTaa < 2:618842/151‑1 (MQ=255)
acgacCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGACCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAAtctc < 1:1224023/151‑1 (MQ=255)
acCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGt < 1:854481/151‑1 (MQ=255)
cACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTaa < 1:718785/151‑1 (MQ=255)
tctTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAag > 2:406030/1‑149 (MQ=255)
tACGATAGCGCATTACCTTATCCTTCTCAGTAGAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGGCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCACATTCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGGGAt < 1:1271409/150‑1 (MQ=255)
aCGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGAttt < 1:1173673/151‑1 (MQ=255)
cGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGAtttt < 2:116352/151‑1 (MQ=255)
gATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGAttttt < 1:1144875/151‑1 (MQ=255)
cgcATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTAcc > 2:1056145/1‑150 (MQ=255)
cgcATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTAc > 2:1204708/1‑149 (MQ=255)
gcATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCaa < 1:892035/151‑1 (MQ=255)
gcATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCaa < 1:520299/151‑1 (MQ=255)
cATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAg < 2:616342/151‑1 (MQ=255)
cATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAg < 2:75447/151‑1 (MQ=255)
aTGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAgg > 2:672544/1‑151 (MQ=255)
aTGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAgg > 1:359524/1‑151 (MQ=255)
aTGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAgg > 2:854469/1‑151 (MQ=255)
aTGACCTTATCCTTCTCAGGAAAACCTTAACCTGTGATCCTGTTACTCGTCAGCGTTGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACATTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACAAAgg > 1:459586/1‑151 (MQ=255)
tGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAg < 1:814486/149‑1 (MQ=255)
ccTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAg < 1:1214444/151‑1 (MQ=255)
ccTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGttt > 1:944068/1‑151 (MQ=255)
ccTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGttt > 2:502023/1‑151 (MQ=255)
ccTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGttt < 2:642143/151‑1 (MQ=255)
cTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGtttt > 1:100176/1‑151 (MQ=255)
ttCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGtttt > 2:1287491/1‑150 (MQ=255)
ttCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGtttt > 2:723013/1‑150 (MQ=255)
tctcAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTa < 2:14301/150‑1 (MQ=255)
cAGTAAATCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGa < 2:59919/151‑1 (MQ=255)
cAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGa < 2:426056/151‑1 (MQ=255)
gTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGc > 1:949779/1‑151 (MQ=255)
aaaaCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTc < 2:471495/151‑1 (MQ=255)
aaaCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTc > 2:390448/1‑150 (MQ=255)
aaaCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTc > 1:895089/1‑150 (MQ=255)
ccTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAAcc > 2:507173/1‑151 (MQ=255)
ccTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAAcc < 1:1201767/151‑1 (MQ=255)
ccTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAAcc > 2:786414/1‑151 (MQ=255)
tAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCt < 1:1005742/149‑1 (MQ=255)
tAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTc < 2:1106438/150‑1 (MQ=255)
aaCCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCg < 2:1029161/150‑1 (MQ=255)
aCCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGt < 2:634642/151‑1 (MQ=255)
ccTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGt > 1:288998/1‑150 (MQ=255)
ccTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTa < 2:1152934/151‑1 (MQ=255)
gtgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACg < 1:529178/150‑1 (MQ=255)
tgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCt > 2:696787/1‑151 (MQ=255)
ccGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTa < 2:188217/150‑1 (MQ=255)
ggTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCa < 2:1237453/151‑1 (MQ=255)
ttACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTAcc > 1:1170756/1‑148 (MQ=255)
ttACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTAcc > 2:399743/1‑148 (MQ=255)
tACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTAcc > 1:178351/1‑147 (MQ=255)
tACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGa < 1:697658/150‑1 (MQ=255)
cGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCAc < 2:222286/150‑1 (MQ=255)
tCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCg > 2:406083/1‑150 (MQ=255)
aGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGTGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCTCGCCTTTAATCTCAGTAAGATATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGata < 1:872141/151‑1 (MQ=255)
aGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGat > 1:297984/1‑150 (MQ=255)
aTGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGt > 2:663539/1‑151 (MQ=255)
gCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTg < 2:910886/150‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGa < 1:32927/149‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGAt < 1:279503/150‑1 (MQ=255)
cGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCt > 2:151723/1‑151 (MQ=255)
ggTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCtt < 1:810090/151‑1 (MQ=255)
tGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCt > 1:344138/1‑151 (MQ=255)
gCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGc > 2:1212542/1‑151 (MQ=255)
aGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCttt > 1:466120/1‑151 (MQ=255)
tttCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTaa < 1:39900/150‑1 (MQ=255)
cAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAg < 1:973376/151‑1 (MQ=255)
aGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGt < 2:1219797/151‑1 (MQ=255)
ggCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGAGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGATTCTGCTCTAAGGCAGt < 1:89916/150‑1 (MQ=255)
cgcATGCCCAGAGACAGTCCACCGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCCCCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAg < 2:1153748/151‑1 (MQ=255)
cATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGc > 2:708318/1‑150 (MQ=255)
gCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCag > 2:429100/1‑149 (MQ=255)
ccAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCg < 1:1279507/151‑1 (MQ=255)
cAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCgg > 1:26343/1‑151 (MQ=255)
agaCAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGGGCGGACa < 2:1167685/151‑1 (MQ=255)
agaCAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACa < 1:95027/151‑1 (MQ=255)
aCAGTCCACGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGt < 2:977239/151‑1 (MQ=255)
aGTCCACGGGAAGCCAGAACGACTTTAATATCAGTAAGAGGTTTTTTTCCAAGGTTAGGCGTTTTTAGGAGGCCAACCTCTCAACCCTTTACCAGATCACCGGTAAAATTTGAAGATTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAACGGAAAggc > 1:91169/1‑148 (MQ=255)
aCGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGTGATTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTCGCAGAGCGGACAGTCAATTcc > 2:671264/1‑151 (MQ=255)
aCGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTcc < 2:488332/151‑1 (MQ=255)
aCGGGAAGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTcc > 2:169463/1‑151 (MQ=255)
gAAGCCAGCACACCTTTAATCGCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGGTAGGCGTTTTAAGGAGCTCACCCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAATGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAg < 1:653407/149‑1 (MQ=255)
aaGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTcc > 1:158976/1‑146 (MQ=255)
aaGCCAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATc < 1:1074483/151‑1 (MQ=255)
ccAGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTc < 1:717574/151‑1 (MQ=255)
aGCACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCa > 2:301560/1‑150 (MQ=255)
cACGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACa < 1:1204856/151‑1 (MQ=255)
aCGCCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGTAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCaa > 1:511325/1‑148 (MQ=255)
|
TCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACA > NC_000913/3439969‑3440262
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
