Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,667,480 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,667,480 | 0 | A | T | 99.7%
| 683.8
/ NA
| 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (130/156); minor base C (1/0); total (132/156) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,667,481 | 0 | G | C | 99.7%
| 679.2
/ NA
| 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (132/155); total (132/156) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 1,667,482 | 0 | C | G | 99.7%
| 676.7
/ NA
| 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (131/156); minor base T (1/0); total (132/156) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
GTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCAGCATTAGCTGGGCGTTTGGCAGTGTTTATGGCAGCCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGAGCATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTAGTGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTAGCATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTC > CP042583/1667202‑1667761
|||
gTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTg > 2:433223/1‑289 (MQ=255)
cAATGCCGCGCTGATTGGCGTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCTGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGc < 1:1780499/289‑1 (MQ=255)
attGCCGTGCTGATTGGCCTGGTATTGCGGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCGGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGTTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGct < 2:1551173/287‑2 (MQ=255)
aaTGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGct < 1:2107496/289‑2 (MQ=255)
aaTGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGct < 2:818732/289‑2 (MQ=255)
tGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGctca > 1:1423281/1‑286 (MQ=255)
cgcgCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTGTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGGGGAAATTTAAGCGGCAAGCCGTGGGGCGCGATTCTGAGTTTAATCGGCGCGAGTAGCTGGGCGTTTGGctcagtt > 1:1050150/1‑283 (MQ=255)
cgcTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAAGCATCATGCTCAATAGCGGTGGCATTTTAAGGGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGGTCGATTAGCTGGGCGGTTGGctgcggtta > 2:1595262/1‑281 (MQ=255)
ttGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGct < 1:1911133/288‑2 (MQ=255)
ttGGCCTGTTATTGCTGCGTTTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCGTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAGCGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCCTGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGct < 2:1337592/288‑2 (MQ=255)
cgtgtATGGCGGGCTGTGGGGTGTGGCAGGGTGACGGTTGTCGAACCTCGAAATGTTCCTTCCGGGTTGGCCGGCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAACCGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGctcgcgc < 2:892648/284‑7 (MQ=255)
tGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGctcgcgcat < 1:1406514/289‑9 (MQ=255)
tGTTATTGCTGGCGGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAAGGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGctcgcgcat < 1:55785/289‑9 (MQ=255)
tATTGCTGTCGTTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGTCGTAGTGGTTTCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTCCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCTCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTCAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCAttac < 1:1034700/289‑1 (MQ=255)
tATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCATACTGGAATGGGTGGGTATTTCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTCAGCTGCAATCCGTGGGTCGCGATCCGGATTTTAATTGGCTCGATTAGCTGGGCGTTGGGCTCGGTTTATGGCTCGCGCAtta > 2:1742255/1‑288 (MQ=255)
tgtctgggtgTGGGTAATGGAAGTGGGACGGTTGCAGAACGTCAAAATGTTCCTTCCGGAATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCAttacct < 2:2229361/286‑1 (MQ=255)
tGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCAttacctt < 1:813408/289‑1 (MQ=255)
ctgTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATAGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCCCAGTTTATGTCTCGCGCCTTACCTTACCTGt > 2:793753/1‑289 (MQ=255)
tAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATTTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGgat < 1:972045/288‑1 (MQ=255)
cATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGc < 2:1050231/288‑1 (MQ=255)
cATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCg > 1:466518/1‑289 (MQ=255)
ggTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGt > 1:2206786/1‑289 (MQ=255)
gTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTAGGGCTCGCGCATTACCTTACCTTTAGGGttggtgtgggggt > 2:496918/1‑282 (MQ=255)
gCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATTATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGGCCATTACCTTTCCCGTAGGGATGTTGGGGGGGGCgtgtgggg > 2:75291/1‑282 (MQ=255)
gCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTgaga > 1:583887/1‑289 (MQ=255)
ccGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTTGCGCCTTCACTTTCCTTTAGGGATGATGGCCGGTGCGATTggagt > 2:2090275/1‑285 (MQ=255)
ccGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCAttaccttcc > 2:2035474/1‑256 (MQ=255)
cGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGAt > 1:1522622/1‑288 (MQ=255)
cAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTggcgg < 1:1694548/289‑1 (MQ=255)
tccttccGGCCTCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCgtg < 2:689560/289‑1 (MQ=255)
tccttccGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCgtg < 1:909573/289‑1 (MQ=255)
tccGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGgtgt > 2:1895134/1‑289 (MQ=255)
ccGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGtt < 2:1044384/289‑1 (MQ=255)
tCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGa < 2:2201410/288‑1 (MQ=255)
gTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGTGCATTACCTTCCCTGTAGGGATGATGGCGGGTGGGATTGAGATGCCGGCCGCCGGCGTGGTGTTAATGATcgcgtcgtagagtt > 2:303601/1‑279 (MQ=255)
gTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATcgcgtcg < 1:1499491/282‑4 (MQ=255)
aaCCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGt > 1:264007/1‑289 (MQ=255)
aaCCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGt < 1:2162360/289‑1 (MQ=255)
aaCCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGt > 1:1546328/1‑289 (MQ=255)
ccGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCgtg < 1:1827605/257‑1 (MQ=255)
tGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCAttacctt > 2:864567/1‑205 (MQ=255)
gCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGa > 1:1010015/1‑263 (MQ=255)
ctTTATCCTGTGCTTCTGCCGCCTGTGTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAGTGGGGGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACg < 2:2163529/289‑1 (MQ=255)
tACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGgcg < 2:1423281/289‑1 (MQ=255)
tACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGgcg < 1:1595262/289‑1 (MQ=255)
tgtgCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGGTTGGCTGAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGGTCGATTGAGATGATGGCGGGAGGCGTGGTGTTAAGGCTCGCGTCGAGGAGTGTGGGTGAACAACTTAAGGCGCtc > 1:524777/1‑287 (MQ=255)
tgCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTTGCTCAGTTTATGGCTCGCGCCTTACCTTACCTGTAGGGATGATAGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTGATTGATCGCGGGGATGATTTCGGATGAACAACTTATGGGGCtgccg > 2:466167/1‑287 (MQ=255)
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|||
GTCCGCTGCTCAATGCCGCGCTGATTGGCCTGTTATTGCTGGCTGTCGGTAATGGCATGGTGACGGTTGCCGAACATCAAAATGTTCCTTCCGGCATCGCCGCCGTAGTGGTTGCAACCGTGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCAGCATTAGCTGGGCGTTTGGCAGTGTTTATGGCAGCCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGAGCATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTAGTGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTAGCATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTC > CP042583/1667202‑1667761
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
