Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,667,591 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,667,591 | 0 | A | T | 98.9%
| 409.3
/ NA
| 180 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (82/96); minor base G (2/0); total (84/96) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
| * | CP042583 | 1,667,592 | 0 | G | C | 98.9%
| 408.6
/ NA
| 180 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (82/95); minor base T (2/0); total (84/96) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 |
| * | CP042583 | 1,667,593 | 0 | C | G | 98.9%
| 410.8
/ NA
| 180 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (82/96); total (84/96) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.16e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
TGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCAGCATTAGCTGGGCGTTTGGCAGTGTTTATGGCAGCCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGAGC‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTAGTGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGTAGCATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGAGCAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAAT > CP042583/1667322‑1667867
|||
tGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACGTTACCTGTAGGGATGTTGGCGGGTGCGAGTGGGGTGCTGGCGGCAGGGGGGGGTGTAAGGATTGCGTCG‑ATGATTGGGGGTGgaaa > 1:1067814/1‑289 (MQ=255)
tGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGaaaa > 1:1837292/1‑289 (MQ=255)
ctctTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGa < 1:322131/289‑1 (MQ=255)
ctTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACg > 1:1791143/1‑289 (MQ=255)
ttACCCTGTGCTTCAGCCGCCTTTTTGGAATTAAAACGCGCAACCTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGgc < 2:1550519/289‑1 (MQ=255)
ttACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGATATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGgc < 1:1734260/289‑1 (MQ=255)
tACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGgcg < 1:1105540/289‑1 (MQ=255)
cctgtctgtCAGCCTCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCGAACTGGAATGGGTGGGTGTTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGTCAGTCCGTGTGGCGCTATTCTGATTTTAATCGGCTCTATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCTCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATTATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCtc < 2:1067814/281‑1 (MQ=255)
ccTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCtc < 1:1675605/289‑1 (MQ=255)
tgtgCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGTGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGGGATGCTGGCGGCAGGGGTGGTGTTAAAGAT‑GCGGTCGAGGTGTTCGGGTGAAAAACTGACGGCGcccc > 2:121682/1‑288 (MQ=255)
tgtgCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGGTCGATTGAGGTGCTGGCGGCAGGGGTGGGGGTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGGGAAAAACGGATGGCGcccc > 2:1122921/1‑288 (MQ=255)
gtgCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCtccc > 2:1421636/1‑288 (MQ=255)
tgCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGGGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCtctctt > 1:1261011/1‑289 (MQ=255)
cAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCccccttcccct > 1:1453198/1‑287 (MQ=255)
cAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTcccttccctt > 1:1297123/1‑289 (MQ=255)
gccTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGGTTGGGATGCTGGCGGCAGGCGGGGTGTTAATGATTGCGTCG‑GTGGTTGCGGGTGGAAAACTGACGGCGCTgccttccctttcag > 2:488829/1‑284 (MQ=255)
tGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTcccttccctttcaggct > 1:591633/1‑281 (MQ=255)
tttgcacttAAACCGCGCAAACTGGATTTGGTGGGTATTGCATTTGGGTTTGCCGGATTCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGTGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTcc < 2:1708013/282‑1 (MQ=255)
ttAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGt < 1:1421636/289‑1 (MQ=255)
ttAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGt < 1:101279/289‑1 (MQ=255)
aaaCGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCCGGCTTCCTTGCggctgg > 2:1822159/1‑285 (MQ=255)
aaaCGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCgg < 2:591633/289‑1 (MQ=255)
aaaCGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCgg < 2:976235/289‑1 (MQ=255)
aaaCGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCgg > 1:1162267/1‑289 (MQ=255)
gcgcAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTAt < 1:1122921/289‑1 (MQ=255)
cgcAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGCTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCCGGGCGTTTGGCGCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGAGGATGGCGGGTGCCAATGTGATGCTGGCAGCTGGCGGGGTGTTACTGGACGCGTCG‑ATGGTTCCGGGTTAAAAACAGACGGCGCTCCCTTCCATTTCAGCCTTGCTTCCGggcggcca > 2:1009023/1‑285 (MQ=255)
gaaaaCTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATc < 1:1249118/286‑1 (MQ=255)
gtgggtATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGtt > 1:540146/1‑288 (MQ=255)
gtgggtATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGt > 1:826738/1‑288 (MQ=255)
tGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGTTCGATTATc < 1:1237185/289‑1 (MQ=255)
gCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGTTCGATTATc > 1:231682/1‑288 (MQ=255)
gCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGGTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCCTCCCTTTTAGGCTTCCTTGCGGTGGGCTATCTGTCGCTTGTT‑GGttcgattatt > 1:1553053/1‑279 (MQ=255)
tGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGTTCGATTATCGCCATc < 2:1325790/289‑1 (MQ=255)
gggCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGGTGCTGGCGGTAGGCGGGGTGTTAATGATCGGGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTGACTTGCGGGCGGCTACGCGGCGCGGTTT‑GGGTCGATTCTCGCCATCa > 2:89125/1‑289 (MQ=255)
gggCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGTCCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTCTCTGGCGCTGGTT‑GGTTCGATTATCGtcatca > 2:1671123/1‑289 (MQ=255)
gggCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGTTCGATTATCGCCATCa < 2:1179020/289‑1 (MQ=255)
gggCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGTTCGATTATCGCCATCa < 2:231682/289‑1 (MQ=255)
gggCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGTTCGATTATCGCCATCa < 2:567285/289‑1 (MQ=255)
gttggCCGGAATCATCATGCTCAAGAGCGTTGGAAATTTAGCCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATGTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGTTCGATTATCGCCATCaa < 2:871074/284‑1 (MQ=255)
gCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGTTCGATTATCGCCATCaa < 2:329279/288‑1 (MQ=255)
ttGCCGGATTCATCATGCTTAATGGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGTTCGATTATCGCCATCAACGc < 2:541382/289‑1 (MQ=255)
tGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGTTCGATTATCGCCATCAACGCt < 1:1450648/289‑1 (MQ=255)
ggaatattaatGCTCAATAGCGGTGGAAATGTAGGCGGCAATCCGTGGGGCGCGGTTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGTTCGATTATCGCCATCAACGCTtata < 2:716585/280‑1 (MQ=255)
ggAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGTGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGTTCGATTATCGCCATCAACGCTtata < 1:1671123/289‑1 (MQ=255)
gAATCAGCATGGTCAATAGCGGTGGAAGTTTAGGGGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGTTCGATTATCGCCATCAACGCTtata < 2:1791143/288‑1 (MQ=255)
aaTCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTGAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTatat < 1:567408/288‑1 (MQ=255)
atGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTaa < 1:790127/289‑1 (MQ=255)
cTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGgcg < 1:1395195/201‑1 (MQ=255)
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gcAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCG‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTc < 1:736287/288‑1 (MQ=255)
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|||
TGCCCCTCTTTACCCTGTGCTTCAGCCGCCTGTTTGGCATTAAAACGCGCAAACTGGAATGGGTGGGTATTGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCAGCATTAGCTGGGCGTTTGGCAGTGTTTATGGCAGCCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGAGC‑ATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTAGTGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTT‑GGTAGCATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGAGCAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAAT > CP042583/1667322‑1667867
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A