Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,520,900 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,520,900 | 0 | A | T | 99.5%
| 509.6
/ NA
| 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (115/97); minor base C (1/0); total (116/97) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,520,901 | 0 | G | C | 99.5%
| 504.0
/ NA
| 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (116/96); minor base A (0/1); total (116/97) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,520,902 | 0 | T | A | 99.5%
| 507.0
/ NA
| 213 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (115/97); minor base G (1/0); total (116/97) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
AGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTAGCCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTAGTTGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGGCGCTACCGGCGACACTTAAAGGGAATGCCCGACGTAATGCCGTGAATGATGCACTTGAGCGTAGTGGCCTTGAGGGAGCTTTCCATCAGGATCCTGCCACTTTGTCT > CP042583/1520626‑1521172
|||
cGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGc > 1:696342/1‑288 (MQ=255)
agcGGCGGCAGCACCGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAg < 1:241619/287‑1 (MQ=255)
agcGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAg < 1:1648777/287‑1 (MQ=255)
cggcggCAGCAACGTTATTCTCGCCGCCCATGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGttt < 2:1553288/288‑1 (MQ=255)
cggcggCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCACTGATGATTGTTGCACTGGTCGAACAGttt > 2:1222768/1‑288 (MQ=255)
tgaaccGGTATTCGCGCCCCCCAGGCTTTATGGCAATTGTTAGTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGAGTTAGGCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTAc < 2:41237/284‑1 (MQ=255)
ctgaacgtgaTTCTGCCCGGCCCGGGTTTATTGGAACTGCGATTACCGCTTATTATTTTTGCCCGGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTa < 2:1806619/279‑1 (MQ=255)
agcaACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTa < 2:546571/288‑1 (MQ=255)
agcaACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTa < 2:1511969/288‑1 (MQ=255)
cGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAGAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTg < 1:1365759/289‑1 (MQ=255)
gccgccCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGc > 2:847871/1‑288 (MQ=255)
gccCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCaa > 2:888644/1‑289 (MQ=255)
gccCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCaa > 1:131629/1‑289 (MQ=255)
gccCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCaa > 1:1390249/1‑289 (MQ=255)
ccAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTg < 1:716289/266‑1 (MQ=255)
ccAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATg > 2:132177/1‑289 (MQ=255)
gCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGc < 2:826413/288‑1 (MQ=255)
ttATGGCAACTGCTTTTACCGGTTATTATTTTTGCCCTGGCCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGAAAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTTCCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACg < 1:159452/289‑1 (MQ=255)
aTGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGt < 1:1053332/264‑1 (MQ=255)
aTGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGa < 1:422588/289‑1 (MQ=255)
cAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTg < 1:1058882/288‑1 (MQ=255)
aaCTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGAc < 1:742981/289‑1 (MQ=255)
aCTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACa > 1:1238597/1‑289 (MQ=255)
ctttttcctcTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTATTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACTTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACATTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGAcctcct < 2:706648/280‑1 (MQ=255)
tATTTCCGCTTATTGTTTTTGCCCTGCCCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCt < 2:447451/288‑1 (MQ=255)
tATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCt < 1:257932/288‑1 (MQ=255)
ttACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTAcc < 1:1431689/289‑1 (MQ=255)
gCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCAcc > 1:1618127/1‑288 (MQ=255)
gCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCAcc > 2:798456/1‑288 (MQ=255)
cTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTACTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAACCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTAAATGAGCAACGGGTTGAACTTCTACCCACCg > 2:720461/1‑288 (MQ=255)
tttttattTTTGCCCTGACCGGGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGca < 2:1346740/286‑1 (MQ=255)
ttattaTTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGc > 2:1853222/1‑288 (MQ=255)
tattatTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAACTCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGGTTTCTTGGACAGGTGAGCTATGCCCCAATGAGCAACGGATAGACATCCTACCCACCGca > 2:3325/1‑288 (MQ=255)
gCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGAt > 1:1568569/1‑289 (MQ=255)
gACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCa < 1:850069/289‑1 (MQ=255)
cgTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGca > 1:773936/1‑268 (MQ=255)
tAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCtttt < 2:511230/288‑1 (MQ=255)
tCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTa < 2:145628/223‑1 (MQ=255)
tCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTa > 1:145628/1‑223 (MQ=255)
tCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACCCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAg > 2:833599/1‑289 (MQ=255)
cGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCa < 1:1853222/287‑1 (MQ=255)
aaaaTGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGAt < 2:39399/288‑1 (MQ=255)
aaaaTGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGAt > 1:814808/1‑288 (MQ=255)
aaaTGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGc > 1:187834/1‑289 (MQ=255)
tGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACt < 1:1173046/289‑1 (MQ=255)
aTGTCAGACAAGGCCTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAAAGTTAAATTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGAc < 2:1797773/289‑1 (MQ=255)
aTGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGAc < 1:540685/289‑1 (MQ=255)
aTGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGAc < 1:1207187/289‑1 (MQ=255)
aTGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGAc < 1:325327/289‑1 (MQ=255)
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tGCGTGAAAAATGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTActg > 1:1272194/1‑288 (MQ=255)
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gCGTGAAAAAGGTTTCGCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTActgct < 2:16728/289‑1 (MQ=255)
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tttACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGGCGCTACCGGCGACACTTaaa > 2:1568643/1‑289 (MQ=255)
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aCCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGTATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGAc < 2:755509/235‑1 (MQ=255)
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aaaGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGATTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGGCGCTACCGGCGACACTTAAAGGGAATg > 1:374289/1‑288 (MQ=255)
aGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGGCGCTACCGGCGACACTTAAAGGGAATGccc > 1:1531310/1‑289 (MQ=255)
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cGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑CTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGGCGCTACCGGCGACACTTAAAGGGAATGCCCGACGTAATGCCGTGAATGATGCACTTGa > 2:906746/1‑289 (MQ=255)
gATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGGCGCTACCGGCGACACTTAAAGGGAATGCCCGACGTAATGCCGTGAATGATGCACTTGAGCGt > 2:1692083/1‑288 (MQ=255)
gATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGGCGCTACCGGCGACACTTAAAGGGAATGCCCGACGTAATGCCGTGAATGATGCACTTGAGCGt > 1:22968/1‑288 (MQ=255)
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aggtagcATTGTCCAGTTAATGGGTCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGGCGCTACCGGCGACACTTAAAGGGAATGCCCGACGTAATGCCGTGAATGATGCACTTGAGCGttcaggc < 2:1238597/283‑7 (MQ=255)
aCATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGGCGCTACCGGCGa > 2:1765850/1‑228 (MQ=255)
aCATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGGCGCTACCGGCGACACTTAAAGGGAATGCCCGACGTAATGCCGTGAATGATGCACTTGAGCGtt > 1:358761/1‑278 (MQ=255)
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gTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGAc > 1:1692639/1‑180 (MQ=255)
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gggCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGGCGCTACCGGCGACACTTAAAGGGAATGCCCGACGTAATGCCGTGAATGATGCACTTGAGCGTTCAGGCCTTGAGGGAGCTTTCCATCAg < 2:1412753/288‑1 (MQ=255)
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ccGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGGCGCTACCGGCGACACTTAAAGGGAATGCCCGACGTAATGCCGTGAATGATGCACTTGAGCGTTCAGGCCTTGAGGGAGCTTTCCATCAGGAt > 1:753114/1‑288 (MQ=255)
cTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGGCGCTACCGGCGACACTTAAAGGGAATGCCCGACGTAATGCCGTGAATGATGCACTTGAGCGTTCAGGCCTTGAGGGAGCTTTCCATCAGGATCCTg > 1:611293/1‑288 (MQ=255)
gAAAATCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGATTGCTTTTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGCGCAACGGACTGACATCCTACCCACTGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGCCCAGTTCAGTGTCGGACAAAATTTACTGCCGGCGCTACCGGCGACACTTAAAGGGAATGCCCGACGGAATGCCGTGAATGATTCACTTAAGCGTTCAGGCCTTGAGGGAACCTTCCAACAGGATCCCGCCACGTTg > 2:1723711/1‑287 (MQ=255)
aaaTCCACTCTGTTTTCATGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACCGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGGCGCTACCGGCGACACTTAAAGGGAATGCCCGACGTAATGCCGTGAATGATGCACTTGAGCGTTCAGGCCTTGAGGGAGCTTTCCATCAGGATCCTGCCACTTTGTCt < 2:1061760/288‑1 (MQ=255)
|||
AGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGACTCCGCTAATGCTCTGCGTGAAAAATGTTAGCCTACGTTTACCAGAAAGCCGCTTGCTGACAAACGTTAACTTTACGGTGGATAAAGGTGACATTGTCACGTTAATGGGGCCGTCTGGCTGTGGAAAATCCACTCTGTTTAGTTGGATGATTGGTGCACTGGCCGAACAGTTTTCTTGTACAGGTGAGCTATGGCTCAATGAGCAACGGATTGACATCCTACCCACCGCACAGCGTCAGATTGGCATTCTTTTTCAGGATGCACTG‑TTATTTGACCAGTTCAGTGTCGGGCAAAATTTACTGCTGGCGCTACCGGCGACACTTAAAGGGAATGCCCGACGTAATGCCGTGAATGATGCACTTGAGCGTAGTGGCCTTGAGGGAGCTTTCCATCAGGATCCTGCCACTTTGTCT > CP042583/1520626‑1521172
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
