Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,552,537 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,552,537 | 0 | A | T | 99.5%
| 520.8
/ NA
| 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (115/101); minor base G (1/0); total (116/101) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,552,538 | 0 | G | C | 100.0%
| 520.8
/ NA
| 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (116/101); total (116/101) |
| * | CP042583 | 1,552,539 | 0 | T | A | 100.0%
| 523.8
/ NA
| 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (116/101); total (116/101) |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TTTCATAAACAAAATGCAACAGCTAAAGGCTAAAACTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGAGTACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTAAGCTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCAAGTATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCATTACTACCTTATATAACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTT > CP042583/1552262‑1552818
|||
tttCATAAACAAAATGCAACAGCTAAAGGCTAAAACTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCa > 2:1327628/1‑288 (MQ=255)
tttCATAAACAAAATGCAACAGCTAAAGGCTAAAACTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAg < 2:1765343/289‑1 (MQ=255)
aTGCAACAGCTAAAGGCTAAAACTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGct < 1:1785211/289‑1 (MQ=255)
gCAACAGCTAAAGGCTAAAACTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGctct < 1:179838/289‑1 (MQ=255)
gCAACAGCTAAAGGCTAAAACTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCCGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGctct < 2:1692075/289‑1 (MQ=255)
cTAAAGGCTAAAACTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCttttt > 2:2160908/1‑289 (MQ=255)
aaGGCTAAAACTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATg < 1:452458/289‑1 (MQ=255)
aaGGCTAAAACTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATg < 1:1471605/289‑1 (MQ=255)
tAAAACTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGtt > 2:1945443/1‑287 (MQ=255)
aaaaCTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATg < 1:1813033/283‑1 (MQ=255)
aaaaCTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCt > 1:242835/1‑289 (MQ=255)
aaaCTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTa > 1:96924/1‑289 (MQ=255)
aaaCTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTa > 2:838376/1‑289 (MQ=255)
cAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTAcaca < 2:567057/288‑1 (MQ=255)
cAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACaa < 2:859237/289‑1 (MQ=255)
ccTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTaa < 2:774158/283‑1 (MQ=255)
ccTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTaa > 1:774158/1‑283 (MQ=255)
ccTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTc > 2:2028607/1‑289 (MQ=255)
gCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTAAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAATTTAAAAGCTCaaa > 2:1340698/1‑288 (MQ=255)
aGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTAtt > 2:397041/1‑289 (MQ=255)
tACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCa > 1:866727/1‑289 (MQ=255)
tGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATg < 2:314752/237‑1 (MQ=255)
tctcATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCaa > 1:614425/1‑261 (MQ=255)
tctcATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTg > 1:1953578/1‑288 (MQ=255)
ctcATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGAc > 2:1204575/1‑289 (MQ=255)
ctcATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGAc > 2:1653960/1‑289 (MQ=255)
tttATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTa > 2:92045/1‑289 (MQ=255)
tacatTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAattttattt < 1:1653960/289‑1 (MQ=255)
catTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTg < 1:1231289/289‑1 (MQ=255)
catTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTg < 2:605091/289‑1 (MQ=255)
tAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATgg > 2:1462413/1‑210 (MQ=255)
tAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTg > 1:2190820/1‑286 (MQ=255)
aGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCAtt > 2:1256775/1‑289 (MQ=255)
cTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCAtt > 1:1328232/1‑287 (MQ=255)
cTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCAtt > 1:1087374/1‑287 (MQ=255)
ttACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTTGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCATta < 1:1687252/287‑1 (MQ=255)
aCAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTg < 2:2094416/280‑1 (MQ=255)
cTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGAc > 1:390380/1‑258 (MQ=255)
cTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCATTACTACCTtatat > 1:2255629/1‑289 (MQ=255)
cTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCATTACTACCTtatat > 1:362578/1‑289 (MQ=255)
aCAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCATTACTACCTATAATAACGAAAacac > 2:873949/1‑289 (MQ=255)
cATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTaa > 2:658368/1‑206 (MQ=255)
cATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAATGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGCCGTTAATTTTATTTTGCATTACTACCTTAAATAACGAAAAATCAAAt > 2:937682/1‑289 (MQ=255)
cATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCATta < 2:1891543/263‑1 (MQ=255)
cATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCATta < 1:1285888/263‑1 (MQ=255)
cATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCATta > 1:1891543/1‑263 (MQ=255)
aTAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCATTACTACCTTATATAACGAAAacac < 1:1201928/284‑1 (MQ=255)
tAACCTTTACATAAATTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCATTACTACCTTATATAACGAAAACACAAATGt < 2:1491/289‑1 (MQ=255)
aaCCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTTGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCATTACTACCTTATATAACGAAAACACAAATGTa < 1:295679/289‑1 (MQ=255)
ccTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCCGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCATTACTACCTTATATAACGAAAACACAAATGTaaa < 2:1788409/289‑1 (MQ=255)
tACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCATCAATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCATTACTACCTTATATAACGAAAACACAAATGTAAAACTc > 2:442327/1‑289 (MQ=255)
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|||
TTTCATAAACAAAATGCAACAGCTAAAGGCTAAAACTATCAGCCAGGTCATTATCGCCTGGCTGATTTTTAGCTTACTGTAAATTATCTCATTTATTACATACATTAGCTTACAATCGCTTTAAATATGACAGCATAACCTTTACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGAGTACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTAAGCTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTGCCAAGTATAAAATCCAGCACTCACATTGCTCTCCTTTTTATGGTTTCTATGGGTACACAAAAATTAAAAGCTCAAAGCTTTTTTATTTTCAGTTTATTGCTGACGTTAATTTTATTTTGCATTACTACCTTATATAACGAAAACACAAATGTAAAACTCATCCCACAGATGAATTACCTGATGGTTGTTGTGGCTTTGTTTTTCCTTAACGCCGTCATTTTTCTTTTCATGTTAATGAAATATTTCACTAACAAACAAATTTTACCAACACTCATTTTAAGCCTT > CP042583/1552262‑1552818
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
