Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F210 I1 R1
|
4928 |
385.2 |
6658600 |
97.5% |
6492135 |
231.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,631,799 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,631,799 | 0 | A | T | 99.7%
| 866.0
/ NA
| 360 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (169/190); minor base G (1/0); total (170/190) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 1,631,800 | 0 | G | C | 99.7%
| 862.0
/ NA
| 360 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (169/190); minor base A (1/0); total (170/190) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,631,801 | 0 | T | A | 99.7%
| 866.6
/ ‑5.2
| 360 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (170/188); minor base G (0/1); total (170/190) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-01 |
Only 100 of 360 total aligned reads displayed.
CTAATCGCATTAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCAGTCCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCAGCACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGT > CP042583/1631531‑1632080
|||
cTAATCGCATTAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGcc < 2:2084418/288‑1 (MQ=255)
ttAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAATGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGCGGTAGTTAATCGCGCCGGTAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGGCTGCCGCTTACGCTTAAGCATAAAAACAGCCTGGCCATGCGCCCTCACCGGCTAACCTGTTGCACGAAAttttg > 2:2239094/1‑287 (MQ=255)
ttAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATtgg > 1:310849/1‑289 (MQ=255)
gtgtGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGc < 2:1752141/288‑1 (MQ=255)
ggCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATc < 1:2566104/288‑1 (MQ=255)
aCGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCctg < 2:3185712/288‑1 (MQ=255)
gATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCctgct > 1:1935737/1‑288 (MQ=255)
ttttGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTAAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCGAACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAACTTGGTGGCAACAACCTGCGGCa > 2:339072/1‑289 (MQ=255)
aTTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCACCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGATCGATGCGCTCTCACCGGCCAAAGTCTTGCCCGAAACTTGGTGGGCACATCCCGCTGCCGTAGTTGCAACAGACAGCg > 2:1225643/1‑289 (MQ=255)
tGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAACTTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGGTCAACCGACCGCGAATTCGaa > 2:323815/1‑289 (MQ=255)
gAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGaaa > 2:2763583/1‑289 (MQ=255)
aaCTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGCTGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCACGCCGCCTTAGTTGCAACCGACAGCAATACAGaaa > 2:1888126/1‑288 (MQ=255)
aaCTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGaaa > 2:809056/1‑288 (MQ=255)
aaCTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGaaa > 1:776337/1‑288 (MQ=255)
aaTGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAgtgt < 1:1501336/223‑1 (MQ=255)
aaTGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAgtgt > 2:1501336/1‑223 (MQ=255)
cgcTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGaaaa > 1:189298/1‑217 (MQ=255)
ggtgATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTta < 1:2278122/288‑1 (MQ=255)
ggtgATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTta < 1:3184072/288‑1 (MQ=255)
agtgATCGGTTTACAAGAAGACATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTta < 2:310849/287‑1 (MQ=255)
gATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGa > 1:1845989/1‑243 (MQ=255)
gATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTtacggt > 1:3228385/1‑289 (MQ=255)
aTCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTtacggt > 1:133499/1‑288 (MQ=255)
tCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTtacggta < 2:2446045/288‑1 (MQ=255)
aTTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAatcat > 1:2872894/1‑256 (MQ=255)
aTTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTtacgg < 2:3274149/283‑1 (MQ=255)
aTTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGa > 1:139377/1‑289 (MQ=255)
aCAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTTCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCACTGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTg > 2:2328914/1‑289 (MQ=255)
aagGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGt > 1:1232501/1‑263 (MQ=255)
ggCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCctgct > 2:2376036/1‑210 (MQ=255)
ggCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGt < 2:1238356/261‑1 (MQ=255)
ggCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTta > 1:2673866/1‑269 (MQ=255)
ggCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTta < 2:2673866/269‑1 (MQ=255)
ggCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTAGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGc > 1:673727/1‑289 (MQ=255)
aTCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAAt < 2:133499/289‑1 (MQ=255)
tACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTta > 2:481386/1‑262 (MQ=255)
tGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACgccgcc > 2:1660033/1‑287 (MQ=255)
tGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGa > 1:457608/1‑289 (MQ=255)
tGCCGGTGGTCCACATACTGCAGATGAGGGAGTTAATCGGGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGAGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGa < 2:2149492/289‑1 (MQ=255)
gCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTTGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCTACATCGATATCGAAATCATCAAACGTCACTGTGGTGCGTTTTACGTTACGGATCTTGGGTTGCAATTCCGCCGCCGAg > 1:1748545/1‑289 (MQ=255)
cGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTACAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGt < 1:1250106/289‑1 (MQ=255)
cGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGt < 1:1558915/289‑1 (MQ=255)
tgttCCACTTACTGCCGATAGGGTGCTTAATCGCTCCGTGCAGCTTGGGTCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAACACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTAt < 2:255151/285‑1 (MQ=255)
tggtCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGCTCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATc > 2:3008859/1‑289 (MQ=255)
tggtCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTAt < 2:2932185/288‑1 (MQ=255)
tggtCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTAt < 1:1993690/288‑1 (MQ=255)
tggtCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTAt < 1:414804/288‑1 (MQ=255)
tggtCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTAt < 1:2596610/288‑1 (MQ=255)
tgggCCACGTACAGCCGATGAGGTATGTAATCGGGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTGCGCGCCAGCGGTCAGCCCGGGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCTCACCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTAt < 2:943527/288‑1 (MQ=255)
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|||
CTAATCGCATTAAGGTGTGAGGCACGATTTTGTTTTTTCAGGAGTCATTATGCTTGAACTTAATGCTAAAACCACTGCGCTGGTGGTGATCGATTTACAAGAAGGCATCTTACCTTTTGCCGGTGGTCCACATACTGCCGATGAGGTAGTTAATCGCGCCGGGAAGCTGGCGGCGAAATTTCGCGCCAGCGGTCAGCCCGTGTTTCTGGTGCGCGTTGGCTGGTCTGCCGATTACGCTGAAGCATTAAAACAGCCGGTCGATGCGCCCAGTCCGGCTAAAGTGTTGCCCGAAAATTGGTGGCAACATCCTGCTGCATTAGGTGCAACCGACAGCGATATCGAAATCATCAAACGTCAATGGGGTGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCAGCACCAATATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGT > CP042583/1631531‑1632080
|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
