Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,637,348 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,637,348 | 0 | G | C | 99.8%
| 926.9
/ NA
| 393 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (209/183); total (210/183) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
| * | CP042583 | 1,637,349 | 0 | C | G | 99.0%
| 920.8
/ ‑3.8
| 393 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (206/181); minor base T (2/2); total (210/183) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,637,350 | 0 | T | A | 99.5%
| 922.7
/ NA
| 393 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (208/182); minor base C (2/0); total (210/183) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 393 total aligned reads displayed.
TCGGTACTGCTCCAGGCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTACTATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCGCTTGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTACTAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCA > CP042583/1637070‑1637626
|||
tgggTACAGCCACAGGCAAGTTTTAAGGTGTTCAGGGGGTTCATTCCCCACAACACACCAACCCGGCTGTTTGCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCAACCACCTCTACAGAACCGACACCATGCGGCATGATCCCCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGt < 2:1890884/287‑1 (MQ=255)
cTCCAGGCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGTTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTAc > 2:1075301/1‑289 (MQ=255)
tttttAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATc > 1:858069/1‑289 (MQ=255)
ttAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATg < 2:858069/289‑1 (MQ=255)
gggTTCATTCCCCACCGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCATGAGGTCTGCTGTTCATACA‑CTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAAt < 1:893078/286‑1 (MQ=255)
aggTTCACTCCCCAACTGACCAACACCTGGCTGTATTCCCGAATCAGCGGCAAGGAGTTCTTCTGTTCATCCCCCTCGACGGACCCGACCAGAGGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATc < 2:1932178/287‑1 (MQ=255)
ggTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGGTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCTTTAGGTTTACGAATACGATCATGTTGGCCATGCATcgg > 2:1742628/1‑287 (MQ=255)
gTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCAt > 1:2097701/1‑272 (MQ=255)
ccaacaGCACAACACCCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGc < 2:1402787/286‑1 (MQ=255)
cccacacccccaACCTGGCTGTTTTCCACAATCAGCGGCAGGGAGGTCTGCTGTTCATCCCCCTCTACAATGCCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCt < 2:1665706/279‑1 (MQ=255)
caccacAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGc > 1:2005329/1‑282 (MQ=255)
cacaACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGGTAGCTTTCGGAATACGATCATGTTGCCCAAGAATCAGTTTTAATGCCTGTTcccc > 2:1170981/1‑287 (MQ=255)
caACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATg > 2:167704/1‑253 (MQ=255)
caACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGc > 2:942428/1‑288 (MQ=255)
caACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCt < 1:1009088/289‑1 (MQ=255)
caACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCt < 1:789624/289‑1 (MQ=255)
ccTGGCTTTTTTCCGGAATCAGCGGCCCGGAGGTCTGCTGTTCAGACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCAc < 2:1037283/289‑1 (MQ=255)
ccTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCAc < 1:2203954/289‑1 (MQ=255)
ccTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGCTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATCTAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCCATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGCCCACATATCCACTAAATCAGTTTTAACGCCTGTTCCCCGcccc > 2:1716611/1‑285 (MQ=255)
tGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCa > 1:104274/1‑286 (MQ=255)
cTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGGTAGCTTTACGAATACGAACATGTTGCTTCAGAATCAGTTTTAATGCGTGTTCCTCACTCACCTgc > 2:1782567/1‑287 (MQ=255)
cGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGcc > 2:637007/1‑288 (MQ=255)
ttCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCAc < 2:1514683/249‑1 (MQ=255)
tCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCa < 2:1772631/289‑1 (MQ=255)
cATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAg > 1:1275528/1‑289 (MQ=255)
aTACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGt > 1:1513070/1‑289 (MQ=255)
acacCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTgg > 1:14282/1‑289 (MQ=255)
acCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACTATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAg > 1:1793080/1‑252 (MQ=255)
tctACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATa > 1:65122/1‑192 (MQ=255)
tctACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCAc > 2:2140346/1‑239 (MQ=255)
tctACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACCACGGTAACTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTa > 2:1574465/1‑288 (MQ=255)
tACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTAc < 1:113653/185‑1 (MQ=255)
tACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCAc < 2:572478/237‑1 (MQ=255)
tACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCCCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCg > 2:794632/1‑289 (MQ=255)
aaCCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATa > 1:1769701/1‑289 (MQ=255)
aaCCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTCAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGGGGATTATCGAGATa > 2:279423/1‑289 (MQ=255)
ccGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGTTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGc < 1:1075301/289‑1 (MQ=255)
ccGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATa > 1:2116371/1‑287 (MQ=255)
aCCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGt < 2:64941/204‑1 (MQ=255)
aCCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCttt > 1:674097/1‑289 (MQ=255)
aCCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCttt > 2:739077/1‑289 (MQ=255)
aCCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCttt > 2:180114/1‑289 (MQ=255)
aCCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCttt > 1:1110648/1‑289 (MQ=255)
gCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCa > 1:125235/1‑288 (MQ=255)
gCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACAACAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGACGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAGTGTCTGTTTCCAGCTCACCTGTAAATAGGTATATTATCCACGTCCCTCCGTCGGCTGCCGTGGATTATCGAGTTAGCTTTTTCtcatca > 2:1962506/1‑288 (MQ=255)
aTGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGCTCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCg < 1:420121/289‑1 (MQ=255)
tGATCACCTGTGCTGCCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCgg < 1:1391569/289‑1 (MQ=255)
tgctgcCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCCTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCAc < 2:1348886/227‑1 (MQ=255)
gctgcCCCGGTTGAATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATAc < 1:1641397/289‑1 (MQ=255)
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cGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTACAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGt < 2:102041/289‑1 (MQ=255)
aaTAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAg > 1:256317/1‑288 (MQ=255)
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cGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTc > 1:1232412/1‑288 (MQ=255)
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gCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATAcgcg < 1:1780246/228‑1 (MQ=255)
cAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCa > 1:1943848/1‑179 (MQ=255)
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tATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAAc > 2:467677/1‑289 (MQ=255)
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cGGCAAAAATGGCCGATGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTc > 1:1594797/1‑288 (MQ=255)
|||
TCGGTACTGCTCCAGGCAATTTTTAAGGTATTCAGCGGGTTCATTCCCCACAGCACCACAACCTGGCTGTTTTCCAGAATCAGCGGCCAGGAGGTCTGCTGTTCATACACCTCTACAGAACCGACCACATGCGGCATGATCACCTGTGCTGCCCCGGTACTATAATCGCCGCTATGCCCGGAATAACCGCCCGCCAGGTTCATATAACGTTGCAGTAAGGTTTGCGCTTTATGCAACACGCCAGAAGAGCGCCAGCCGTAAGATCCGGCAAAAATGGCGCTTGGTCCGTTAGCTTTACGAATACGATCATGTTGCTCATGAATCAGTTTTAATGCCTGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTACTAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCA > CP042583/1637070‑1637626
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
