Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,606,579 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,606,579 | 0 | A | T | 100.0%
| 443.6
/ NA
| 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (97/90); total (97/90) |
| * | CP042583 | 1,606,580 | 0 | G | C | 98.9%
| 432.5
/ NA
| 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (94/90); minor base T (2/0); total (97/90) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,606,581 | 0 | T | A | 98.4%
| 436.6
/ NA
| 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (95/89); minor base C (2/1); total (97/90) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
TGTGATTATAGCCGACGTGCCCTTCCTGCCCCACCCGATCTCAGTCTGTTAGACCCGCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTAGTCTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGAGCGCCCGTCGCTTACAATTTTTTAGTCATCAGTACAGCATTGCCGTGCTGATGGCAAATGCCCGTGGTAACAGTGCACTATGGGATGAATATGGTCGTCTCATCGTTCGCGCCGATCGTGGTAGTTTATTGTTAGTCGGTCAGCGTAGTAGTCAGGGTTGGCAAGGCGATATCATTCCATTACGCTAAGCTTTTTCGGCCTGGAGCATGCCATGTTGCGCATTATCGATACAG > CP042583/1606306‑1606860
|||
tgtgATTATTCGCGACGTGCCCTTCCTGCCCCACCCGATCTCTCACTGTTAGACCCGCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTtactaccg > 1:149068/1‑287 (MQ=255)
tgtgATTATTCGCGACGTGCCCTTCCTGCCCCACCCGATCTCTCACTGTTAGACCCGCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGAAAGTGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTTCat > 1:1019517/1‑288 (MQ=255)
gcttattcgcgccGTGCCCTTCCTGCCCCACCCGTTCTCTCACTGTTAGACCCGCTTTGTTATGCCGCAACGCCCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAggg < 2:1367156/276‑1 (MQ=255)
gattattcgctaCGTGCCCTTCCTGCCCCACCCGCTCCCTCACGGTTAGACCCGCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACAATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGc < 2:216556/278‑1 (MQ=255)
gattattcgcGACGTGCCCTTCCTGCCCCACCCGATCTCTCACTGTTAGACCCGCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAggg < 1:1819618/279‑1 (MQ=255)
ttattcgctactttcccTTCCTGCCCCACCCGATCTCTCACTGATCGACCCGCTTTGTTATGCCGCAACGTCCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCa < 1:296349/274‑1 (MQ=255)
cGACGTGCCCTTCCTGCCCCACCCGATCTCTCACTGTTAGACCCGCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTgg > 1:1300063/1‑289 (MQ=255)
cGACGTGCCCTTCCTGCCCCACCCGATCTCTCACTGTTAGACCCGCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGAGATGGACACGACCTGGTTACTGTTCACGACACGGCAATGTCggg > 2:146942/1‑289 (MQ=255)
cTTGCTGCTCCACCCGATCTCTCGCGGTTGGACCCGCTTTGTTGTGCCGCAACGACCGTGTGAATGTCCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCg < 2:1264686/289‑1 (MQ=255)
cccGATCTCTCACTGTTAGACCCGCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATCTGGACACGACATGTTCACTGTTTACTACAGGGCAAGTTCTTGGAGAACACGACCTGCTGGCg > 2:1642498/1‑288 (MQ=255)
cccGATCTCTCACTGTTAGACCCGCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAggg > 1:1667009/1‑258 (MQ=255)
cccGATCTCTCACTGTTAGACCCGCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCg > 1:1906943/1‑288 (MQ=255)
tctctcacTGTTAGACCCGCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCgtcggc > 1:545790/8‑283 (MQ=255)
acTGTTAGACCCGCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACCGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGctgcggcccgtcc > 2:1268539/2‑276 (MQ=255)
acTGTTAGACCCGCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCg > 2:275214/2‑288 (MQ=255)
aCCCGCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGC‑TTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGGCGCTTACAAttt > 1:1231381/1‑289 (MQ=255)
ccggCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGC‑TTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAAtt < 2:1231381/284‑1 (MQ=255)
gCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCTTCGGCCCCTCGCCTACAAtttttt > 2:1109147/1‑289 (MQ=255)
gCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGTGCCGGCGCTTACAAtttttt > 2:1666714/1‑289 (MQ=255)
gCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAAtttttt > 1:1892438/1‑289 (MQ=255)
gCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAAtttttt > 1:6452/1‑289 (MQ=255)
cTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGTA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAAttttttt < 1:877470/289‑2 (MQ=255)
tttGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGTAGAACCCGACCTTCTGGCGTCGGCCCGTCGCCTAACAttttttt > 2:1530352/1‑287 (MQ=255)
ttgattATGCAGCAACGAACGGTCGAATGACCATCATGGCCGGACTGTCCATTGAATATAACGATCGCTTGATGCGTGGAAGTGCGGTGATCGAA‑CCGTGACGAAAGACGCCAGGGATCTACCAGCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGGATGGATATGGAACCGACCAGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAAgtttttt < 2:1906943/284‑2 (MQ=255)
ttGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAAtttttttca < 2:6452/289‑4 (MQ=255)
ttATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAAtttttttcacat < 1:905886/289‑7 (MQ=255)
tATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTCCTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCGTCTGGCGTCGGCCCGTCCCTTCCAAtttttttcacat > 2:1032746/1‑282 (MQ=255)
tATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAAtttttttcacat < 1:272492/288‑7 (MQ=255)
cGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGCTGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCGGGGAGAACCCGACCTGCCGGCGTCGGCCCGTCGTTTAAAATTTTTTTCACATCAGTa > 2:951855/1‑288 (MQ=255)
aaCGACCTGGGGAATGACCATCATTGCCGGCCTTTCCGTTTAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGGCTGGGCCGTCGTTCCAGACCCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAATTTTTT‑CACATCAGTActcga < 2:566378/289‑5 (MQ=255)
tGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAATTTTTTTCACATCAGTACTCGATTGCCGTGCTGAt > 1:1164971/1‑289 (MQ=255)
gACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAATTTTTTTCACATCAGTACTCGATTGCCGTGCTGATg > 1:1660790/1‑289 (MQ=255)
atcatTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAATTTTTTTCACATCAGTACTCGATTGCCGTGCTGATGGCaa > 1:278920/1‑289 (MQ=255)
atTGCCGGCTTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACACGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAATTTTTTTCACATCAGTACTCGATTGCCGTGCTGATGGCAAATg < 1:1331162/289‑1 (MQ=255)
atTGCCGGCCTTGCCGCTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGTATTTGGCGTGGTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCCGAGTCATGGCGCATGTCTCGGCCGTCGTTCCAGACCCATCACCGTTGTCGATGAACAACCGCAAGGTGTGGATATCGACCCTACCTGTTCAGTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGCCGCCCCGTCGCGTACACTTTTTCTCACATCAGTACCCGATTGCCGTGCTGATGGCAAATg < 2:913443/289‑1 (MQ=255)
atTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAATTTTTTTCACATCAGTACTCGATTGCCGTGCTGATGGCAAATg < 2:1570395/289‑1 (MQ=255)
atTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAATTTTTTTCACATCAGTACTCGATTGCCGTGCTGATGGCAAATg < 2:1037098/289‑1 (MQ=255)
ccGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAATTTTTTTCACATCAGTCCTCGATTGCCGTGCTGATGGCAAATGCCCg > 1:955959/1‑289 (MQ=255)
ggCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAATTTTTTTCACATCAGTACTCGATTGCCGTGCTGATGGCAAATGCCCGTg > 1:1120369/1‑289 (MQ=255)
ggCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGCCGCTTACAATTTTTTTCACATCAGTACTCGATTGCCGTGCTGATGGCAAATGCCCGTg > 1:1212819/1‑289 (MQ=255)
gCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAAtttttttcacat > 2:1239786/1‑245 (MQ=255)
gCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAAtttttttcacat < 1:1239786/251‑7 (MQ=255)
ccTTCCCGTGGAAGATAACGAGTGCTTTAATCGTGGAATTGCGGTGTGCGCC‑GAGTGGCGAAAAACGCCTGGGAGCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGGCGCTTACAATTTTTTTCACATCAGTACTCGATTGCCGTGCTGATGGCAAATGCCCGTgg < 2:1064040/288‑1 (MQ=255)
ttCCGGTTGAATTTAGCGTGCGCTTGCTTCCGGGATTTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAGACGCCTGGGCTCTACCACCAGATTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAATTTTTTTCACATCAGTACTCGATTGCCGTGCTGATGGCAAATGCCCGTGGTaa < 2:29180/289‑1 (MQ=255)
ttCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAATTTTTTTCACATCAGTACTCGATTGCCGTGCTGATGGCAAATGCCCGTGGTaa < 1:920501/289‑1 (MQ=255)
cccGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACCATTTTTTTCACATCAGTACTCCCTTGACTTTCTTGTGGCAAATTccctgtgtaac > 2:1680596/1‑280 (MQ=255)
cccGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAATTTTTTTCACATCAGTACTCGATTGCCGTGCTGATGGCAAATGCCCGTGGTAACa < 1:798681/289‑1 (MQ=255)
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gACCTGTTCACTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGTCGGCCCGTCGCTTACAATTTTTTTCACATCAGTACTCGATTGCCGTGCTGATGGCAAATGCCCGTGGTAACAGTGCACTATGGGATGAATATGGTCGTCTCATCGTTCGCGCCGATCGTGGTTCATTATTGTTAGTCGGTCAGCGTTCATCACAGGGTTGGCAAGGCGATATCATTCCATTACGCTAGGCTTTTTCGGCCTGGAGCATGCCATGTTGCGCATTATCGATACAg > 1:255524/1‑289 (MQ=255)
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TGTGATTATAGCCGACGTGCCCTTCCTGCCCCACCCGATCTCAGTCTGTTAGACCCGCTTTGTTATGCCGCAACGACCTGGCGAATGACCATCATTGCCGGCCTTCCCGTTGAATATAACGATCGCTTTATTCGTGGAATTGCGGTGTTCGCA‑CCGTGGCGAAAAACGCCTGGGATCTACCATCAGAGTCATGGTGCATGTCTGGGCCGTCGTTCCAGAACCATCACGGTGGTCGATGAACAACCGCAAGGTATGGATATGGACCCGACCTGTAGTCTGTTTACTACAGGGCAATGTCTGGGAGAACCCGACCTGCTGGCGAGCGCCCGTCGCTTACAATTTTTTAGTCATCAGTACAGCATTGCCGTGCTGATGGCAAATGCCCGTGGTAACAGTGCACTATGGGATGAATATGGTCGTCTCATCGTTCGCGCCGATCGTGGTAGTTTATTGTTAGTCGGTCAGCGTAGTAGTCAGGGTTGGCAAGGCGATATCATTCCATTACGCTAAGCTTTTTCGGCCTGGAGCATGCCATGTTGCGCATTATCGATACAG > CP042583/1606306‑1606860
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
