Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,654,771 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,654,771 | 0 | A | T | 99.6%
| 590.8
/ NA
| 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (129/120); total (130/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 1,654,772 | 0 | G | C | 99.6%
| 583.7
/ NA
| 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (128/120); total (130/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,654,773 | 0 | C | G | 99.2%
| 583.7
/ NA
| 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (128/120); total (130/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
CGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGAGTTTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTAGTAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TAGCCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTATTGCTGTGATTGGCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCC‑AATTTGGCCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCACGGGCAAGGATCGTTACGCCCC > CP042583/1654496‑1655051
|||
cGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCTCATGTGGCGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGa < 2:1443062/285‑1 (MQ=255)
tACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCa > 2:883221/1‑289 (MQ=255)
tACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCa > 1:641024/1‑289 (MQ=255)
aaaTGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCa < 2:1387474/288‑1 (MQ=255)
aaTGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGTTTATCCC‑TTCGCTGTTGAACTGGCAAAGCAGa > 1:1024656/1‑289 (MQ=255)
tctcCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAAt > 1:1203679/1‑288 (MQ=255)
ccGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTc < 2:641024/289‑1 (MQ=255)
aTGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAgg < 1:548721/288‑1 (MQ=255)
tGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCg > 1:1469743/1‑289 (MQ=255)
gTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCCCTGGCGGTACTGGCATTGATTCTCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATccctaggacg > 1:1066319/1‑281 (MQ=255)
gAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGttt > 1:1414929/1‑289 (MQ=255)
gAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGtt > 1:135553/1‑289 (MQ=255)
gCTTGCAGTGCATTTATTTGCTGATGTAGCCCTCGCAACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTTGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTAc < 2:967724/289‑1 (MQ=255)
cTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTAc < 1:1085190/288‑1 (MQ=255)
cTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTAc < 2:572381/288‑1 (MQ=255)
ggCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCgg > 2:689402/1‑289 (MQ=255)
gCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTTCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCggg > 2:1169373/1‑289 (MQ=255)
aGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTc < 2:272704/289‑1 (MQ=255)
tatttGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAggtgg < 1:945941/289‑1 (MQ=255)
tGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTTTTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTGCAAATACCGTTGTTGGACGGTTGCAAACTGTTGCAATTACTTTTCTGCCGCCGTTGTCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGCTCATCCCTTAGCC‑GGTGACCTGGCAAAGCATAAAGCACAATCCTAAGGCGGGTTACCGGGCCAAAGGCGgtcc > 2:171946/1‑287 (MQ=255)
aTTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTTTTTGAATATCTGGCTGATTCATTTCAGCGTTCAAATCACGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTTCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGACGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCCCTGGCGGTACTGGCATTGATTAACCC‑TTCGCTGTTGACTTGGCAAAGCAGAAAGTACAATCCTACGGCGGGTCACCGGGTCAAGGGTGTTCGTCCGgc > 2:161363/1‑289 (MQ=255)
cGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAATGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCtggtggtg > 2:386579/1‑289 (MQ=255)
cGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCtggtggtg > 1:263842/1‑289 (MQ=255)
cGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCtggtggtg > 2:1119530/1‑289 (MQ=255)
cGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGGCCGGCGCtggtggtg > 1:786701/1‑289 (MQ=255)
gccacgtcatttCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCtggtggtgg < 1:865162/280‑1 (MQ=255)
ctcGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCtgtg > 1:167341/1‑289 (MQ=255)
tcGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTgg < 1:1678947/289‑1 (MQ=255)
ggCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTa < 1:687158/289‑1 (MQ=255)
ggCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTa < 1:988974/289‑1 (MQ=255)
gcgttgcgttAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTa < 2:465196/288‑1 (MQ=255)
ttgcgttAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGGGTGGCGCTGGCTGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTATTGc < 2:1590542/289‑1 (MQ=255)
tgcgttAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGGGGTGTTTCTGGGGGGTAtt > 2:125854/1‑286 (MQ=255)
cgttAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTATTGCtgt > 1:1537710/1‑289 (MQ=255)
ggCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATTCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGGCAACGGTGGTCGTCCGGGTCGGGTGGTGGTGTTGCGCTGTGTTAGTGCTGTGGTTg > 2:450004/1‑289 (MQ=255)
ggCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCGCTGTGGTATTGCTGTGATTg > 1:906959/1‑289 (MQ=255)
aTTTGATTATCTGGCTGATTTCTTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGTTTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTTTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTATTGCTGTGAGTGGCGTg > 1:1157988/1‑289 (MQ=255)
tttatttCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTATTGCTGTGATTGGCGTGCAATTTTTGATTGCGGCa < 2:186413/289‑1 (MQ=255)
ttCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTATTGCTGTGATTGGCGTGCAATGTTTGATTGCGGCAggggt > 2:219994/1‑287 (MQ=255)
cgttcaaaTACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTATTGCTGTGATTGGCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTa > 1:356846/7‑288 (MQ=255)
gttcaaaTACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTATTGCTGTGATTGGCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTAc < 1:1284906/283‑1 (MQ=255)
caaaTACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCTC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGTGCTGGTCGCGGTGTATCTCTGTGGTATTGCTGTGATTGGCGTGCAATGTTTGATTGCTGTAGGGTTGTTAcagca > 2:1325221/3‑285 (MQ=255)
tACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTATTGCTGTGATTGGCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTg < 1:412328/289‑1 (MQ=255)
aCCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTATTGCTGTGATTGGCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTgg < 1:1343555/289‑1 (MQ=255)
ccGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAACGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTATTGCTGTGATTGGCGTGCATTTTTTGCTTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAGGTggg > 2:1198440/1‑289 (MQ=255)
ccGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTATTGCTGTGATTGGCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTACCAGAAGTggg < 1:1211993/289‑1 (MQ=255)
gTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCC‑TTCGCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTATTGCTGTGATTGGCGCTCAATTTTTGATTGCGGCTGGGTTGTTTCCAGAAGTGGGGt > 2:1279787/1‑289 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
