Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,579,744 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,579,744 | 0 | A | T | 99.6%
| 624.9
/ NA
| 263 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (127/135); minor base G (0/1); total (127/136) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,579,745 | 0 | G | C | 100.0%
| 616.1
/ NA
| 263 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (127/136); total (127/136) |
| * | CP042583 | 1,579,746 | 0 | C | G | 100.0%
| 623.1
/ NA
| 263 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (127/136); total (127/136) |
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
GAACTTCCTGCACCGCAACCACTTTTACGCCTGACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTAGCCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACATCGCCTGGCTGGCGACCGCTTACCGAATGAGCTTTTCCCGCGAAATCAATCTGGGCCTGGCGCAACATGAGTTCGAATTGTTCTGTCAGCCTTTGCTTAATGCGCGCAGCCAGCAATGTATTGGTGTAGAGATTTTGCTGCGCTGGAACAATCCGCGT > CP042583/1579465‑1580019
|||
aCCGCAACCACTTTTACGCCTGACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCttt < 1:1679598/285‑1 (MQ=255)
aCCGCAACCACTTTTACGCCTGACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCttt > 2:1679598/1‑285 (MQ=255)
gCAACCACTTTTACGCCTGACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCAtt > 1:94560/1‑289 (MQ=255)
gCAACCACTTTTACGCCTGACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCGTTCCTTTTACCAtt > 1:1032690/1‑289 (MQ=255)
cagaacatgtttctgCCTGAAGAACGAACGGCCCCGGTGTAAAGGCAGTGTGGTTTGACTTCCATGGGCGCATGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTAATGGATATGATTAACATCGACTTACTGACGTCAATTCTGCTTGAGCAACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCAtt < 2:1021445/275‑1 (MQ=255)
aaCCACTTTTACGCCTGACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTaa < 2:476864/289‑1 (MQ=255)
ttttTCGCCTGACGTTCGACCGTGCCCTGATTCAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGTAAGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGCCTTCCTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTaa < 2:1207173/289‑1 (MQ=255)
cTGACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCgg > 2:171370/1‑289 (MQ=255)
tCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTa < 1:434587/288‑1 (MQ=255)
aCCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGgc > 1:166341/1‑289 (MQ=255)
aCCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGgc > 1:1326365/1‑289 (MQ=255)
aCCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATGTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTGCCTTTTAACATTAACGTTAATGGTCCGTCGGCTTCGgc > 2:1621201/1‑289 (MQ=255)
ccGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGgcg < 1:258835/289‑1 (MQ=255)
cttGCCCTGGTTAAAGGAAGGCCGGTTTTGAGTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGgcgc < 2:1674765/287‑1 (MQ=255)
cGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGGCAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGgcgc < 1:1456733/289‑1 (MQ=255)
cGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGgcgc < 1:396113/289‑1 (MQ=255)
cGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAAAGGTCCGGGGGCTACGgcgc < 2:371648/289‑1 (MQ=255)
ccTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCACTGGACGCCGGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCtggca < 1:607396/289‑1 (MQ=255)
aTTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACTTCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAAGCTGAAGGCAAGGCAAACTATCAGGTGTCTTCGCAACGCGTTCCGTTTACCAGTAACGTAAATGGTCCGGGGGCTACGGCTCtgggctggg > 2:1404734/1‑283 (MQ=255)
aTTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCtggcatggc > 1:411597/1‑289 (MQ=255)
aTTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCtggcatgg > 1:220190/1‑288 (MQ=255)
aTTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGAGGCTACGGCGatggcatggc > 1:1552549/1‑289 (MQ=255)
tAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCACTGGACGACTGCAGCGGGCAGTCGCAATGCTGAGGTCATGGAGATGAGTAACATCGACTTACTGACGTGAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCAc < 2:940698/289‑1 (MQ=255)
aaGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTa < 2:1724654/289‑1 (MQ=255)
aGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCTGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGAAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGTGGCTACGGCGCTGGCATGGACCTAt > 1:1715820/1‑289 (MQ=255)
gTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCtt < 1:1041563/234‑1 (MQ=255)
gTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCtt > 2:1041563/1‑234 (MQ=255)
gTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTcc > 2:282366/1‑289 (MQ=255)
gTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTcc > 1:420974/1‑289 (MQ=255)
aTTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTcc < 1:1388775/245‑1 (MQ=255)
aTTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCCATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTa > 1:1009200/1‑288 (MQ=255)
tGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGtgctg > 2:157020/1‑289 (MQ=255)
aGCGGGGAGTAGCAATGCTGGTGTCATGGAGATGCTTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTgctgct < 2:570485/288‑1 (MQ=255)
aGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTgctgct < 1:1694818/288‑1 (MQ=255)
aGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGAGGATTACCATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTgctgct < 2:385903/288‑1 (MQ=255)
ggCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCaa < 2:1019072/259‑1 (MQ=255)
gCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGtt < 1:703060/288‑1 (MQ=255)
ggCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACtg < 2:1778659/287‑1 (MQ=255)
agaaaTGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACtg < 1:1029763/285‑1 (MQ=255)
aGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACtg < 2:639496/288‑1 (MQ=255)
aGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACtg < 1:849341/288‑1 (MQ=255)
aGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACtg < 2:1342014/288‑1 (MQ=255)
aTGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCg > 1:1245894/1‑255 (MQ=255)
aTGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCg < 2:1245894/255‑1 (MQ=255)
aTGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACATCg > 1:662664/1‑286 (MQ=255)
aTGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACATCg > 2:821822/1‑286 (MQ=255)
tGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTa > 1:1823399/1‑210 (MQ=255)
ggAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACATCGCctg > 2:690146/1‑288 (MQ=255)
ggAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTTCGCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACAGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACATCGcccg > 1:731772/1‑286 (MQ=255)
atgatTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTTAAGACAATGAAAACTATCTGGTTTCTTCGCAACGATTTCCTTTTCCCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTTTCTTCCAACACAATTCCCGCTGGCGGTTCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACTTCGCcttgtgg > 2:1186812/1‑283 (MQ=255)
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|||
GAACTTCCTGCACCGCAACCACTTTTACGCCTGACGATCGACCGTGCCCTGATTAAAGGCAGTCCGGTTTTGATTCAATGGACGCCTGCAGCGGGCAGTAGCAATGCTGGGGTCATGGAGATGATTAACATCGACTTACTGACGGCAATGCTGCTTGAGCCACAACTGCCGCAAATCAGTAGCGCCAGCCTGACGGTGGACAAACGGCATTTGCTCTATGGTAATGGGCTGGTAGATTCCCTTCCGCAACCTGAAGACAATGAAAACTATCAGGTTTCTAGCCAACGCTTTCCTTTTACCATTAACGTTAATGGTCCGGGGGCTACGGCGCTGGCATGGCACTATCTTCCAACACAATTACCGCTGGCGGTGCTGCTAAGTTTACTGGTGGGCTACATCGCCTGGCTGGCGACCGCTTACCGAATGAGCTTTTCCCGCGAAATCAATCTGGGCCTGGCGCAACATGAGTTCGAATTGTTCTGTCAGCCTTTGCTTAATGCGCGCAGCCAGCAATGTATTGGTGTAGAGATTTTGCTGCGCTGGAACAATCCGCGT > CP042583/1579465‑1580019
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
