Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,491,391 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,491,391 | 0 | A | T | 99.6%
| 661.5
/ NA
| 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (137/139); minor base C (0/1); total (137/141) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,491,392 | 0 | G | C | 100.0%
| 664.6
/ NA
| 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (137/141); total (137/141) |
| * | CP042583 | 1,491,393 | 0 | T | A | 99.6%
| 663.2
/ NA
| 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (137/140); minor base G (0/1); total (137/141) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
AATGCAGGTATAAAAATCACCCAACCCAAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGAGTACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACAGTGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTAGTCTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCAGGCGTGCGCGAAGCCGTTGCGTTATGCAAAGAACAAGGTTTATTGGTGGGACTGGCCTCCGCGA > CP042583/1491111‑1491679
|||
aaTGCAGGTATAAAAATCACCCAACCCAAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCt > 2:653213/1‑289 (MQ=255)
tGCAGGTATAAAAATCACCCAACCCAAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCttt > 1:271763/1‑289 (MQ=255)
gCAGGTATAAAAATCACCCAACCCAAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTa < 1:941417/289‑1 (MQ=255)
gTATAAAAATCACCCAACCCAAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATggg > 2:557232/1‑289 (MQ=255)
taAAAATCACCCAACCCAAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATc < 1:1219616/289‑1 (MQ=255)
caaTCACCCAACCCCAAATCCTTTTCATAACCGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTATCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAg < 2:476230/288‑1 (MQ=255)
aaaTCACCCAACCCAAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAg < 2:1862647/289‑1 (MQ=255)
aaTCACCCAACCCAAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGc < 2:821279/289‑1 (MQ=255)
aTCACCCAACCCAAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTGTATGGGATCTAGcc > 2:1856191/1‑289 (MQ=255)
cACCCAACCCAAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGa > 1:399174/1‑289 (MQ=255)
cACCCAACCCAAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTGGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGa > 2:941752/1‑289 (MQ=255)
acccaacccaAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGaa < 1:1682064/289‑1 (MQ=255)
aacccaaAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTgg > 1:1804396/1‑289 (MQ=255)
cccaaAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGAt > 1:289150/1‑289 (MQ=255)
ccgtgtCAAAACAGCAGTGCGTCCAGCTTGTTGATACGGCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGc < 2:1416036/284‑1 (MQ=255)
ccTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGc < 1:94814/289‑1 (MQ=255)
ccTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGc < 2:705012/289‑1 (MQ=255)
ccTTTTAAAAACCGCAATGCGTCCAGCTTGTTGTTACGTCATGATTTATCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTAAGTTAGTTTACCTGTAAATATCTGTTTGCGCCCATTATTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGAACGGCTTAATACCTTACAAATAATGCTCTAAAGGAGTGGTTGTAATGTCAACCCCGCTTCAGATTATTGCTGCAATTTTTGATAGGGATGGATTACTTATCGCCTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGc < 2:1213501/289‑1 (MQ=255)
aaCAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGAGATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAAACTTTATGGTAGCTAGCCGAACTGGATGTGATGGACAGCCTggg > 2:1050770/1‑289 (MQ=255)
tGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGata < 2:506015/289‑1 (MQ=255)
cATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGcc > 1:1490313/1‑289 (MQ=255)
gAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGa < 1:1253848/289‑1 (MQ=255)
gAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGa < 1:1165523/289‑1 (MQ=255)
gAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTAGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGa < 1:1918226/289‑1 (MQ=255)
ctcCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTgg > 1:982510/1‑232 (MQ=255)
ctcCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTgg < 2:982510/232‑1 (MQ=255)
ctcCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCt < 2:289150/289‑1 (MQ=255)
tcCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCtt > 2:1711911/1‑289 (MQ=255)
tcCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGCGGGAACGAGCTGCCGGACATCtt > 2:4066/1‑289 (MQ=255)
ttAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTa < 1:310861/289‑1 (MQ=255)
aGACCCGTTGGTTCACTTAGTTTTGCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGTTATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAATGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTAGTGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACTAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGc < 2:1085634/289‑1 (MQ=255)
aCGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGc < 2:212259/211‑1 (MQ=255)
gtcgtTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCt > 2:1191735/1‑272 (MQ=255)
gtcgtTTCACTTAGTTTACCAGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGat > 2:761601/1‑289 (MQ=255)
tcgtTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGata < 2:58300/289‑1 (MQ=255)
aGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGa > 1:872932/1‑288 (MQ=255)
tttACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGc < 2:635865/193‑1 (MQ=255)
tttACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGc > 1:635865/1‑193 (MQ=255)
tAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTAc > 1:1036845/1‑288 (MQ=255)
tAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTAc > 1:1506742/1‑288 (MQ=255)
gATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCAt < 1:1440408/261‑1 (MQ=255)
atCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCgg < 1:264841/289‑1 (MQ=255)
tCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGc < 2:459737/289‑1 (MQ=255)
tGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCa > 1:844297/1‑288 (MQ=255)
tttCGACGATGCGTTAAAGGCGATAGGATAGGCGCGTAATCATAAGCAGGGCTTAATACCTTACACATATTGCGCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGAACTTTTTGAGATAGAGGGATTACTTATCGACTCAGAACCTGTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGGTATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCg < 2:1260699/289‑1 (MQ=255)
gCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCCTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGa < 1:1659863/289‑1 (MQ=255)
gCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTc > 1:1318708/1‑289 (MQ=255)
gATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGc < 1:507535/171‑1 (MQ=255)
atatGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAgg > 1:1534659/1‑289 (MQ=255)
tatGATAGGCGCTTAATCCTAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAgg < 1:689248/288‑1 (MQ=255)
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aaCCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCAGGCGTgcgc > 2:344426/2‑289 (MQ=255)
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tatGAACCATTATGGGACGGAGCGGGAGGCGATGTGATGGAACACGTGGGGATGGAGATGACCGGTGGTAACGAGCTGGCGGACAGCTTTGGTTTACGCATCGGTGTGGTGGTCGATCTGTGGTACGCCCGGCAACCGTGGACTGGGGCAAGGCGGCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCGGTGCCATTACACTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCAGGCGTGCGCGAAGCCGTTGCGTTATGCAAAGAACAAGGTTTATTGGTGGGACTGGCCTCcgggt < 2:1155721/287‑4 (MQ=255)
|||
AATGCAGGTATAAAAATCACCCAACCCAAAATCCTTTTCAAAACAGCAATGCGTCCAGCTTGTTGATACGTCATGAGTTCTCCTTGATTAAGACGCGTCGTTTCACTTAGTTTACCTGTAGATATCTGTTTTCGCCCATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGAGTACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGATTACTTATCGACAGTGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTAGTCTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCAGGCGTGCGCGAAGCCGTTGCGTTATGCAAAGAACAAGGTTTATTGGTGGGACTGGCCTCCGCGA > CP042583/1491111‑1491679
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
