Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
614,746 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 614,746 | 0 | A | T | 100.0%
| 572.3
/ NA
| 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (112/127); total (112/127) |
| * | CP042583 | 614,747 | 0 | C | G | 98.7%
| 559.6
/ ‑6.5
| 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (111/125); minor base T (1/2); total (112/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 614,748 | 0 | T | A | 99.2%
| 567.0
/ NA
| 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (110/127); minor base C (2/0); total (112/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
ATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCACTGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGACTATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAAACTAATATCAATGCGGTCGCGCATACTTTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGCCATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATAAATATTCACGGTGTCCATACCTGATA > CP042583/614467‑615020
|||
aTTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCTACCAGTGAATCATTg > 2:1904501/1‑289 (MQ=255)
gtaatggctgctgtggcGGTCCTGTGGGCGGTAGCGGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATATGGACACCGGCAACAGCTTCTTTCCATGTTGAGGGGGGATCCCAGTTATCTGAATGTCAGGCCAGCAAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGGTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCa < 2:1284406/282‑1 (MQ=255)
cGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCAc < 2:302325/288‑1 (MQ=255)
tAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGCATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTTTCACCCTTTTTTTGCCAGt > 1:90944/1‑289 (MQ=255)
tAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGt > 1:1784159/1‑289 (MQ=255)
tAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTAACCCTTTTTTTGCCAGt > 1:538379/1‑289 (MQ=255)
tgGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAAtttt < 1:520976/289‑1 (MQ=255)
aaCAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGcc < 2:508444/289‑1 (MQ=255)
aaCAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGcc < 1:973209/289‑1 (MQ=255)
tCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGAttt < 2:793661/289‑1 (MQ=255)
tCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCTTTTTTTTGCCGTTTAATTTTTTTCCCTTTCTTTATTttgtg > 1:106464/1‑288 (MQ=255)
acCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCAAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTc > 2:1834257/1‑289 (MQ=255)
cGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCa > 2:1083008/1‑288 (MQ=255)
acacCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCa > 1:1241220/1‑288 (MQ=255)
acCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACg < 1:849171/289‑1 (MQ=255)
ccTTGTTTCCATGTGTAGGGGGGAGCCAAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCCAATTTATCGACCAGTGAATTATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGc < 2:1411294/289‑1 (MQ=255)
cttcttTCCATGTATAGGGTGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTTGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCt < 1:297045/289‑1 (MQ=255)
ttcttTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTa < 2:1784159/289‑1 (MQ=255)
cttTCCATGTAGAGGGGTGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAAc < 1:857836/289‑1 (MQ=255)
ttCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACaa > 2:948647/1‑289 (MQ=255)
gagGGGGGAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCa > 1:467864/1‑288 (MQ=255)
gggggAGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCgg > 2:588255/1‑289 (MQ=255)
aGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTa < 1:1559024/223‑1 (MQ=255)
aGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTa > 2:1559024/1‑223 (MQ=255)
aGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCa > 1:1535476/1‑289 (MQ=255)
aGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCa > 2:637690/1‑289 (MQ=255)
aGCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTGGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCCCCGCAACGCCAACAAAATCTTCACCGGGaccc > 2:555915/1‑286 (MQ=255)
gCCCAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCaa > 1:456354/1‑289 (MQ=255)
cAGTTTTCTGAGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGa < 1:1162686/289‑1 (MQ=255)
aCGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTtaa < 1:1666468/289‑1 (MQ=255)
cagGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTtaataatg < 1:1729031/286‑3 (MQ=255)
cagGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTtaataatg < 2:1535476/286‑3 (MQ=255)
cTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTtaataatgaaat < 1:130067/286‑7 (MQ=255)
cTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCGTATTGGCTTGATCGAAAGTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTtaataatgaaat < 2:1052033/286‑7 (MQ=255)
cGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTa > 1:978807/1‑187 (MQ=255)
cGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAAt > 1:1820507/1‑288 (MQ=255)
cGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAAt > 2:866983/1‑288 (MQ=255)
tACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTc < 2:1249066/289‑1 (MQ=255)
aCTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTc > 2:741922/1‑288 (MQ=255)
aaTATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCgcgc > 1:1845617/1‑289 (MQ=255)
atatTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCa < 1:593007/289‑1 (MQ=255)
aGTTGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCAttgatt > 2:1074886/1‑284 (MQ=255)
ttGCTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCAttgattta > 2:1485988/1‑282 (MQ=255)
gATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCgag < 2:125909/289‑1 (MQ=255)
ttGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCgaga < 1:194418/288‑1 (MQ=255)
tCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGa < 1:506878/288‑1 (MQ=255)
aaTTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTTTTCACCGCACTGCTAACAAATTCTTAATCGGGAGAAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATAAATGTGTTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTAAGATTGaa > 2:1627373/1‑289 (MQ=255)
agagCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCTCCGGGAGCAATCACTCCTTTTTCCTTTACTAATGAAATACCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAAtacaa > 2:1225500/1‑284 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
