Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,532,096 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,532,096 | 0 | A | T | 99.5%
| 440.0
/ NA
| 190 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (89/100); total (89/101) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,532,097 | 0 | G | C | 99.5%
| 441.0
/ NA
| 190 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (87/101); minor base T (1/0); total (89/101) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,532,098 | 0 | C | G | 98.9%
| 437.6
/ NA
| 190 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (86/101); total (89/101) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
GCCATCAGTTATTACGATTACGCATTGAAAACGCCGGCAGATACCGGTGACAGCATCGGTGTCGTCTTTGCTAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTAAGCATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATAGCATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCAGTACTAGTCCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGCTGATGC > CP042583/1531820‑1532376
|||
ccATCAGTTATTACGATTACGCATTGAAAACGCCGGCAGATACCGGTGACAGCATCGGTGTCGTCTTTGCTAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggcggcat > 1:590136/1‑289 (MQ=255)
cAGTTATTACGGTTACGCATGTAAAACGCCGGAAGATACCGGGGACAGCATCGGTGTCGTCTTTGCTAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACGGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGggcggcatggcg < 2:1620377/289‑1 (MQ=255)
tacgattacgCATTGAAAACGCCGGCAGATACCGGTGACAGCATCGGTGTCGTCTTTGCTAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCtg > 1:1084797/1‑289 (MQ=255)
attacgCATTGAAAACGCCGGCAGATACCGGTGACAGCATCGGTGTCGTCTTTGCTAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGTCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCTGCATCtggtgg > 1:1401644/1‑289 (MQ=255)
tacgCATTGAAAACGCCGGCAGATACCGGTGACAGCATCGGTGTCGTCTTTGCTAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGtt > 2:313848/1‑289 (MQ=255)
aTTGAAAACGCCGGCAGATACCGGTGACAGCATCGGTGTCGTCTTTGCTAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTgg < 2:1536183/289‑1 (MQ=255)
tGAAAACGCCGGCAGATACCGGTGACAGCATCGGTGTCGTCTTTGCTAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGAt > 1:1729776/1‑289 (MQ=255)
gcgggtACGGGTGACAGCAGCGGTGGCGTCTTTGGTAATGGCGCAAGTATGGATTGCGAGGAAACGCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAAGCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCa < 2:616240/283‑1 (MQ=255)
ggACGGCATCGGTGTGGGCTTTGCTAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACAt < 2:949883/287‑1 (MQ=255)
ataggTGTCGTCTTTGCTAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCt < 1:1906015/285‑1 (MQ=255)
aTCGGTGTCGTCTTTGCTAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATtgtg < 1:1860481/285‑1 (MQ=255)
aTCGGTGTCGTCTTTGCTAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCt < 1:1167167/288‑1 (MQ=255)
aTCGGTGTCGTCTTTGCTAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCt < 1:49163/288‑1 (MQ=255)
tCGGTGTCGGCGTTGCGAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACGGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTaa < 2:873284/289‑1 (MQ=255)
gtcgtcTTTGCTAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGTCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTGACTGTGTCTCCAGGCTAGCGAATTACATGGTGGCTAACCCCa > 1:817882/1‑289 (MQ=255)
tcTTTGCTAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATATGGAGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCa > 1:665944/1‑288 (MQ=255)
ttttGCGAATGGGGAAATTAGGGATGGCGAGGAAACTCGGGGGAATGTTGGCGGTGATACCCCTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCAcc < 2:608914/288‑1 (MQ=255)
tGCTAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTg < 1:1006999/289‑1 (MQ=255)
tGCTAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTg > 1:1238964/1‑289 (MQ=255)
gCTAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGTATTTCCACGCCAGCTAAGTACATTGGGGCTAACCCCCGCACCCTg > 2:777054/1‑288 (MQ=255)
cTAATGTCGAAATTATGCATGCCGAGGAAACTCAGGGCAATGTTTGCGGTGATACCACTGCGGCTCAAATCCGCGACCATCGCCTTGACCCGAAAGTGACAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCATGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGAc < 1:52425/289‑1 (MQ=255)
tAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGAc < 2:824133/288‑1 (MQ=255)
ggCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCt > 2:203892/1‑267 (MQ=255)
ttATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCgg < 1:1780605/289‑1 (MQ=255)
cGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGc < 1:1637197/234‑1 (MQ=255)
cGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGc > 2:1637197/1‑234 (MQ=255)
cGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACTGGTTCTATCGGTATCTTCGGc > 2:1075181/1‑289 (MQ=255)
cGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGc > 2:1274948/1‑289 (MQ=255)
gAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGc < 1:1595870/288‑1 (MQ=255)
gAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGc < 1:136479/288‑1 (MQ=255)
aaCTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGAt < 1:207326/288‑1 (MQ=255)
cAGGGGAATGTGGGCGGTGGTACCCCTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGAGTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATcacca < 2:1149426/289‑1 (MQ=255)
cAGGGGAAGGTTGGCGGTGTAACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTGGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATcacca < 2:494527/289‑1 (MQ=255)
gggAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCg > 1:1734674/1‑289 (MQ=255)
tGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGCAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTCCATTGTGGCAAACACACGCACCCTGACCGGTTCTAACGGTTCCTTCGGCGTGATCACCACCGTACaa > 2:624636/1‑289 (MQ=255)
tGTTGGCGGTGATACAACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCTTTGACCCGAAAGTGAAAGCGAATGTCCTGCGTGTTAATAGCTCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCCCTGAACTGGCAGCAGCACGAGCAGCGGCTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGTGGCATCGTGGCATCTGGTGGTTAGTGGATTTACACGGCAGCAACTTACATTGTGGCTCACCCCAGCACCCCGACCGGTCAAATCGATTGCTCCGGCGTCATGACAACTGTacta > 2:1402001/1‑286 (MQ=255)
tGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGaaaa < 1:534973/288‑1 (MQ=255)
gCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGTCTAACCCCCGCCCCCTGACCGGCTCTATCGGTATCTTTGGCGTGCTCCCCACCCTAGACAATAg > 2:1238149/1‑289 (MQ=255)
gCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTa < 2:1560791/252‑1 (MQ=255)
gCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAg > 1:393069/1‑289 (MQ=255)
gCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAg > 1:1288313/1‑289 (MQ=255)
gATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGCTCCATCGGTATCTTCGGCTGGATCACCACCGTGCAAAATAGTCTgg > 2:1337780/1‑289 (MQ=255)
acggccacacaAAGCCGAGACGATCGCCGTGAACCGAAAGTGAAACAGATAGTCCGGTTGGTGAGTAGCCCAGGAGGCAGAGTTACAGAGTCTGAAGTGATTCGCGGTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGATAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGAGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCGTGATCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGAttcga < 2:1261309/282‑5 (MQ=255)
cTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGAttcgat > 1:1066570/1‑284 (MQ=255)
tgctgcACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGAttcgatt < 1:1123872/289‑7 (MQ=255)
tgaggCCCAAGTCCGCGACGCGCGCCTGGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCCGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGAttcgatt < 2:1739296/286‑7 (MQ=255)
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agcCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAAc > 1:1470898/1‑287 (MQ=255)
agcCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACg < 1:891332/288‑1 (MQ=255)
cGGGTAAGCCTGTGGTTGTATCGATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATTCGATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCTCAACTTCACCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATg > 1:1623801/1‑267 (MQ=255)
|||
GCCATCAGTTATTACGATTACGCATTGAAAACGCCGGCAGATACCGGTGACAGCATCGGTGTCGTCTTTGCTAATGGCGCAATTATGGATGGCGAGGAAACTCAGGGGAATGTTGGCGGTGATACCACTGCGGCACAAATCCGCGACGCTCGCCTTGACCCGAAAGTGAAAGCGATTGTCCTGCGTGTTAATAGCCCAGGCGGCAGCGTTACCGCGTCTGAAGTGATTCGCGCTGAACTGGCAGCAGCCCGGGCAGCGGGTAAGCCTGTGGTTGTAAGCATGGGCGGCATGGCGGCATCTGGTGGTTACTGGATTTCCACGCCAGCTAATTACATTGTGGCTAACCCCAGCACCCTGACCGGTTCTATCGGTATCTTCGGCGTGATCACCACCGTAGAAAATAGTCTGGATAGCATTGGTGTTCATACTGATGGTGTCAGTACTAGTCCGCTGGCGGATGTTTCTATCACCAGGGCACTGCCGCCGGAAGCGCAGCTGATGATGCAGTTAAGCATTGAGAATGGCTATAAACGCTTTATCACGCTGGTTGCTGATGC > CP042583/1531820‑1532376
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A