Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,539,972 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,539,972 | 0 | A | T | 100.0%
| 666.6
/ NA
| 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (132/144); total (132/144) |
| * | CP042583 | 1,539,973 | 0 | C | G | 99.6%
| 656.8
/ NA
| 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (132/143); minor base A (0/1); total (132/144) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,539,974 | 0 | T | A | 100.0%
| 666.4
/ NA
| 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (132/144); total (132/144) |
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
ATAACCGGGGATTTCGCTTCTTCGGCTGCGTCGATAACGCCCATCAACATTTCTGCATTCCATACGTTAAAATGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACACTCTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATGCTTTTCACATCGAATCGCCCACTAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCGCTATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAATATCTGCGCCCATGTCTTCGGTAAATTGCTGACAGCGTGCAATAGTGTCTTCTTTTGCGCCGTTAATAACCACTGTCGCA > CP042583/1539692‑1540251
|||
ccGGGGATTTCGCTTCTTCGGCTGCGTCGATAACGCCCATCAACATTTCTGCATTCCATACGTTAAAATGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCt < 1:44654/289‑1 (MQ=255)
gCTTCTTCGGCTGCGTCGATAACGCCCATCAACATTTCTGCATTCCATACGTTAAAATGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCAGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGAc < 1:1443597/289‑1 (MQ=255)
tCGATAACGCCCATCAACATTTCTGCATTCCATACGTTAAAATGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGc > 1:1437030/1‑289 (MQ=255)
tAACGCCCATCAACATTTCTGCATTCCATACGTTAAAATGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAg < 1:899925/289‑1 (MQ=255)
gCCCATCAACATTTCTGCATTCCATACGTTAAAATGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGa > 1:307613/1‑289 (MQ=255)
tCAACATTTCTGCATTCCATACGTTAAAATGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATAcc > 2:1969600/1‑289 (MQ=255)
cAACATTTCTGCATTCCATACGTTAAAATGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCg < 2:1603433/289‑1 (MQ=255)
ttCTGCATTCCATACGTTAAAATGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGa > 2:1533566/1‑289 (MQ=255)
ttCCATACGTTAAAATGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAAt > 1:468759/1‑232 (MQ=255)
cATACGTTAAAATGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATaataatac > 2:2127217/1‑281 (MQ=255)
tACGTTAAAATGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTcgc > 2:2049742/1‑289 (MQ=255)
aaaaTGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCgattga > 2:2057835/1‑289 (MQ=255)
aaTGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAAt < 1:1489935/259‑1 (MQ=255)
aaTGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAAt > 2:1489935/1‑259 (MQ=255)
gggCAATTGCATAATGTTTAGTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTg < 2:214116/289‑1 (MQ=255)
tATTTTTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTgccgaa < 2:706471/289‑5 (MQ=255)
tATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTgccgaa < 2:254794/289‑5 (MQ=255)
tATTGGTGGCTTCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGTATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTgccgaa < 1:1887982/289‑5 (MQ=255)
aTTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTgccgaa > 2:1066035/1‑284 (MQ=255)
ttGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTgccgaatcg < 2:1550405/289‑8 (MQ=255)
ttGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTgccgaatcg < 1:2057835/289‑8 (MQ=255)
gtgGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTCGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGcc < 1:419101/289‑1 (MQ=255)
tgGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCa > 1:1617299/1‑223 (MQ=255)
tgGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAAt < 1:2129888/232‑1 (MQ=255)
tgGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCg > 2:533875/1‑289 (MQ=255)
tgGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCg > 1:1696362/1‑289 (MQ=255)
ggCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCAACATCGATTTCACATACAATCGCTCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACAGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCGGGATAGGGACTTTGTGAGTGATTTGTAGGAAATTGATTgccgaatccacgg > 2:663734/1‑278 (MQ=255)
gCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTgccgaatcgc < 1:2178680/285‑9 (MQ=255)
gCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTgccgaatcgc > 2:2178680/1‑277 (MQ=255)
aTCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTa < 1:1730038/289‑1 (MQ=255)
tCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTAc < 1:2199971/289‑1 (MQ=255)
ccAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACcaa < 2:1238016/289‑1 (MQ=255)
atatctgCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTa > 2:79674/1‑270 (MQ=255)
atatctgCGAGCACGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTCATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGACACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATGGATGTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGAACAGTACCGAAAATCAAAAt > 2:484428/1‑289 (MQ=255)
tgCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGAt > 1:827963/1‑190 (MQ=255)
cGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTGCAGTACCAACAATCATAATTTTAcc > 1:735578/1‑288 (MQ=255)
cGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTAcc > 2:1280121/1‑288 (MQ=255)
caGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTAccgc < 1:925859/288‑1 (MQ=255)
aTGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCcgcg < 1:34209/289‑1 (MQ=255)
tgttctgttcTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCACTCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTTATTTTGAGGAAATTGATTGCGGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTAACGCCgcgc > 2:520952/1‑289 (MQ=255)
gttctgttctCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCcgcg < 2:394878/287‑1 (MQ=255)
ttctgttctCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGcc < 2:157495/250‑1 (MQ=255)
ttctgttctCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGcc > 1:157495/1‑250 (MQ=255)
ttctgttctCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCAt > 2:1662871/1‑289 (MQ=255)
ttctgttctCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCAt > 1:1759677/1‑289 (MQ=255)
tctgttctCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCAtt < 1:563120/289‑1 (MQ=255)
ttctCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTa > 2:888418/1‑250 (MQ=255)
ccGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGTTaa > 1:524234/1‑289 (MQ=255)
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tCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTgccgaa < 2:1759969/222‑5 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
