Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,509,811 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,509,811 | 0 | G | C | 99.6%
| 542.0
/ NA
| 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (109/120); minor base A (1/0); total (110/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,509,812 | 0 | C | G | 99.6%
| 541.3
/ NA
| 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (110/119); minor base A (0/1); total (110/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,509,813 | 0 | T | A | 99.1%
| 534.6
/ NA
| 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (109/118); minor base G (0/2); total (110/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
TCCGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCGCTATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGGCTTTCAGTGACGGGCGCTTCCAGGCTACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTATCGGCAGATGGCGCGATCGTTGCCGCATTGGCTACCCACATTGGGCTAGCGGAACTGACGCTGGAAAGCCAGTGCGGTGCCTGGCGTGCAACTTTTTCCAGTACCTGCTCATCGCTACCACTGAATCCCAACTGACGCAGCACCGGAATAAACGGACGCTCGTGCGGCGGGATCACGGCCTGGGGGAATCCCGCA > CP042583/1509533‑1510090
|||
tCCGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTg > 1:321995/1‑288 (MQ=255)
tCCGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTg > 1:774587/1‑288 (MQ=255)
ccGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCCCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGAc > 1:1290516/1‑289 (MQ=255)
cGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATAACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACg > 1:1599734/1‑289 (MQ=255)
ttttGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGgc < 2:1132559/288‑1 (MQ=255)
ggCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAgc > 1:1759718/1‑288 (MQ=255)
gAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAgcgaa < 1:262477/289‑5 (MQ=255)
aaaTCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAgcgaacg < 2:1217063/289‑7 (MQ=255)
tGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTa < 1:1576579/288‑1 (MQ=255)
tgtCATCTGGTTCAGGCTGGCCACCGCTGCGCGGGCTTCGCGAGGCTGTCGCGCCGGATAACGTGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCGTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCGTACCCGGGTCGCCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGtt < 2:1017334/286‑1 (MQ=255)
gtgtcccggtttgaGCCGTGACACCGGCTCGCTGGATTCGTGAGTCTGTCGCTACTTCTAACGGGAAGGACAGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACGACAATGTGCATACCCGGTGCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGTACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGtt < 2:1093939/275‑1 (MQ=255)
aTTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGCCGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAACACTGCTTTTAAGAGCGATTCAGTGACGGTCGCTTCAAGCGACCCGTGACATTAATTGtt > 2:1333721/1‑288 (MQ=255)
aTTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGtt < 1:219433/288‑1 (MQ=255)
aTTCACCTGATCCCTCCTTGCCCCCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCACGTCGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGtt < 1:1442647/288‑1 (MQ=255)
ttCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCa > 2:336760/1‑289 (MQ=255)
tCACCTGAGTCGGCCTTCCCCCCCCCTCGCTGGCTTGCGGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGTCAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAg < 2:1213280/289‑1 (MQ=255)
cACCTGAGTCAGCCTGACCACCGCCTCGCTGGCTTGGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAgg < 2:1515757/289‑1 (MQ=255)
aCCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAgtg > 1:1804563/1‑287 (MQ=255)
aCCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATGGTTCAGGt > 1:106361/1‑289 (MQ=255)
gATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGc < 1:1419335/289‑1 (MQ=255)
ccgCCTTGCCACCCCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACg < 1:1365591/287‑1 (MQ=255)
cctGCCACGGGCTCGATGGCCTCTAGAGACGTTCGCGCCGTATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGt < 1:1032707/285‑1 (MQ=255)
ttGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTgag < 1:338114/289‑1 (MQ=255)
tGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGGGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGGTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTgaga < 2:1757870/289‑1 (MQ=255)
gCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGtt > 2:543750/1‑269 (MQ=255)
gCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGtt < 1:543750/269‑1 (MQ=255)
ccACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACCCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCCCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCCTCCACGGAACGGGCACATTTATTGTTCAGGTTGGCCACGGGGCGATg > 2:1318261/1‑289 (MQ=255)
gCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATcc < 1:836764/288‑1 (MQ=255)
tCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCg < 1:885835/289‑1 (MQ=255)
gcgAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTa > 1:1642863/1‑289 (MQ=255)
tGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGtt < 2:1926966/242‑1 (MQ=255)
tGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGtt > 1:1926966/1‑242 (MQ=255)
gcCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTATCGGCAGATGgcg < 1:725106/289‑1 (MQ=255)
ccGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCCTACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGCGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTCAATATCTCTTCTGCGTTAAAACTCTCTTTTAACAGAGATTCCGTGCCGGGCACTTCCAGCGAACTGTCAAATGTCCTGTTCAGGTTGGCAATCGTGAGATGCACTATGCCAGCAAGAGTACCGCAAGATggag > 2:636202/1‑286 (MQ=255)
ccGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAACTCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTATCGGCAGATGgcgc > 2:940491/1‑289 (MQ=255)
ggAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGCGCCACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGGTCAGGTTGCCAACGGTGAGAGTCACTTTGCCATCTAACGTAACCGCAAGAGGCTCGATCGTGGc > 2:149240/1‑288 (MQ=255)
aaGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTATCGGCAGATGGCGCGATCGTTGCCg < 1:1837856/288‑1 (MQ=255)
aGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTTCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGGGAGATGCACTTTGCCACCCAGCGTATCGGCCGATGGCGCGATAGTTGCCGct > 2:1837856/1‑288 (MQ=255)
aGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTgaga > 2:1296853/1‑241 (MQ=255)
aGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTATCGGCAGATGGCGCGATCGTTGCCGCa > 2:1881812/1‑289 (MQ=255)
cGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTCGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGAGGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTATCGGCAGATGGCGCGATCGTTGCCGCATTgg < 2:1180948/289‑1 (MQ=255)
cGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTATCGGCAGATGGCGCGATCGTTGCCGCATTg < 1:1944744/288‑1 (MQ=255)
cGGGGAGCATTGCCTTCGTCTCACCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCCCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCGTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTATCGGCAGATGGCGCGATCGTTGCCGCATTgg < 2:1752557/289‑1 (MQ=255)
aTTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTATCGGCAGATGGCGCGATCGTTGCCGCATTGGCTACCca > 1:1776138/1‑288 (MQ=255)
tctcGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTATCGGCAGATGGCGCGATCGTTGCCGCATTGGCTACCCACATTggcgaag < 1:980730/289‑6 (MQ=255)
ctcGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCCGAATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTATCGGCAGATGGCGCGATCGTTTCCGTATTGGCTACCCACATTggcgaacc > 2:1146384/1‑283 (MQ=255)
tagaccGTAAACAAAAAGTTGCATACCCGGACCCCCGTAACGACCGCCGAGACTATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTAACTGTGGCAACGCCGAATGGACTCTCAAATTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTATCGGCAGATGGCGCGATCGTTGGCGCATTGGCTACCCACATTggcgaagcg < 2:1228201/285‑8 (MQ=255)
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tctTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTATCGGCAGATGGCGCGATCGTTGCCGCATTGGCTACCCACATTGGCGAAGCGGAACTGACGCTGGAAAGCCAGTGCGGTGCCTGGCGTGCAACTTTTTCCAGTACCTGCTCATCGCTACCACTGAATCCCAACTGACGCAGCACCGGAATAAACGGACGCTCGTGCGGCGGGATCa < 2:1068132/289‑1 (MQ=255)
cTTTTAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTATCGGCAGATGGCGCGATCGTTGCCGCATTGGCTACCCACATTGGCGAAGCGGAACTGACGCTGGAAAGCCAGTGCGGTGCCTGGCGTGCAACTTTTTCCAGTACCTGCTCATCGCTACCCCTGAATCCCAACTGACGCAGCACCGGAATAAACGGACGCCCGTGCGGCGGGATCACGGCCTGGGGGAATCCCGc > 2:713116/1‑289 (MQ=255)
ttttAACAGCGATTCAGTGACGGGCGCTTCCAGCGAACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTATCGGCAGATGGCGCGATCGTTGCCGCATTGGCTACCCACATTGGCGAAGCGGAACTGACGCTGGAAAGCCAGTGCGGTGCCTGGCGTGCAACTTTTTCCAGTACCTGCTCATCGCTACCACTGAATCCCAACTGACGCAGCACCGGAATAAACGGACGCTCGTGCGGCGGGATCACGGCCTGGGGGAATCCCGCa < 1:1492489/289‑1 (MQ=255)
|||
TCCGGGTTTTGCTGGGCGAAAATCACCTGTTGGGGATTCACCTGATTCAGCCTTGCCACCGCCTCGCTGGCTTCGCGAGTCTGTCGCGCCGGATAACGGGAAGGCCGGGTATCATTGCCTTCTTCTCGCCCGTAGACAAAAAGTTGCATACCCGGTTCACCGTAATGACCGCCGAGACGATTGTGGTTTGCCGCCCCCTCATCACCGAGCAACGCTACCTGTGGCAACGCGCTATGGACGCTAAATTTCTCTTCGTCGTTAAAAATCGCTTTTAACAGGCTTTCAGTGACGGGCGCTTCCAGGCTACGGTGAAATTTATTGTTCAGGTTGGCAACGGTGAGATGCACTTTGCCATCCAGCGTATCGGCAGATGGCGCGATCGTTGCCGCATTGGCTACCCACATTGGGCTAGCGGAACTGACGCTGGAAAGCCAGTGCGGTGCCTGGCGTGCAACTTTTTCCAGTACCTGCTCATCGCTACCACTGAATCCCAACTGACGCAGCACCGGAATAAACGGACGCTCGTGCGGCGGGATCACGGCCTGGGGGAATCCCGCA > CP042583/1509533‑1510090
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A