Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,561,564 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,561,564 | 0 | A | T | 99.7%
| 675.0
/ NA
| 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (146/135); minor base G (0/1); total (146/136) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,561,565 | 0 | C | G | 99.3%
| 663.4
/ NA
| 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (145/134); minor base T (0/2); total (146/136) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,561,566 | 0 | T | A | 100.0%
| 673.6
/ NA
| 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (146/136); total (146/136) |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
AAGATAACCGCCTTTCATACCGCTACTGACGCTATTTTTGAGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGACTAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCACTCGTCGCCAGCCTACTAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACTTGCACTAAATGACCACTGGCAATGTTTTCGCTAACATCCCACCAGGAACGCAGAGCAATCCCCTGCCCATCGAGACACCACTGATGGACAATTTCTCCATGATTAGAGCTCAGTGGGCCGGTGACTTTAATCGCATGGGGGCCTTCT > CP042583/1561288‑1561843
|||
aaGATAACCGCCTTTCATACCGCTACTGACGCTATTTTTGAGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCggg > 2:1026850/1‑289 (MQ=255)
aaCCGCCTTTCATACCGCTACTGACGCTATTTTTGAGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGt > 2:1751969/1‑288 (MQ=255)
aaCCGCCTTTCATACCGCTACTGACGCTATTTTTGAGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTg < 1:788044/289‑1 (MQ=255)
ccaccTTTAATACCGCTACGGACGCTATTTTTGAGTACAAACAGGGTATTGGGCCCTGGAACCAACACAATAAAAATGGCCCAAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCt < 2:1011707/286‑1 (MQ=255)
ccGCCTTTCATACCGCTACTGACGCTATTTTTGAGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGc > 1:557025/1‑288 (MQ=255)
ccGCCTTTCATACCGCTACTGACGCTATTTTTGAGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCt < 2:913682/289‑1 (MQ=255)
ccGCCTTTCATACCGCTACTGACGCTATTTTTGAGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCt < 1:1178088/289‑1 (MQ=255)
cTACTGACGCTATTTTTGAGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTAAAAAATTCGGGTAGTGTCAGGCAAAATACTgg > 2:1096041/1‑288 (MQ=255)
aCTGACGCTATTTTTGAGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGt > 1:703863/1‑289 (MQ=255)
tATTTTTGAGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAAtt < 1:185283/288‑1 (MQ=255)
cAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATcc > 2:1109429/1‑288 (MQ=255)
ggTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGAGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTc > 2:248543/1‑289 (MQ=255)
gTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTc > 1:1736449/1‑288 (MQ=255)
aaTAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCa > 1:853924/1‑260 (MQ=255)
aaTAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCcttgaaaca > 1:535896/1‑282 (MQ=255)
aaTAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCcttgaaaca > 1:1679642/1‑282 (MQ=255)
aTAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCcttgaaacat > 2:1828045/1‑281 (MQ=255)
aaaaTGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATaaa < 2:1250072/289‑1 (MQ=255)
aaaaTGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATaaa < 1:1144156/289‑1 (MQ=255)
tGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTCTCCGCACTTTCGCTGATGTCGACAGACTTGAAACATAAACgg > 2:297752/1‑288 (MQ=255)
tGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACgg > 1:1014698/1‑288 (MQ=255)
gCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGt > 2:629210/1‑228 (MQ=255)
gCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCg < 1:1509959/256‑1 (MQ=255)
gCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATaaa < 1:260313/283‑1 (MQ=255)
gCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACGGccc > 1:720705/1‑289 (MQ=255)
aCCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATaaa < 1:291977/277‑1 (MQ=255)
tAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACGGCCCAGACGTTCg < 1:672799/286‑1 (MQ=255)
tAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCAAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACGGCCCAGACGTTCg < 1:163583/286‑1 (MQ=255)
gTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACCTAAACGGCCAAGACGTTCgctg > 2:784449/1‑286 (MQ=255)
tCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAACCGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATAtt > 1:822669/1‑288 (MQ=255)
tCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATAtt > 2:602123/1‑288 (MQ=255)
aaCCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGt > 1:973917/1‑289 (MQ=255)
gTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACt < 1:102940/289‑1 (MQ=255)
aTTCAGCGAAACCATTAACCTCTTTAATTAGCTTTCGATTATGCTAGAATAAAAGTGAATATACTAACCAATCTGTAGCTGCTTAGAAAGGAGAAATTCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTACAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGAAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGGCGCCAGCCGTGAAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACTTg < 2:742552/289‑1 (MQ=255)
ttCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACTTGc < 1:405555/289‑1 (MQ=255)
cAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACTTGCAc < 1:237471/289‑1 (MQ=255)
aGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACTTGCACt > 2:271696/1‑289 (MQ=255)
aGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACTTGCACt > 2:1360410/1‑289 (MQ=255)
cGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGctgacg > 2:1692762/1‑214 (MQ=255)
cGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACTTGCACTaa > 2:1614304/1‑289 (MQ=255)
acacATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTAGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACGGCCCAGACGTTAGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACTTGCACTAAATg > 1:1022576/1‑289 (MQ=255)
caTTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACTTGCACTAAATGAcc < 1:279769/289‑1 (MQ=255)
aTTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACTTGCACTAAATGAcc > 1:1166578/1‑288 (MQ=255)
ccTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCg < 1:510188/193‑1 (MQ=255)
ccTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCg > 2:510188/1‑193 (MQ=255)
ctctTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACTTGCACTAAATGACCACTGGCa < 1:1889984/289‑1 (MQ=255)
ctctTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACTTGCACTAAATGACCACTGGCa < 2:535896/289‑1 (MQ=255)
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ttAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTAAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACTTGCACTAAATGACCACTGGCAATGt > 2:1887731/1‑289 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
