Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,500,802 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,500,802 | 0 | A | T | 99.2%
| 638.3
/ ‑3.3
| 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (130/136); minor base C (1/1); total (131/138) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 |
| * | CP042583 | 1,500,803 | 0 | C | G | 99.6%
| 632.3
/ ‑6.5
| 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (131/137); minor base T (0/1); total (131/138) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
| * | CP042583 | 1,500,804 | 0 | T | A | 99.6%
| 646.0
/ NA
| 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (130/138); minor base C (1/0); total (131/138) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
GACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACACTATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGACTTTTGGCACTCAACGCCACCATATTCTCCAGCGCGCTTTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGCCACTGCGGTACATCATCAATCACCTGTTCTTCGCGGTAATGACGTAAACGGTTAATGACATAAAAAGTAACCATCTCAACAAACTCTTCCAGCCCTGTTTCGCGGAAATTCAAACTAGAAATCACTGTTTCCACATAGGTGAGAAAAGCGTTATTGGTCCGGTATACCTGGCTAGCGACAAAGCAATAAGGCAA > CP042583/1500525‑1501074
|||
gACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGcca > 1:836201/1‑288 (MQ=255)
aCAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGcca < 1:1591726/287‑1 (MQ=255)
tatGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCata < 1:268961/287‑1 (MQ=255)
tatGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCata < 1:1509682/287‑1 (MQ=255)
tgtgAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATtc > 1:938291/1‑288 (MQ=255)
tgAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTcc > 1:720519/1‑289 (MQ=255)
tGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAgcg > 2:1109817/1‑288 (MQ=255)
tGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGCCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAgcg > 1:1027354/1‑288 (MQ=255)
gTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCCGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTTCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTAAAATATTCCTGTGATTTGGCTGCCAACGACACCAAATTCTCCAgcct > 2:835722/1‑286 (MQ=255)
cAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAgcgccg < 1:1121604/288‑3 (MQ=255)
cGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTaaa < 2:166983/289‑1 (MQ=255)
cGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTaaa < 1:910384/289‑1 (MQ=255)
cGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTaa > 2:613403/1‑288 (MQ=255)
aCTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAAc > 2:437623/1‑288 (MQ=255)
cTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTg < 2:771961/289‑1 (MQ=255)
cTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTg < 1:545335/289‑1 (MQ=255)
ttACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAgcgccgat > 1:1414198/1‑273 (MQ=255)
ttACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACt > 1:1464370/1‑287 (MQ=255)
tACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTCATAAACAAACTCGGGCTACTATCACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGct < 2:24836/289‑1 (MQ=255)
tACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGc > 1:358317/1‑288 (MQ=255)
ttCAGTTAATTTCCTACGGTAGCTTTTAGGCGTTAAGGACGTTAATTTCTTAAAACTTTTAATAAACAAACTCCGGCTACTTAAACCGGCCTTAAAAGCAATTTCCGTCAATGAATTGTTGGTCATTTCCAGTTTTTTTTTGGCCAAATTAATACGGATTTTATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGc < 2:1510723/289‑1 (MQ=255)
ttCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGc < 2:1575862/289‑1 (MQ=255)
gTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCt > 1:767884/1‑289 (MQ=255)
gTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGACTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTACACTGCTCTTTATCCAGCATCt > 2:1884383/1‑289 (MQ=255)
tACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGt < 1:412158/289‑1 (MQ=255)
tAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACttt > 1:667997/1‑289 (MQ=255)
ctctTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGct < 2:544707/256‑1 (MQ=255)
tctTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTATTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTc < 2:223392/287‑1 (MQ=255)
ctTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCGCTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGc < 1:1653786/289‑1 (MQ=255)
aGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGctct < 1:1849613/253‑1 (MQ=255)
aGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGctct > 2:1849613/1‑253 (MQ=255)
tAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGCCACTGCgg > 2:72775/1‑289 (MQ=255)
tAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGCCACTGCgg > 2:680820/1‑289 (MQ=255)
tAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGCCACTGCgg > 1:330040/1‑289 (MQ=255)
aCGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGCCACTGCGGTAcat < 1:1437001/288‑1 (MQ=255)
cGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCTTACTTTTCAGCCACTGCGTTAcatc > 2:1696670/1‑288 (MQ=255)
cGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGCCACTGCGGTAcatca > 1:1550763/1‑289 (MQ=255)
cGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGCCACTGCGGTAcatca > 2:1649502/1‑289 (MQ=255)
cGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAACAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGCCACTGCGGTAcatca > 1:1400303/1‑289 (MQ=255)
gTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGCCACTGCGGTAcatca > 2:306972/1‑288 (MQ=255)
aaTTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGCCACTGCGGTACATCatcaa > 2:50860/1‑289 (MQ=255)
tCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGCCACTGCGGTACATCATCAATCAc < 1:613403/289‑1 (MQ=255)
taaACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGCCACTGCGGTACATCATCAATCACCTGTTCTTCGCGGTa < 1:788462/289‑1 (MQ=255)
aacaaacTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGCCACTGCGGTACATCATCAATCACCTGTTCTTCGCGGTAAt < 1:50860/289‑1 (MQ=255)
aacaaacTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGCCACTGCGGTACATCATCAATCACCTGTTCTTCGCGGTAAt < 1:1190950/289‑1 (MQ=255)
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ctaTAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACTGAATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGCCACTGCGGTACATCATCAATCACCTGTTCTTcg > 2:1081271/1‑267 (MQ=255)
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atTCCTGTGATTTGGCTGACAACGCCACCATATTCTCCAGCGCCGATTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGCCACTGCGGTACATCATCAATCACCTGTTCTTCGCGGTAATGACGTAAACGGTTAATGACATAAAAAGTAACCATCTCAACAAACTCTTCCAGCCCTGTTTCGCGGAAATTCAATGAAGAAATCACTGTTTCCACATAGGTGAGAAAAGCGTTATTGGTCCGGTATACCTGCGAAGCGACAAAGCAATAAGGcaa < 1:1105952/289‑1 (MQ=255)
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GACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACGTTTTAATAAACAAACTCGGGCTACTATAACCGGCCTCAAACGCAATATCCGTCACACTATAGTTGGTCATTTCCAGTTGTTTTTTGGCAAAATTAATACGGATTTCATTAATAATCTGCATTGGCGTTTTGCCATAATATCGTTGAGTCGCTCGCGTCAAATATTCCTGACTTTTGGCACTCAACGCCACCATATTCTCCAGCGCGCTTTCACTAAACTGCTCTTTATCATGCATCTTTTCTACCGTACTTTTCAGCCACTGCGGTACATCATCAATCACCTGTTCTTCGCGGTAATGACGTAAACGGTTAATGACATAAAAAGTAACCATCTCAACAAACTCTTCCAGCCCTGTTTCGCGGAAATTCAAACTAGAAATCACTGTTTCCACATAGGTGAGAAAAGCGTTATTGGTCCGGTATACCTGGCTAGCGACAAAGCAATAAGGCAA > CP042583/1500525‑1501074
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
