Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,574,865 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,574,865 | 0 | A | T | 100.0%
| 571.6
/ NA
| 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (145/93); total (145/93) |
| * | CP042583 | 1,574,866 | 0 | G | C | 99.6%
| 565.5
/ NA
| 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (145/92); minor base A (0/1); total (145/93) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.91e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,574,867 | 0 | C | G | 99.6%
| 565.9
/ NA
| 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (145/92); minor base A (0/1); total (145/93) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.91e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
TCTGGTTATAGCGTGCGGACTGACCGTTAAATTTCTCCATCTTACTGGATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTAAGTGCGCCAACACCAAGTAGCATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTAGTACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATAT > CP042583/1574601‑1575144
|||
tCTGGTTATAGCGTGCGGACTGACCGTTAAATTTCTCCATCTTACTGGATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAgg > 1:1297851/1‑289 (MQ=255)
aCCGTTAAATTTCTCCATCTTACTGGATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGa > 2:1973377/1‑289 (MQ=255)
cTGGATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGcc < 2:257078/289‑1 (MQ=255)
ggATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGc < 1:1568506/289‑1 (MQ=255)
tAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGa > 1:1827002/1‑269 (MQ=255)
acacacCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGata > 2:50041/1‑289 (MQ=255)
cATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACgg > 2:2155832/1‑289 (MQ=255)
cATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACg > 1:436228/1‑288 (MQ=255)
aTGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACATCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGgc < 1:128241/289‑1 (MQ=255)
tGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGgc > 1:1139857/1‑288 (MQ=255)
ctgctACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGa > 1:817582/1‑288 (MQ=255)
tgctACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAg < 2:1649207/288‑1 (MQ=255)
aaaaCACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCGACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGcc < 1:1763798/259‑1 (MQ=255)
aaaaCACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGcc > 2:1763798/1‑259 (MQ=255)
acCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTg < 2:1297851/289‑1 (MQ=255)
acCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATAACGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGCTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCGGACACGGAAGGCTg > 1:1441751/1‑289 (MQ=255)
cTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGa > 2:1518535/1‑289 (MQ=255)
gCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTAccc > 1:1348523/1‑219 (MQ=255)
atCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGa > 2:2063386/1‑289 (MQ=255)
aTCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGTAGTACGCGCGAGAGCCGCTGATATTACGGCCCGAGCTGACGGGGGAGGCTGAAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGGGGGGTGGGCcaaa > 2:13734/1‑289 (MQ=255)
ccTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCaaaaaaa > 1:1832234/1‑289 (MQ=255)
cTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATAtt < 1:946001/219‑1 (MQ=255)
ttGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATg > 1:1024522/1‑289 (MQ=255)
gATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGga < 2:461415/289‑1 (MQ=255)
aGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAgg < 1:2155832/289‑1 (MQ=255)
tatataGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAACAATGGTTGGATGGGCAAGAAAAATGGATAAAGTTGAACGTTCTGTGATTaa > 2:348903/1‑289 (MQ=255)
tataGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTaaaa < 2:17233/289‑1 (MQ=255)
aGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAAt > 2:675984/1‑288 (MQ=255)
ccTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGa > 1:1427843/1‑133 (MQ=255)
ccTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGa < 2:1427843/133‑1 (MQ=255)
ccTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGgag < 1:2113058/259‑1 (MQ=255)
ccTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAAt > 1:412789/1‑286 (MQ=255)
tATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGaa < 1:675984/289‑1 (MQ=255)
aTCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTaaa < 2:1273463/146‑1 (MQ=255)
aTCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAg < 2:1709315/190‑1 (MQ=255)
aTCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAg > 1:1709315/1‑190 (MQ=255)
aTCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAAt > 2:1540154/1‑289 (MQ=255)
aTCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAAt > 2:1469145/1‑289 (MQ=255)
aTCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAAt > 2:2107173/1‑289 (MQ=255)
aTCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAAt > 2:1377827/1‑289 (MQ=255)
aTCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAAt > 2:116909/1‑289 (MQ=255)
aTCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGACATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGATGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGAAAGAGGAAGGGTCTGTAAATAAAAAttataaat > 2:1215366/1‑282 (MQ=255)
tCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAAt > 1:2091179/1‑288 (MQ=255)
tCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATa < 1:1953051/289‑1 (MQ=255)
ggTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAgg > 2:1507265/1‑188 (MQ=255)
ggTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAgg < 1:1507265/188‑1 (MQ=255)
ggTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACttttcaaca > 2:403066/1‑283 (MQ=255)
aTAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTTCAACATATATGCAGgaa < 1:1377827/287‑1 (MQ=255)
tAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTTCAACATATATGCAGgaaga < 1:516011/288‑1 (MQ=255)
aaGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACttttcaacata > 2:1107814/1‑267 (MQ=255)
aaGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACttttcaacata < 1:1107814/275‑9 (MQ=255)
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tAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTATCAGCGCCAACACCAAGTTCGATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTTCAACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTaaa > 1:918496/1‑289 (MQ=255)
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|||
TCTGGTTATAGCGTGCGGACTGACCGTTAAATTTCTCCATCTTACTGGATAACACACCATGAGCTGCTACCTTTAAAACACCTGAATGTCAACAGGTTAACTCGTGCCATATCGTTATAATCCCTTTGATATTAGATGCAAATTAAGGTCATATATAGCCTTATCGATAACATGGTTAATTTTAAGGATAAGAATATGCCTGCTGTAATAGATAAAGCCCTGGATTTCATTGGTGCCATGGATGTAAGTGCGCCAACACCAAGTAGCATGAATGAAAGCACGGCGAAGGGAATCTTTAAATATTTAAAAGAACTGGGAGTACCCGCGAGTGCCGCTGATATTACGGCGCGAGCTGACCAGGAAGGCTGGAACCCTGGGTTCACGGAAAAAATGGTTGGATGGGCAAAAAAAATGGAGACAGGTGAACGTTCTGTGATTAAAAATCCTGAATACTTTAGTACATATATGCAGGAAGAACTAAAAGCACTGGTCTGAGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATAT > CP042583/1574601‑1575144
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
