Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,537,098 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,537,098 | 0 | G | C | 99.6%
| 542.0
/ NA
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (97/129); total (97/130) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
| * | CP042583 | 1,537,099 | 0 | C | G | 99.6%
| 537.8
/ ‑4.8
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (97/129); minor base . (0/1); total (97/130) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,537,100 | 0 | T | A | 99.6%
| 538.3
/ NA
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (97/129); minor base G (0/1); total (97/130) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
ACCTGAAAAATCCCACTCAAATTACTGACTGTCACCTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCGCTTAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCACTGATAACGAGCACAAAGTGGCTGCCACTGTTCAAGCATATCAATCACTTTCAGCATGTTTTCACGCTGGAACCAGACTTTATTTGCCCGAGCGCCGCCCGGAACGTAATCACGAGTGATGGTGCCGGTCAACAATCCCTGCTCTAGCGGGGAAT > CP042583/1536819‑1537378
|||
aaaaTCCCACTCAAATTTGAGACTGTCACCTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATAtt < 1:1645430/288‑1 (MQ=255)
aaaaTCCCACTCAAATTTGAGACTGTCACCTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTc < 1:1314042/289‑1 (MQ=255)
tCCCACTCAAATTTGAGACTGTCACCTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGt > 1:1572818/1‑288 (MQ=255)
agactgTCACCTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTcgc > 1:278569/2‑289 (MQ=255)
gTCACCTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTAcc < 1:639246/289‑1 (MQ=255)
cACCTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCCCAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTa > 2:929911/1‑285 (MQ=255)
cACCTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTg < 2:261425/289‑1 (MQ=255)
cTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTc < 1:1533555/289‑1 (MQ=255)
tttATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCgg < 2:1262353/289‑1 (MQ=255)
tttATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAAGACTGTCTTTTGCCGCCACGATTCCACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAAGCACAGATTTTCATCACACTGTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCgg < 2:1697005/289‑1 (MQ=255)
ttGGCAACCATTTGCTTATTTGCCTGAATCCTTTCTTTTGCCTCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTa < 2:867429/289‑1 (MQ=255)
tGGCAACCATTTGCTTAATTTCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAg < 2:195042/289‑1 (MQ=255)
ggCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAg > 2:859775/1‑288 (MQ=255)
ggCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGc < 1:385804/289‑1 (MQ=255)
ggCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGc < 1:324019/289‑1 (MQ=255)
acccctttGATTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTTACTCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCTCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGccgc < 2:1488700/284‑3 (MQ=255)
ttAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATg < 1:941278/289‑1 (MQ=255)
ttAATTGCCTGAATCCTGGCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATg < 1:837341/289‑1 (MQ=255)
ccTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCTTCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCTCCACTAAGAATGGAGATTa > 1:337511/1‑289 (MQ=255)
ccTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCATTGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCACACTAAGAATGGAGATTa > 1:1021743/1‑289 (MQ=255)
tGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTGGCGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTCCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCCGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCTCGACATTTTCCCATACCTTCTCCAGTGCCGTAGCCCACCCAATAATGAAGATCaat > 2:1332329/1‑288 (MQ=255)
gattCCTGTCTTTTACCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATAACATTAGCGCGATTATCGCATAACCTATTTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAAt < 2:817341/286‑1 (MQ=255)
aTCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCa < 2:960634/289‑1 (MQ=255)
aTCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCGTTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCa < 2:1198417/289‑1 (MQ=255)
ccgcgcTTTTGCCGCAGCGATGACACCCCGGTATTTTTTTAAATCACATTAGAGCGATTATCGCATAACCGATGGTTACTTTCAAAATTACCTGTTGGAATCACAAATTTTCATCACAGTTGTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCGTCCATTTCCCTCATCAATGTTACGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCAct < 2:1304365/284‑1 (MQ=255)
ccTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCAct < 1:442112/289‑1 (MQ=255)
ccTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCAct < 1:1048206/289‑1 (MQ=255)
ttGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTa < 1:1118601/289‑1 (MQ=255)
tGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGgaga > 1:1234941/1‑270 (MQ=255)
tGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTaa > 2:1328129/1‑289 (MQ=255)
ccACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATcc < 1:1176331/289‑1 (MQ=255)
gATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGc < 1:1507977/289‑1 (MQ=255)
ccccTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGcc > 2:1813294/1‑289 (MQ=255)
cccTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTa < 1:1029747/271‑1 (MQ=255)
cccTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCa > 1:700266/1‑289 (MQ=255)
cTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTa > 1:1804663/1‑269 (MQ=255)
cTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCaga > 1:1205654/1‑289 (MQ=255)
tATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTg > 1:451199/1‑289 (MQ=255)
tATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTg > 1:966168/1‑289 (MQ=255)
cTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGa < 2:484468/289‑1 (MQ=255)
ttttACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAAt > 1:1891396/1‑289 (MQ=255)
tACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATtgt > 2:153658/1‑289 (MQ=255)
aTCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCa < 2:63682/289‑1 (MQ=255)
tCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGc > 2:592232/1‑287 (MQ=255)
tCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCAAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCAc > 1:1746366/1‑289 (MQ=255)
acaTTAGCTCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCACTg < 1:1884797/289‑1 (MQ=255)
tAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCCGATAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCACTGATaa < 1:140273/289‑1 (MQ=255)
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|||
ACCTGAAAAATCCCACTCAAATTACTGACTGTCACCTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACCGATGTTTACTTTCAAAATAACCTGTTTGAATCACAGATTTTCATCACAGTTTTCACAGAAACAGAGGTGAATCGTGTTGAGTATTTAACGCTCCAGGGCCTCTGCCATTTCCCTCATCAATGTTGCGTCTGCATCGCTTAAGTTGATATTCAGTGCCGCGACATTTTCGCGTACCTGTTCCGGTGCAGTAGCCCCACTAAGAATGGAGATTAAATCACTCTGTTTTAATATCCACGCCAGTGCCAGAGTGGGAATTGTGCACTGATAACGAGCACAAAGTGGCTGCCACTGTTCAAGCATATCAATCACTTTCAGCATGTTTTCACGCTGGAACCAGACTTTATTTGCCCGAGCGCCGCCCGGAACGTAATCACGAGTGATGGTGCCGGTCAACAATCCCTGCTCTAGCGGGGAAT > CP042583/1536819‑1537378
|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
