Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,520,789 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,520,789 | 0 | A | T | 99.1%
| 541.1
/ ‑6.2
| 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (127/102); total (128/103) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
| * | CP042583 | 1,520,790 | 0 | G | C | 99.6%
| 539.9
/ NA
| 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (128/102); minor base A (0/1); total (128/103) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.46e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,520,791 | 0 | C | G | 99.6%
| 542.1
/ NA
| 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (128/102); minor base T (0/1); total (128/103) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.46e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTAGCCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTAGTTGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTGTTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGG > CP042583/1520521‑1521065
|||
tGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGc < 1:923423/289‑1 (MQ=255)
cccTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCCGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCGAATGCCCTGCGTGCAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCt > 2:1648777/1‑289 (MQ=255)
cccTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCt > 1:1049770/1‑289 (MQ=255)
cccTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTG‑GCTGGGAGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCACAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGATTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTACTGCTATGCGTGAAACATGTTTCGCTACGTTTACCAAAAAGCCGCt > 1:983559/1‑289 (MQ=255)
aTTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACaaa > 1:511230/1‑289 (MQ=255)
gCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGt < 1:1802372/289‑1 (MQ=255)
cTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTa > 1:558966/1‑289 (MQ=255)
cTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGACAACGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACAACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCTCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGATATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTTCTGACAAAAGTTa > 1:1657015/1‑289 (MQ=255)
ggTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCCGTATATGCCAACGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACttt < 1:1277804/288‑1 (MQ=255)
gggATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACg < 2:806220/288‑1 (MQ=255)
tttGCAGTCGGTATTGCGCAGGATATGCCAACGCTGTG‑GGTGGGGGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCGACGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGa < 2:1878455/289‑1 (MQ=255)
aGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAg > 2:742981/1‑289 (MQ=255)
tCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGt > 2:358945/1‑289 (MQ=255)
gggaTTGCGCAGTATATGCCAACGCAGTG‑GCTGGGCGCGGCGCGTTTTCCGGCACTCACCACGTGGGTGGGGGGGTTAAGCAGCGGCGCGAGCAACGGTATTCTCGCCGCCGAGGCTTTATGGCAACTGCTGTTAACGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACGCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGa < 2:779465/286‑1 (MQ=255)
ggTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACa < 1:872152/260‑1 (MQ=255)
tGCGTAGTATATTCCAACGCTGGG‑GCTTGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGGAGCAACGGTATTCTGTCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGATCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTg < 2:579132/289‑1 (MQ=255)
ggcgaAGTATATGCCAACGCGGTG‑GCTGGGGGCGGGGCGTTGTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGAAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGTTTTATGGCAAATGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTg < 2:924971/288‑1 (MQ=255)
gcgcAGTATATGCCAACGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGt < 2:1049770/289‑1 (MQ=255)
gcgggatatGCCAACGC‑GTGAGCTGGGCGCGGGTCGTTTTCCGACCCTCACCCATGAGGCGTGGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAAGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGATCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTc < 2:153990/283‑1 (MQ=255)
tataTGCCAACGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGtt > 1:826413/1‑289 (MQ=255)
ggtaaagccgtg‑GCTGTGGGCGGGGCGTTGTGCGAGGCGCCCCGGTGGGGCAGGGTGCGTAAGCGGCGGGGGCAGCAACGGTCTTCTCGCCGCCCCGTCTGTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTATGCCCTGACCGCGTGAGTCGCAAAATGGGTAGGTGATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTAGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAACGGTGACATTGTCACGTTAATgg < 2:1777625/280‑1 (MQ=255)
cAACGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATgggg < 1:705482/289‑1 (MQ=255)
cGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAACTGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCg > 1:1630395/1‑289 (MQ=255)
cGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTaa < 1:248796/281‑1 (MQ=255)
cGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCg > 2:301096/1‑289 (MQ=255)
cGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCg > 2:257932/1‑289 (MQ=255)
cGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCg > 2:193782/1‑289 (MQ=255)
cGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCg > 1:44794/1‑289 (MQ=255)
cGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGGTCGTCGCAAAATGGTTAGGTTATGTCAGACAAGTACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATCACGGTGACATTGATCCGTTCATGGGGACg > 2:1676409/1‑289 (MQ=255)
tg‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACg < 1:1016235/248‑1 (MQ=255)
tg‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTg > 1:396832/1‑288 (MQ=255)
tttCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCActct < 2:1296238/289‑1 (MQ=255)
tttCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCActct < 1:1386602/289‑1 (MQ=255)
cGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGttttca < 2:858871/289‑4 (MQ=255)
acaccacTGAAGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGttttcatgg < 2:79051/288‑7 (MQ=255)
accacTGAGGCGGTGGGATGAAGCGACGGCGGCAGACACGGTAGTCTCGCCGAGCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACGGATTATTATTTGTGCCCTGGCCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGCTTAGGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGAGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGttttcatggat < 2:77257/289‑9 (MQ=255)
accacTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCAc > 2:444419/1‑241 (MQ=255)
accacTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGttttcatggat < 2:889135/289‑9 (MQ=255)
accacTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGttttcatggat > 2:1055509/1‑281 (MQ=255)
aGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGttttcatggat > 1:1347399/1‑274 (MQ=255)
cGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGc < 1:358945/288‑1 (MQ=255)
gTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTCTGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACAAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGTGCCGTCTGCGTGTGGCAAATTCACTCTGTTTTCATGGAAGGTTGGTGc > 2:121135/1‑286 (MQ=255)
gTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGTTGc > 1:794153/1‑286 (MQ=255)
gTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGc > 1:1692817/1‑286 (MQ=255)
gTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGAGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGc > 2:492983/1‑286 (MQ=255)
ggCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTg > 1:1484989/1‑288 (MQ=255)
tAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTGGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTg < 1:1579706/212‑1 (MQ=255)
agcGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAg < 1:1648777/287‑1 (MQ=255)
cggcggCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCACTGATGATTGTTGCACTGGTCGAACAGttt > 2:1222768/1‑288 (MQ=255)
gcagcaACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCGACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTCAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAACTGTTTCGCTACGTTTACCGGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTAAACTTTACGCGGGATCAGGTAAACATTTTCACGCTAATGCGGCCACCTGGCTGTGGAAAACCACCCCTGTCTCCGTGGATGATTGGTGCGCTGGCGCAACGGTTTTCTTg > 2:1831210/1‑288 (MQ=255)
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|||
TGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTGCGCAGTATATGCCAACGCTGTG‑GCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTAGCCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTAGTTGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTGTTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGG > CP042583/1520521‑1521065
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A