Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
580,010 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
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reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 580,010 | 0 | A | T | 99.6%
| 529.1
/ NA
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (114/112); minor base G (0/1); total (114/113) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 580,011 | 0 | G | C | 99.1%
| 515.9
/ NA
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (113/111); total (114/113) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 580,012 | 0 | C | G | 99.6%
| 525.1
/ NA
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (112/113); total (114/113) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
CGTCTGGTGCTGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGAGCGTGATTAACCCGGAAAGCCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGAGCCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTCGATAGCCGCCATTCTACGGCGGAAAAACCGGTATTTAACCGCACCGTTGGGCTGCGTGATACCTGGGCGAAAGTAGGCGAGTAATTTTAAGTTTCGCTATGCCGGATGGGGCGTTTACGTCGCATCCGGCAAGGAACAGACAAACAGTTTCAAACGCTAAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATC > CP042583/579731‑580289
|||
tGGTGCTGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCaa > 2:1793501/1‑289 (MQ=255)
tGGTGCTGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCaa > 2:301631/1‑289 (MQ=255)
ggTGCTGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCaaa < 1:185911/289‑1 (MQ=255)
ggTGCTGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCaaa < 1:1290538/289‑1 (MQ=255)
gggTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCGGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAggg < 1:1012258/288‑1 (MQ=255)
gggTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAgg > 2:1059369/1‑287 (MQ=255)
agaagTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGCTCCGTCAGAGGGTCGTAAAGTTAAAGGTGTTATTCACTGGTTGAGCGCGGCACATGCTCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCGGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGACTTGCGGATGATTTCTTGCAGGTGATTAACCAGGAATGCCGGGTGATCAGCAAGGGCtgg > 2:1494723/1‑284 (MQ=255)
tGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGa > 2:1607074/1‑267 (MQ=255)
tGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAggg < 2:1708046/277‑1 (MQ=255)
tGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAggg > 1:1708046/1‑277 (MQ=255)
tGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAAcc > 1:1619397/1‑289 (MQ=255)
tGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAAcc > 1:583885/1‑289 (MQ=255)
gCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCg > 1:1315940/1‑289 (MQ=255)
gCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAAATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAAc < 2:82080/287‑1 (MQ=255)
cGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCg > 1:1517595/1‑288 (MQ=255)
tAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTCACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCACACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGaaa > 1:1502559/1‑289 (MQ=255)
gCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATg < 1:1570183/289‑1 (MQ=255)
cctaggtgATTAAGGCGGAACGCGTAGTGAACGATGCCGAAGGTAATATCAGCACCATCGTCTGTACTTATAACGCCGAGACCTTAAGCAAAGATCCGTCGGATAGTCGTAAAGTCGAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATTCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATg < 2:254532/283‑1 (MQ=255)
tATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTCCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGCTCATGCAGGTCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGTGGCgg > 2:1390356/1‑289 (MQ=255)
aTGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGt > 1:1581903/1‑289 (MQ=255)
aTGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGt > 1:328106/1‑289 (MQ=255)
tgtgATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGtt < 1:401396/289‑1 (MQ=255)
tgtgATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGtt < 1:298645/289‑1 (MQ=255)
tgtgATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGtt < 1:569317/289‑1 (MQ=255)
tgtgATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGtt < 2:863787/289‑1 (MQ=255)
aTTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAAc < 1:912611/265‑1 (MQ=255)
aTTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAAc > 2:912611/1‑265 (MQ=255)
aTTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCGGAACCGTCTCTGAAAGATGGGGtttggg > 2:11927/1‑285 (MQ=255)
ttAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCACTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCggg > 1:1561532/1‑289 (MQ=255)
aaGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTa < 2:1214154/289‑1 (MQ=255)
aaGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTa < 1:282209/289‑1 (MQ=255)
cAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTaaa < 1:1597309/287‑1 (MQ=255)
aGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGc < 1:496951/288‑1 (MQ=255)
aaCGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCAt > 1:563957/1‑288 (MQ=255)
aaCGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCAt > 1:1452073/1‑288 (MQ=255)
aCGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGTTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGCCGCTGACGGCTCAGGTTGCGGGTAAAGCAtt > 2:1029339/1‑288 (MQ=255)
aCGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCAt < 1:1032298/287‑1 (MQ=255)
agaAAGATGACGAAGGTAATATCACCTCCATCTTCGGTACTTATGACGCCGATACCTGAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTg < 2:1549438/288‑1 (MQ=255)
aTGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACATGGCTTTGCTGAACCGGCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAGGCATGCCAGTTTGAGGGTGa > 2:898058/1‑289 (MQ=255)
tGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGGTACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTg < 2:1837150/287‑1 (MQ=255)
cGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGt < 1:49410/289‑1 (MQ=255)
caccaTCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTAGAt > 1:1374423/1‑289 (MQ=255)
caccaTCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTCGAGCGTGCAGGTTACTCCCGCCCCgc > 2:1651634/1‑287 (MQ=255)
caccaTCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCCGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGTGCGCGAGGGTTACTTTGGCCTCgct > 2:1240708/1‑287 (MQ=255)
accaTCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATGAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGGGCAGGTTCCTTCTGCCTCgcga > 2:1320166/1‑286 (MQ=255)
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gtcggTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTCGATAGCCGCCATTCTACGGCGGAAAAACCGGTATTTAACCGCACCGTTGGGCTGCGTGATACCTGGGCGAAAGTAGGCGAGTAATTTTAAGTTTCGCTATGCCGGATGGGGCGTTTACGTCGCATCCGGCAAGGAACAGACAAACAGTTTCAAACGCTAAATTGCCTGATgc > 1:825550/5‑287 (MQ=255)
tcggTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTCGATAGCCGCCATTCTACGGCGGAAAAACCGGTATTTAACCGCACCGTTGGGCTGCGTGATACCTGGGCGAAAGTAGGCGAGTAATTTTAAGTTTCGCTATGCCGGATGGGGCGTTTACGTCGCATCCGGCAAGGAACAGACAAACAGTTTCAAACGCt > 1:1837349/4‑272 (MQ=255)
aaCCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTCGATAGCCGCCATTCTACGGCGGAAAAACCGGTATTTAACCGCACCGTTGGGCTGCGTGATACCTGGGCGAAAGTAGGCGAGTAATTTTAAGTTTCGCTATGCCGGATGGGGCGTTTACGTCGCATCCGGCAAGGAACAGACAAACAGTTTCAAACGCTAAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATc < 2:1315940/289‑1 (MQ=255)
|||
CGTCTGGTGCTGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGAGCGTGATTAACCCGGAAAGCCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGAGCCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTCGATAGCCGCCATTCTACGGCGGAAAAACCGGTATTTAACCGCACCGTTGGGCTGCGTGATACCTGGGCGAAAGTAGGCGAGTAATTTTAAGTTTCGCTATGCCGGATGGGGCGTTTACGTCGCATCCGGCAAGGAACAGACAAACAGTTTCAAACGCTAAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATC > CP042583/579731‑580289
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
