Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,515,097 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,515,097 | 0 | A | T | 99.1%
| 731.8
/ NA
| 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (163/150); minor base G (1/2); total (166/153) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.10e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,515,098 | 0 | G | C | 99.1%
| 744.8
/ NA
| 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (164/150); minor base A (2/1); total (166/153) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,515,099 | 0 | T | A | 99.7%
| 751.5
/ NA
| 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (166/152); minor base C (0/1); total (166/153) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
GGCAAAAGCGCAGTTTTATCAGAATCTGCAAAACTACCTGGAAACCGAACTCAAACGTG‑ATAATCCGGTACTGATTATGGGCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCAGTTGGTTTGATTACCGCAGTAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCGCAGCATGGAAAAACCGTCC‑GATCACGCCCCCGTCTGGGCGACCTTCCGCCGCTAATTTAGCAGCTCTCCTGGCTCAAACTGGGTCAGGAGAATTAACCTTGAGAAAAATCAACAAACTGTCAGTAATGATTTGTTGCCTGCCGTCCTTTGTTATACCGTCTCTGCGTTTTTAGTT > CP042583/1514817‑1515375
|||
cAAAAGCGCAGTTTTATCAGAATCTGCAAAACTACCTGGAAACCGAACTCAAACGTG‑ATAATCCGGTACTGATTATGGGCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGAGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGtt < 2:1772259/288‑1 (MQ=255)
aGCGCAGTTTTATCAGAAGTTGCAAAACTACCTGGAAACAGACCTCAACCGTG‑ATAATCCGGGACTGATTATGGGGGATATGAACATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGGTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAAGCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGAc < 2:1499306/289‑1 (MQ=255)
gcAGTTTTATCAGAATCTGCAAAACTACCTGGAAACCGAACTCAAACGTG‑ATAATCCGGTACTGATTATGGGCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGa < 1:1312061/288‑1 (MQ=255)
gcAGTTTTATCAGAATCTGAAAAACTACCTGGAAACCGAACTCAAACGTG‑ATAATCCGGTACTGATTATGGGCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGa < 2:1309753/288‑1 (MQ=255)
tCAGAATCTGCAAAACTACCTGGAAACCGAACTCAAACGTG‑ATAATCCGGTACTGATTATGGGCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGt < 1:1001010/289‑1 (MQ=255)
aTCTGCAAAACTACCTGGAAACCGAACTCAAACGTG‑ATAATCCGGTACTGATTATGGGCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGATAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGTTTACTGCTAAACAGGTTTTGACGATAACCCTGGTCCgc > 2:1528986/1‑288 (MQ=255)
cggctataatACCTGGAAACCAAACGCAAA‑GTGTATAATCCGGTACTGATTATGGGCGATATGAATATCAGTCCTACAGGTCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGGTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGTCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCa < 2:1135117/280‑1 (MQ=255)
cTGCAAAACTACCTGGAAACCGAACTCAAACGTG‑ATAATCCGGTACTGATTATGGGCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCa < 2:175432/289‑1 (MQ=255)
aaCTACCTGGAAACCGAACTCAAACGTG‑ATAATCCGGTACTGATTATGGGCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGAcc < 1:1794862/289‑1 (MQ=255)
ccTGGAAACCGAACTCAAACGTG‑ATAATCCGGTACTGATTATGGGCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACctgct > 1:893640/1‑288 (MQ=255)
aCCGAACTCAAACGTG‑ATAATCCGGTACTGATTATGGGCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCCGCGCATCCACCTGGTGCCCccca > 2:1891899/1‑289 (MQ=255)
aCTCAAACGTG‑ATAATCCGGTACTGATTATGGGCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCgccagcca > 1:181257/1‑288 (MQ=255)
aTTATGGGCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGaa > 2:1935262/1‑288 (MQ=255)
aTTATGGGCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGaa > 1:896803/1‑288 (MQ=255)
aTTATGGGCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGaa > 2:1223881/1‑288 (MQ=255)
gggCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGa < 1:862646/219‑1 (MQ=255)
gggCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGc > 2:563536/1‑289 (MQ=255)
cGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCAt < 2:618298/288‑1 (MQ=255)
cGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCAt < 1:112880/288‑1 (MQ=255)
atatGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGa > 1:1696528/1‑214 (MQ=255)
atatGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCg > 2:197016/1‑288 (MQ=255)
atatGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGGTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAACAACCGTCATCg > 2:1585989/1‑288 (MQ=255)
tGAATTTCAGCCCTACGGTTCTGGATTTCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCAt < 2:33443/283‑1 (MQ=255)
atatCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATg < 1:613247/288‑1 (MQ=255)
cccTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGGTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCg < 2:755687/288‑1 (MQ=255)
cccTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAAcc < 2:1569683/206‑1 (MQ=255)
cccTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAAcc > 1:1569683/1‑206 (MQ=255)
cccTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCgc > 1:482008/1‑289 (MQ=255)
cccTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCgc > 1:1433539/1‑289 (MQ=255)
cccTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGACTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAGTGTTGCGTCGAAACCGGCATCGCCTATGAAATCCgc > 2:87684/1‑289 (MQ=255)
cTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCGCAGCATGGaaa > 1:1858301/1‑289 (MQ=255)
cTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGGAGAAACCGGCCTCGACTATGAAATCCGCAGCATGGaaa > 2:26808/1‑289 (MQ=255)
gATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAACAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCCTCGACCTGCTGCTCGCCAGCCCACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGCAACCGGCCTCGAATATTCAATCcgccgccgtgaaaca > 2:68707/1‑279 (MQ=255)
gATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGc > 2:1044018/1‑258 (MQ=255)
gATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGc < 1:1044018/258‑1 (MQ=255)
cGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCGCAGTAGGGACAAACCGTcc > 1:1901969/1‑289 (MQ=255)
cGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCGCAGCATGGAAAAACCGTc > 2:959994/1‑288 (MQ=255)
aTTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCGCAGCATGGAAAAACCGTCC‑GATc < 1:546441/289‑1 (MQ=255)
aTTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCGCAGCATGGAAAAACCGTCC‑GATc < 1:1097998/289‑1 (MQ=255)
ttGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTTGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCCGAGAAACCGGCCTCGACCATGAAATCCGCCACATGGAAAAACCGTCC‑Gaga > 2:1488224/1‑286 (MQ=255)
ttGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCGCAGCATGGAAAAACCGTCC‑GATc > 1:794416/1‑288 (MQ=255)
ttGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCGCAGCATGGAAAAACCGTCC‑GATc > 1:497246/1‑288 (MQ=255)
gCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCGCAGCATGGAAAAACCGTCC‑GATCACg > 1:1883221/1‑288 (MQ=255)
ccGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCGCAGCATGGTAAAACCGTCC‑GACCACGCCCCCGTCtag > 2:141914/1‑287 (MQ=255)
cGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCTCATGGTTTGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCGCAGCATGGAAAAACCGTCC‑GATCACGCCCCCGTCTggg < 2:95420/289‑1 (MQ=255)
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tGATTACCGCTCAAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCGCAGCATGGAAAAACCGTCC‑GATCACGCCCCCGTCTGGGCGACCTTCCGCCGCTAATTTAGCAGCTCTCCTGGCTCAAACTGGGTCAGGAGAATTAACCTTGAGAAAAATCAACAAACTGTCAGTAATGATTTGTTGCCTGCCGTCCTTTGTTATACCGTCTCTGCGTTTTTAGtt > 1:1751745/1‑289 (MQ=255)
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GGCAAAAGCGCAGTTTTATCAGAATCTGCAAAACTACCTGGAAACCGAACTCAAACGTG‑ATAATCCGGTACTGATTATGGGCGATATGAATATCAGCCCTACAGATCTGGATATCGGCATTGGCGAAGAAAACCGTAAGCGCTGGCTGCGTACCGGTAAATGCTCTTTCCTGCCGGAAGAGCGCGAATGGATGGACAGGCTGATGAGCTGGGGGTTGGTCGATACCTTCCGCCATGCGAATCCGCAAACAGCAGATCGTTTCAGTTGGTTTGATTACCGCAGTAAAGGTTTTGACGATAACCGTGGTCTGCGCATCGACCTGCTGCTCGCCAGCCAACCGCTGGCAGAATGTTGCGTAGAAACCGGCATCGACTATGAAATCCGCAGCATGGAAAAACCGTCC‑GATCACGCCCCCGTCTGGGCGACCTTCCGCCGCTAATTTAGCAGCTCTCCTGGCTCAAACTGGGTCAGGAGAATTAACCTTGAGAAAAATCAACAAACTGTCAGTAATGATTTGTTGCCTGCCGTCCTTTGTTATACCGTCTCTGCGTTTTTAGTT > CP042583/1514817‑1515375
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A