Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,598,010 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,598,010 | 0 | A | T | 100.0%
| 663.6
/ NA
| 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (159/118); total (159/118) |
| * | CP042583 | 1,598,011 | 0 | G | C | 99.6%
| 649.2
/ NA
| 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (159/117); total (159/118) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,598,012 | 0 | C | G | 100.0%
| 656.7
/ NA
| 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (159/118); total (159/118) |
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
AGCGAGTATCGTTTTATTGTTACCTGCCAACCTGTTGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGAGCCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGAGCATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGAGCCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGAGTGGAAACGCCCGCTTCGACGACTGAATAACCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGTCAGGAAACGCCCGCTAGCACGACTGAAGCGCAGATTAAAAATAAACGCCGTATCAGT > CP042583/1597733‑1598291
|||
agcgtcaaTCGTTTTATTGTTACCTGCCAACCTGTTGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGAc < 2:897445/282‑1 (MQ=255)
tCGTTTTATTGTTACCTGCCAACCTGTTGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTg > 2:181169/1‑284 (MQ=255)
tCGTTTTATTGTTACCTGCCAACCTGTTGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTg > 2:101540/1‑288 (MQ=255)
tCGTTTTATTGTTACCTGCCAACCTGTTGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGt > 2:233551/1‑289 (MQ=255)
cGTTTTATTGTTACCTGCCAACCTGTTGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTc < 1:1510790/289‑1 (MQ=255)
ttATTGTTACCTGCCAACCTGTTGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCatat > 2:1551005/1‑289 (MQ=255)
ttATTGTTACCTGCCAACCTGTTGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCata > 1:74969/1‑288 (MQ=255)
tgtttgcTGCCAACCTGTTGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCttt < 2:1538462/283‑1 (MQ=255)
aCCTGCCAACCTGTTGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAAcc > 1:943946/1‑289 (MQ=255)
tGTTGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATgtcgctgat < 2:74969/289‑9 (MQ=255)
ttGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTa > 1:1894914/1‑289 (MQ=255)
cTATTTCTATCATTTGTCTGAAAGGAGGACGGGAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAGTTATGTCGCTGGCAGGGAGCAACATTGCTGTTGCAGGAATCGTGTTTATAGCCAGTATTCTGGTACCTGTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTTCTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATcg < 2:1695429/289‑1 (MQ=255)
tCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGa > 2:20087/1‑288 (MQ=255)
tATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTc > 2:1676089/1‑288 (MQ=255)
ttaaCGGAGGACGGAAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGTTCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGTTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCTCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCttt < 1:1275581/287‑1 (MQ=255)
tGACCGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCttt < 2:614458/289‑1 (MQ=255)
tGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCttt < 2:1435410/289‑1 (MQ=255)
tGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCttt < 1:1551005/289‑1 (MQ=255)
tGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCttt < 1:1324295/289‑1 (MQ=255)
gaCGGCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCat > 2:1560562/1‑235 (MQ=255)
ggCAGGAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGAcc > 1:400878/1‑289 (MQ=255)
gAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCt > 1:1258035/1‑288 (MQ=255)
gAAGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTAACGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACCGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCGGTTACTGCGGTTGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTTTTTTCTTTAACCCTGTCGCTGATTAATCCCGATCAGGTCCTCGAGTTAAATTTTGGACCggtgg > 2:1237597/1‑286 (MQ=255)
aaGATACAATTCTTTCCGGAATTATGTCGCTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCt < 1:494996/287‑1 (MQ=255)
tgtcgcTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAAt > 1:692437/6‑289 (MQ=255)
cTGGCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTg > 1:1060861/1‑288 (MQ=255)
ggCAAGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACt > 2:432398/1‑289 (MQ=255)
aGTAGCAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTc < 1:1672852/289‑1 (MQ=255)
cAACATTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGc < 2:1894914/288‑1 (MQ=255)
aTTGCGGTTGCAGGAATCTGGTTTATCGCCAGTATTTTGGTACCGTTTTCTAAAGTGCTCGTGATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTgg < 2:1715978/289‑1 (MQ=255)
aTTGCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTTTTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTATTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTgg < 2:1882381/289‑1 (MQ=255)
gCGGTTGCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAAt > 1:1771471/1‑289 (MQ=255)
gCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGATTATTCTTGCTGTGGAATGGCTgg > 2:15828/1‑289 (MQ=255)
gCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTgg > 1:159457/1‑289 (MQ=255)
gCAGGAATCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATATTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTTCTGTGGGATTGCTgg > 1:1554706/1‑289 (MQ=255)
aaTCGTGTTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACa < 1:1705537/287‑1 (MQ=255)
ttgtTTATCGCCAGTATTCTGTTACGTTTTACTAAAATGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTGAATGCCAGCAAGGTTTTCGCACACGCCTTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGGTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCACGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCt < 2:470538/288‑1 (MQ=255)
tgtTTATCGCCAGTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCtt > 2:278221/1‑289 (MQ=255)
gTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGc > 2:134831/1‑289 (MQ=255)
gTATTCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGACCAGATCCTCGCCTTTACTATGGTACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCCCAGCGGTAAGTTTGACTATTCTTGCTGTTGTATGGCTGGACAGCCGCTTCTTTTGGGAtt > 2:1793278/1‑287 (MQ=255)
ttCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGcaca < 2:542675/289‑1 (MQ=255)
tgttGGTACCGTTTACTTAAGTGATCGTCATTTTCACTTTACTGTTGACCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGcaca < 2:1406797/286‑1 (MQ=255)
tCTGGTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTCCTTTGGGATGccctt > 2:1202573/1‑285 (MQ=255)
tCTGGTACCGGTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTGTACTGTTGAGCATTCAGTTTAAATGCCAGCAAGGTGTACGCACACGCATGCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAAGCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACAt < 1:240809/289‑1 (MQ=255)
gTACCGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGATTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATgag > 2:1139993/1‑288 (MQ=255)
ccGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCt < 2:49844/183‑1 (MQ=255)
ccGTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTATTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcag > 1:645926‑M1/1‑285 (MQ=255)
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gTTTACTAAAGTGATCGTCATGTTCACTTTACTGTTGAGCATTCATTTTAAATGCCAGCAAGGTTTACGCACACGCATTCTGTTACTGCGGATGGTGACCTGGATTGGTCGCTGGTCGATGCTCGACCTGTTTGTCATATCTTTAACCATGTCGCTGATTAATCGCGATCAGATCCTCGCTTTTACTATGGGACCGGCTGCGTTTTATTTCGGCGCAGCGGTAATTTTGACTTTTCTTGCTGTGGAATGGCTGGACAGCCGCTTACTTTGGGATGCACATGAGtcagga > 1:827878‑M1/1‑283 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
