Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,652,538 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,652,538 | 0 | A | T | 100.0%
| 429.6
/ NA
| 179 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (92/87); total (92/87) |
| * | CP042583 | 1,652,539 | 0 | G | C | 100.0%
| 426.5
/ NA
| 179 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (92/87); total (92/87) |
| * | CP042583 | 1,652,540 | 0 | T | A | 100.0%
| 428.8
/ NA
| 179 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (92/87); total (92/87) |
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
GAGACTTCTGATTCTGACTCTTAGTTTAATAACGCTGGCGGGGTGTACGGTTACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGAGTTATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAAATAATAAAATAACAAATTATAGTGACGCCACAGCAACAAATATAACCTTTGTGGAGCACTATCATGCTGAAACCAGAAATGATTGAAAAACTTAATGAGCAGATGAACCTGGAACTGTACTCTA > CP042583/1652258‑1652810
|||
tagaCTTCTGATTCGGACTCTTTCTTTAATAACGCGGGCGGGGTGTACGGTTACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCGTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAg < 2:915730/288‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGCGGGGTGTACGGTTACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTtc > 1:828350/1‑287 (MQ=255)
gCTGGCGAGGTGTACGGTTACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTaa < 1:175300/289‑1 (MQ=255)
cTGGCGGGGTGTACGGTTACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCt > 1:642712/1‑280 (MQ=255)
cTGGCGGGGTGTACGGTTACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCt < 2:642712/280‑1 (MQ=255)
gtACGGTTACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGCTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCATCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAAt < 1:723229/288‑1 (MQ=255)
tACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAg < 1:1864989/288‑1 (MQ=255)
aCTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGcc < 2:1657/241‑1 (MQ=255)
aCTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAggg > 1:1390075/1‑289 (MQ=255)
cTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCcatc > 1:1558809/1‑243 (MQ=255)
cTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAgggg > 1:1132592/1‑289 (MQ=255)
cAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCt > 1:1864296/1‑288 (MQ=255)
aGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCg < 2:1274065/289‑1 (MQ=255)
ccATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGc < 2:558216/287‑1 (MQ=255)
cATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCC‑TTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGAt < 2:2161260/289‑1 (MQ=255)
gcaaGTTGACCCGGCAAAAGGTTTTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTTCAGGATGCCCATACCGATTGTTATGTTAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGGCCGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGa < 2:324003/286‑1 (MQ=255)
cGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCt < 1:643976/242‑1 (MQ=255)
caGTTGGCGCGGCACCAGGTATTGTAAGGTTGGTTTATGACCGGGGTTTTTTGCACGAGGCCAATGCCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGaaa < 2:335836/287‑1 (MQ=255)
aGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATa > 1:268664/1‑289 (MQ=255)
gTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTctct < 1:955308/244‑1 (MQ=255)
ggCAACAGGGATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCCTGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGCGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTATCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAAt < 1:292714/288‑1 (MQ=255)
gCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATg < 2:1864296/288‑1 (MQ=255)
aaCAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCg < 2:395761/288‑1 (MQ=255)
gTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGGTTTAt > 1:72837/1‑289 (MQ=255)
ttGTACGGTTAGTTTATGCCCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTcc < 2:268664/289‑1 (MQ=255)
cGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAAt < 2:1216878/232‑1 (MQ=255)
cGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAAt > 1:1216878/1‑232 (MQ=255)
ttAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTa > 2:1835420/1‑289 (MQ=255)
aGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCGTACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTAtt > 2:164761/1‑289 (MQ=255)
aGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTAtt > 1:1712867/1‑289 (MQ=255)
ttATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTAttttt < 2:1390075/289‑1 (MQ=255)
tGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTaa > 1:1269982/1‑220 (MQ=255)
aCCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGTAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATTTTTTAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTTTCTTTCTCTAAATATTTTAATCATCGATTTTATCTTCTCTTATTAAATAAATATCTGTAATTCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTtaataa > 1:1983022/1‑289 (MQ=255)
ggCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGa > 1:381049/1‑289 (MQ=255)
cTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTg < 1:919939/286‑1 (MQ=255)
ttttttGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGt < 1:1835420/289‑1 (MQ=255)
ttttttGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGt < 2:1712867/289‑1 (MQ=255)
tGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTa > 1:1049694/1‑287 (MQ=255)
aCCGATAGTTTTGTCAGTCCCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTTTACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCa < 2:1372602/289‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAaat > 2:1157653/1‑289 (MQ=255)
aTCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCa > 2:688759/1‑191 (MQ=255)
aTCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCg > 2:1211313/1‑206 (MQ=255)
aTCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGAt < 2:504951/211‑1 (MQ=255)
aTCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGAt < 1:2065717/211‑1 (MQ=255)
aTCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGAt > 2:2065717/1‑211 (MQ=255)
aTCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAg > 2:1586463/1‑222 (MQ=255)
aTCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAAtt < 2:2126593/261‑1 (MQ=255)
aTCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAAtt > 1:2126593/1‑261 (MQ=255)
aTCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAatta > 2:201110/1‑289 (MQ=255)
aTCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAaata > 2:816682/1‑289 (MQ=255)
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tataCCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAAATAATAAAATAACAAATTATAGTGACGCCACAGCAACAAATATAACCTTtgtg < 1:315910/289‑1 (MQ=255)
taCCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAAATAATAAAATAACAAATTATAGTGACGCCACAGCAACAAATATAACCTTtg < 2:607523/285‑1 (MQ=255)
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aGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAAATAATAAAATAACAAATTATAGTGACGCCACAGCAACAAATATAACCTTTGTGGAGCACTATCATGCTGAAACCAGaa > 1:2014946/1‑289 (MQ=255)
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gCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAAATaataaaata < 1:1170869/221‑1 (MQ=255)
tAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAAATAATAAAATAACAAATTATAGTGACGCCACAGCAACAAATATAACCTTTGTGGAGCACTATCATGCTGAAACCAGAAATGAtt > 1:144832/1‑289 (MQ=255)
aGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAAATAATAAAATAACAAATTATAGTGACGCCACAGCAACAAATATAACCTTTGTGGAGCACTATCAAGATGAAACCAGAAATGATTg > 1:1083606/1‑289 (MQ=255)
aaCTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAAATAATAAAATAACAAATTATAGTGACGCCACAGCAACAAATATAACCTTTGTGGAGCACTATCATGCTGAAACCAGAAATGATTGaaaa > 2:1868176/1‑289 (MQ=255)
aCTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTAttttt > 2:66713/1‑167 (MQ=255)
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tAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAAATAATAAAATAACAAATTATAGTGACGCCACAGCAACAAATATAACCTTTGTGGAGCa > 2:980263/1‑253 (MQ=255)
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tGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAAATAATAAAATAACAAATTATAGTGACGCCACAGCAACAAATATAACCTTTGTGGAGCACTATCATGCTGAAACCAGAAATGATTGAAAAACTTAATGAGCAGa < 1:2149565/289‑1 (MQ=255)
tGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAAATAATAAAATAACAAATTATAGTGACGCCACAGCAACAAATATAACCTTTGTGGAGCACTATCATGCTGAAACCAGAAATGATTGAAAAACTTAATGAGCAGa < 1:679414/289‑1 (MQ=255)
gCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAAATAATAAAATAACAAATTATAGTGACGCCACAGCAACAAATATAACCTTTGTGGAGCACTATCATGCTGAAACCAGAAATGATTGAAAAACTTAATGAGCAGAt < 1:1157653/289‑1 (MQ=255)
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tCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAAt < 2:753470/122‑1 (MQ=255)
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tGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAAt < 1:698920/112‑1 (MQ=255)
tGAATACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAAATAATAAAATAACAAATTATAGTGACGCCACAGCAACAAATATAACCTTTGTGGAGCACTATCATGCTGAAACCAGAAATGATTGAAAAACTTAATGAGCAGATGAACCTGGAACTGTa > 2:1777080/1‑288 (MQ=255)
tACGGAATTCACTTTGTCATATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAAATAATAAAATAACAAATTATAGTGACGCCACAGCAACAAATATAACCTTTGTGGAGCACTATCATGCTGAAACCAGAAATGATTGAAAAACTTAATGAGCAGATGAACCTGGAACTGTActctt < 1:816682/289‑2 (MQ=255)
|||
GAGACTTCTGATTCTGACTCTTAGTTTAATAACGCTGGCGGGGTGTACGGTTACTCGCCAAGCCCATGTGAGCGAAGTTGACGCGGCAACAGGTATTGTACGGTTAGTTTATGACCAGGCTTTTTTGCAGCATGCCCATACCGATCGTTATGTCAGTCGCGGGATCGCCGATCGCGCATGCCAGCAGGAAGGCTATACCCACGCGGTCCCCTTTGGTCAGCCAGTAGGCAACTGTAGCCTTTTTGCGGGTTCCTTATGTTTGAATACGGAATTCACTTTGAGTTATCAGTGCCATCATTCCGCCTTCCCTGTCTTTCTCTAAATATTTTAATCAGCGAGGGGATCTTCGCTGATTAAAGAAATAGCGGTAATGCGTTTTATTCCCATTCGTATTTTTAATAATTGAAGTTTATATTTTACCTTTTGCAAATAATAAAATAACAAATTATAGTGACGCCACAGCAACAAATATAACCTTTGTGGAGCACTATCATGCTGAAACCAGAAATGATTGAAAAACTTAATGAGCAGATGAACCTGGAACTGTACTCTA > CP042583/1652258‑1652810
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
