Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,657,628 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,657,628 | 0 | G | C | 99.4%
| 763.6
/ ‑2.6
| 330 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (172/153); minor base T (1/1); total (175/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.34e-01 |
| * | CP042583 | 1,657,629 | 0 | C | G | 99.7%
| 776.5
/ NA
| 330 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (174/155); total (175/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,657,630 | 0 | T | A | 99.4%
| 771.0
/ NA
| 330 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (173/154); minor base G (1/1); total (175/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
AAGGATCACATCCGGGATCTTACTGTCGTCAATGGCTTTACCATAACGCCGACGCAGCACCTGATTCATCGCCGCATAATCATCGCCCGGCGTGATGCCTGTAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGGCTAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCACTAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGAGCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAATAGAACTGGCCTACGAAGGTTTCTACCACCTCGCTCAGTTCCGTACCGCCAGGCACTTTCGGGAAATAGCTGCGGCTG > CP042583/1657349‑1657907
|||
gtcAATGGCTTTACCATAACGCCGACGCAGCACCTGATTCATCGCCGCATAATCATCGCCCGGCGTGATGCCTGTAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGGCGCCGCATTGGTg > 1:1493121/1‑289 (MQ=255)
gtcAATGGCTTTACCATAACGCCGACGCAGCACCTGATTCATCGCCGCATAATCATCGCCCGGCGTGATGCCTGTAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCCCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGACCGTTTGCTGGTTACGGCTGTCGCCGCATTGGTg > 2:350116/1‑289 (MQ=255)
tGGCTTTACCATAACGCCGACGCAGCACCTGATGCATCGCCGCATAATCATCGACCGGCGTGATGCCTGTAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTgcgcgc < 1:1956267/289‑1 (MQ=255)
cTTTACCATAACGCCGACGCAGCACCTGATTCATCGCCGCATAATCATCGCCCGGCGTGATGCCTGTAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAg > 1:573774/1‑289 (MQ=255)
tACCATAACGCCGACGCAGCACCTGATTCATCGCCGCATAATCATCGCCCGGCGTGATGCCTGTAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGtt > 2:1405197/1‑288 (MQ=255)
gCCGACGCAGCACCTGATTCATCGCCGCATAATCATCGGCCGGCGTGATGCCTGTAAGGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAAcg < 1:484641/289‑1 (MQ=255)
tCATCGCCGCATAATCATCGCCCGGCGTGATGCCTGTAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTgcgcgc > 1:1650152/1‑256 (MQ=255)
gccgcATAATCATCGCCCGGCGTGATGCCTGTAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAggtttgg > 1:628630/1‑289 (MQ=255)
cATAATCATCGCCCGGCGTGATGCCTGTAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCCCCGCGAGgtttggtttg > 1:792765/1‑289 (MQ=255)
atcatcGCCCGGCGGGATGCCTGTAATGTTATAGCGCCGGTACTCCGCAGGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCCCACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACa < 2:218748/289‑1 (MQ=255)
tcatcGCCCGGCGTGATGCCTGTAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACAt < 2:841914/289‑1 (MQ=255)
cccGGCGTGATGCCTGTAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCt > 1:1797028/1‑289 (MQ=255)
cGTGATGCCTGTAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCg > 1:1067489/1‑288 (MQ=255)
gTAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATcgccg > 2:199328/1‑249 (MQ=255)
gTAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATcgccg < 1:199328/249‑1 (MQ=255)
gTAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATcgccg > 2:2234899/1‑249 (MQ=255)
gTAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATcgccg < 1:2234899/249‑1 (MQ=255)
gTAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGt > 2:2247969/1‑288 (MQ=255)
tAATGTTATAGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGt > 2:1123285/1‑287 (MQ=255)
tataGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTcg > 1:372188/1‑198 (MQ=255)
ataGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTctgaaagg > 1:1574972/1‑282 (MQ=255)
taGCGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGc < 1:1619512/275‑1 (MQ=255)
gcgcCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGtt < 1:962911/278‑1 (MQ=255)
gcgcCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGtt > 2:962911/1‑278 (MQ=255)
cgcCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTcg < 1:1281204/193‑1 (MQ=255)
ccGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCg > 1:1258144/1‑289 (MQ=255)
ccGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCg > 2:876070/1‑289 (MQ=255)
ccGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCg > 1:286228/1‑289 (MQ=255)
tCCGCAGCCAGCGGGCCGTAAGCATCAAACACCACACAGGAAGCAACGGGTTGTTCGCCCATGGTACGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGagca < 2:1010309/289‑1 (MQ=255)
gcacgcaGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTAACGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTTCGTCCCGCCATTTCTGAAAGGGCCTCGGCcagcaggg > 2:1208483/1‑287 (MQ=255)
cacgcaGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTgcgcgc < 2:1459488/196‑1 (MQ=255)
cacgcaGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTgcgcgc > 1:1459488/1‑196 (MQ=255)
gcaGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGtttt < 2:1073795/289‑1 (MQ=255)
aGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTTCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTCAACATTAATTTTGCGTCCCGCCCGTTCGTGAAGGGAATCGGGGAGGCGGGTTTTAt > 2:2094801/1‑289 (MQ=255)
cGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATc > 1:946887/1‑288 (MQ=255)
gCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCt < 2:1797028/288‑1 (MQ=255)
tCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAAt < 2:924806/289‑1 (MQ=255)
aaaCACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGTGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCg > 2:241752/1‑289 (MQ=255)
aaaCACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTGCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCAGCCGCTTCTCTTACGGCAACTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCCGGTGAACGGGAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTCAGGCCGGCGCCGTATATGTGCGCGTGAGTTTCATATAACGCGTGCTTTCGCCGCGAGGTATGGGTTGAACCTTAGTCTTGCGTTCCGCCAGTTTTGAAAGGGGAGCGGCGAGCCGCGTTTTATCGCTCAGAGTAAAATca > 2:570762/1‑288 (MQ=255)
ccaccacACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGAg < 1:269292/288‑1 (MQ=255)
accacACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGAGCa < 1:2094801/289‑1 (MQ=255)
ccacACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGgtttggtttg < 1:1874479/211‑1 (MQ=255)
cacaGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTTGTTCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTTCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGATCAGCGTTTTATCGCTTAGATTAACATCGAGCACGa > 2:2075455/1‑288 (MQ=255)
cacaGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGAGCAGGAt < 2:29143/289‑1 (MQ=255)
aaGGGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCGAATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACGCGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGAGCAGGAtctc < 2:1622020/286‑1 (MQ=255)
gCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGAGCAGGAtc < 2:498799/282‑1 (MQ=255)
gCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTGGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGGTTGGTTTGAACATTAATCTTTCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGGGCAGCGTTTTCTCCTCAAGATTAAAATCGAACAGGATCTCACCCg > 2:1143036/1‑289 (MQ=255)
gccGGTTGGTTCGCCCATGGAATGGCTGATGTCAAAGCACTCCTTCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGAGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGATTTTCAGATAACGCGCCCTTTCGCCACGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGAGCAGGATCTCACCCGGt < 2:628630/287‑1 (MQ=255)
aCGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGAGCAGGATCTCACCCGGt < 2:2159699/288‑1 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A