Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,502,989 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,502,989 | 0 | G | C | 99.6%
| 543.1
/ NA
| 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (126/104); total (128/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.27e-01 |
| * | CP042583 | 1,502,990 | 0 | C | G | 99.6%
| 536.0
/ NA
| 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (126/103); total (127/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 1,502,991 | 0 | T | A | 100.0%
| 547.8
/ NA
| 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (127/104); total (127/104) |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
CCGGAGATGATATTCGCCCCACCTAACCAGTTTGCACCAACCGCATAGGCCTCACCGACACTATATGGGGTGACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTACTGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAAGC‑TCCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGGCTTGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTT > CP042583/1502711‑1503270
||||
gatgttatgacccccACCTAACCAGTTTGCCCCAACCGCATAGGCCTCACCGACACTATATGGGGTGACGGGCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCa < 2:533892/275‑1 (MQ=255)
atatTCGCCCCACCTAACCAGTTTGCACCAACCGCATAGGCCTCACCGACACTATATGGGGTGACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTa > 2:5915/1‑289 (MQ=255)
aCCTAACCAGTTTGCACCAACCGCATAGGCCTCACCGACACTATATGGGGTGACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACgttg > 1:1455148/1‑289 (MQ=255)
aaCCAGTTTGCACCAACCGCATAGGCCTCACCGACACTATATGGGGTGACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGttaa < 1:1082028/289‑1 (MQ=255)
aCCAGTTTGCACCAACCGCATAGGCCTCACCGACACTATATGGGGTGACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGttaat > 1:1280751/1‑289 (MQ=255)
aCCAGTTTGCACCAACCGCATAGGCCTCACCGACACTATATGGGGTGACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGttaat < 1:1353737/289‑1 (MQ=255)
ttggCACCAACCGCATAGGCCTCCACAACCCACAATGGGGAGCCGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCACCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATa < 2:303386/286‑1 (MQ=255)
ttGCACCAACCGCATAGGCCTCACCGACACTATATGGGGTGACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATa < 1:1510464/288‑1 (MQ=255)
gccgcgccGACACTCTATGGGGTACCGGTCATAAATGCTGCAACGTGTAACAACCCAGCCGCCAGCGCAGCGACTTTACGCTTTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCa < 2:1807996/282‑1 (MQ=255)
gCCTCACCGAAATTAGATGGGGGGACGGTCAACAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATTCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCa < 2:1172904/288‑1 (MQ=255)
ccTCACCGACACTATATGGGGTGACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCTATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCa < 1:1830251/287‑1 (MQ=255)
aCCGACACTATATGGGGTGACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑tt > 1:911186/1‑289 (MQ=255)
cacTATATGGGGTGACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTa < 2:63987/285‑1 (MQ=255)
gACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAACG‑‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATaa > 1:54604/1‑289 (MQ=255)
gACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATa > 1:385949/1‑289 (MQ=255)
gACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATa > 2:291866/1‑289 (MQ=255)
gACGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGC‑‑‑TCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGTCATTAAGCGAATAAAg > 2:1480750/1‑289 (MQ=255)
aCGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGACGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTTAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATaa > 1:966507/1‑289 (MQ=255)
cGGTCATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATaag > 1:1382416/1‑288 (MQ=255)
cATAAATGCTGCAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCa > 1:488716/1‑289 (MQ=255)
gctgcAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGa < 2:604905/289‑1 (MQ=255)
gctgcAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGa < 1:294668/289‑1 (MQ=255)
gctgcAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGa < 1:1161566/289‑1 (MQ=255)
tgcAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGAtt > 1:1621448/1‑289 (MQ=255)
cAACGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGCATAAAAAAACG‑ACACCCCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTCTTAATTACTACAACCATGGCCCCCGCACGGG‑TTAACGGCATTATGCGAATACAGCCATTCTTGAttc > 2:1922124/1‑287 (MQ=255)
aCGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAACCG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGACAAACGTTGTTACTTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGC‑TTAACGGCATAAAGCGAATAAAGCCATTTTGAATTGCAt > 2:704073/1‑289 (MQ=255)
cGGATAACAACCCAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATGCAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAAc < 1:1000726/254‑1 (MQ=255)
cccAGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGCTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAACACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCTCCCGAAAGGG‑TTAACGGCATTAAga > 2:1000726/1‑253 (MQ=255)
aGCCGCCAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATa > 2:1408281/1‑215 (MQ=255)
gccgccAGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGgctgct > 2:461689/1‑289 (MQ=255)
aGCGCATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATCGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGTTGTTTTctct > 2:898316/1‑286 (MQ=255)
cgcATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTAtt > 2:1584958/1‑289 (MQ=255)
ccATCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTAtt < 1:1753515/287‑1 (MQ=255)
cctcgcatttACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCGAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTGTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTAtttt < 2:74112/282‑1 (MQ=255)
aTCGACTTTACGCTCTTCTGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑CAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAAAAAGGCCCCCGGAAGGGCTTAAC‑GCATTAAGCGAATAATGCCATTTTTGATTTCAATAACCTTTGGCTGCTTTCCTATGTTa > 2:981982/1‑289 (MQ=255)
ttctGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGa < 1:1901248/242‑1 (MQ=255)
ttctGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGggagg < 1:882628/289‑1 (MQ=255)
ttctGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCACTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGa > 2:1901248/1‑242 (MQ=255)
tGCCAGCGCCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGt < 2:1455148/289‑1 (MQ=255)
gcCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCtttt > 2:1631640/1‑289 (MQ=255)
gcCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCttt > 1:15833/1‑288 (MQ=255)
gcCATGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCttt > 1:848061/1‑288 (MQ=255)
aTGCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCaa > 2:200131/1‑289 (MQ=255)
tGCCCATACAGTACGGTACCATTAAAGACATTATTCCTGATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTTTTTCAATGGTTTAGGCGTCGATGC‑GAATAACTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCCCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAg < 2:1581141/289‑1 (MQ=255)
gcacgtAAAGAACTGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGAACATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAGCGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAgc < 2:966507/284‑2 (MQ=255)
gCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAACCG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAgc > 2:856046/1‑288 (MQ=255)
cAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGC‑GAATACCTAAGGAATAAAAAAACG‑ACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGG‑TTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAgcga < 1:1226384/289‑4 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
