Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,597,275 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,597,275 | 0 | A | T | 99.2%
| 577.7
/ NA
| 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (116/125); minor base G (2/0); total (118/125) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.35e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,597,276 | 0 | G | C | 99.6%
| 565.0
/ NA
| 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (116/125); minor base T (1/0); total (118/125) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,597,277 | 0 | C | G | 100.0%
| 572.4
/ NA
| 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (118/125); total (118/125) |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
GTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGAGCCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGAGCATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGAGTCATCTTAATGTCGAAGA > CP042583/1596997‑1597555
|||
aTTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCtttt > 1:1720803/1‑288 (MQ=255)
ttACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTATCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTc < 1:1019218/289‑1 (MQ=255)
ttACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTc < 1:1901137/289‑1 (MQ=255)
taaCCAACTTTGCCCGCAATGGGACTGGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATCGTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATGCGTGACGGGCGCGACGGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGGTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTc < 2:1145757/287‑1 (MQ=255)
acgtttGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGt < 2:1429632/285‑1 (MQ=255)
aaCGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGt < 1:1622550/289‑1 (MQ=255)
tacccGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTg < 1:661633/287‑1 (MQ=255)
gCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGCCTGGTCGCTCACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGTTGTTGCATATTCGGCTGTTAGGCATTCGTATTTGCGACAACGTTATGCCAGGCATATGGCCAATGACCAAACAGGCGGAGAGTATAACGGGGTAGGTGGTCTTTTTCTACGtatttgt > 2:1536425/1‑283 (MQ=255)
gCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTgg > 1:382908/1‑289 (MQ=255)
gCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGcc < 2:725550/289‑1 (MQ=255)
aaTGTGACCTGCTGTTTAACCTGCCCGGGTTAAATTCTCATCAAGGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGcccc < 2:478240/289‑1 (MQ=255)
agaTGCTGTTTAGCCTGCACGAGATAAATTCTCATCAAGGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAGAGTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCa < 2:1762678/286‑1 (MQ=255)
aCATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTTACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCTAATCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGcctct > 2:278534/1‑285 (MQ=255)
gTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTg < 1:466668/289‑1 (MQ=255)
tttAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTCTGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCCTAGCTGGCTGTTAGGCACTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGTAGGTCTGTTTCTGCGTTATTGGGTCCCCGcgcctcttgtgg > 2:772564/1‑277 (MQ=255)
tttAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTg > 2:70650/1‑288 (MQ=255)
gCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCGAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTg > 2:116658/1‑280 (MQ=255)
gCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCGAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTg < 1:116658/280‑1 (MQ=255)
cccGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGt > 2:640203/1‑254 (MQ=255)
cccGAGATAAATTCAAATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATa > 1:1438474/1‑288 (MQ=255)
ccGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATa > 1:344530/1‑287 (MQ=255)
aaTTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCttatttat < 1:1778195/289‑1 (MQ=255)
aTTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATg > 1:1217724/1‑289 (MQ=255)
ctcATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGtt < 1:1207127/289‑1 (MQ=255)
gCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTg < 2:1443541/252‑1 (MQ=255)
gCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCg > 1:1349992/1‑287 (MQ=255)
ccGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGTTAACCGACTGGgaatga > 1:880028/1‑289 (MQ=255)
ccGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGgaatga > 2:1150973/1‑289 (MQ=255)
cgcgCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGgaa > 2:1493773/1‑285 (MQ=255)
gcgcTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGgaatgaat > 1:1509539/1‑289 (MQ=255)
gcTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAAttt < 2:1703495/289‑1 (MQ=255)
gcTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAAttt < 1:529408/289‑1 (MQ=255)
gcTGTCAGGCAAAAATTCGTAACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCCTGCTGCTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTCGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAATGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGCAGATGCGTTAACGGGGTTGATGGTCTTTTTCTGCTGTATTGGTTCCCCGCTCATGCTGGTGCCCTACATACCTTATCTTTGGTTTGGTAACCTACTGGGAATGACttt > 2:1806482/1‑289 (MQ=255)
aaaaaTTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTa < 1:1590999/289‑1 (MQ=255)
aTTCGTGACGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTAct > 1:1887345/1‑287 (MQ=255)
cGGGCGCGACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCtt > 1:1250092/1‑289 (MQ=255)
gggcgagtggtcgcTACCGCGCCTGGGGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGa < 2:549632/275‑1 (MQ=255)
cgcgACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAg < 1:1150973/288‑1 (MQ=255)
cgcgACTGGTCGCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGc > 1:1588223/1‑289 (MQ=255)
gtcgcTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTc > 2:102279/5‑260 (MQ=255)
gtcgcTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTaa < 1:1536425/284‑1 (MQ=255)
gttagagtgcCTGGCGGCAATGGCCGTGACCAGTCTGTTGCTTATGCGTTTGGCCTGGGGCGAACCGTTGTTGCATATCGTGCTGTTAGGCAGTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACTGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCGCGATAGCTTATTTATGGTGTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAaga < 2:266102/280‑1 (MQ=255)
aCGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTAAGCGACTTAAAGAGTggg > 1:1638875/1‑289 (MQ=255)
gcgcCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATAGCTGGCTGCTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTCTGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATCGCGTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGGTTGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATCATTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTa > 2:1783985/1‑289 (MQ=255)
cgcCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTaa > 1:943372/1‑289 (MQ=255)
gcgtgggggagaTGGCCTTTGCCATGCTGGTGCTTAGGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCGGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGGTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTaa < 2:1597897/277‑1 (MQ=255)
tGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCt < 1:617680/289‑1 (MQ=255)
ggcggcAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTc > 1:638053/1‑289 (MQ=255)
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|||
GTGATTACCAACGTTGCCCGCAATGTGACATGCTGTTTAGCCTGCCCGAGATAAATTCTCATCAAAGTGCCTATTGTCCGCGCTGTCAGGCAAAAATTCGTGACGGGCGCGACTGGAGCCTAACGCGCCTGGCGGCAATGGCCTTCACCATGCTGTTGCTTATGCCGTTTGCCTGGGGCGAACCGCTGTTGCATATCTGGCTGTTAGGCATTCGTATTGACGCCAACGTTATGCAAGGCATCTGGCAAATGACCAAACAGGGCGATGCGATAACGGGGAGCATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGAGTCATCTTAATGTCGAAGA > CP042583/1596997‑1597555
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
