Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,575,374 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,575,374 | 0 | A | T | 99.5%
| 509.4
/ NA
| 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (109/106); minor base C (1/0); total (110/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 1,575,375 | 0 | C | G | 99.5%
| 508.2
/ NA
| 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (109/106); minor base T (1/0); total (110/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,575,376 | 0 | T | A | 100.0%
| 511.2
/ NA
| 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (110/106); total (110/106) |
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
AGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGACTAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACTCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTCCCGCTTAAGCCACCTGCCGTGGGCGATGCTTTTACACTCCGGCTATGCCGATCATCCGTATAGCCGCTTTGATATTGTGGTCGCCGAGCCGATTTGCACTTTAACCACTTTCGGTAAAGA > CP042583/1575095‑1575655
|||
aGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCACAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATTGGGGAGTGAAGGTaa > 2:732867/1‑288 (MQ=255)
aaTTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGc > 2:762866/1‑289 (MQ=255)
aaTTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGc > 1:1928295/1‑289 (MQ=255)
ttATATCCGCTTAAATGAGTCAGGACGCTTTTAAGCAATTATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGATTCTATAACGAATCCGGTACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCGGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCaaa < 2:291344/289‑1 (MQ=255)
ttATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCaaa < 1:108439/289‑1 (MQ=255)
ttATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCaaa < 1:1621090/289‑1 (MQ=255)
atatCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACa > 1:1002851/1‑289 (MQ=255)
agatCAGCATAAATGGTTCAGGACGTTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAAACAAATGATCATCGGCTTCTATAACCAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACa < 2:677106/287‑1 (MQ=255)
aGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGtt < 2:513100/289‑1 (MQ=255)
gCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTa > 2:438770/1‑289 (MQ=255)
aTAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGtt < 2:72456/286‑1 (MQ=255)
tCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCTTGGGTGAGTGAAGGTCAAACTGCAAAAGTTGTTAACCTCTCCTaa > 2:468417/1‑289 (MQ=255)
tCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTaa > 2:1351369/1‑289 (MQ=255)
ttttAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAGATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTTAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACCCCTGCTAAATTTTTGgc > 2:891015/1‑289 (MQ=255)
tttAATCACATATAAACAGAGTCCTTTTTCTCACAATCAAATAGTCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCGCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGgcg < 2:685204/289‑1 (MQ=255)
tttAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACCCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTTGTCATGGGTGTGTGAAGGTACACCTTCAAACAGTGTTAACTCCTGCTAAATTGGTGgc > 2:1531124/1‑288 (MQ=255)
aTCACATATAAAAAGCTTCCTTTTTCTCACAATCACATGTTCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTaa < 2:38611/289‑1 (MQ=255)
aTCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTaa < 2:1025954/289‑1 (MQ=255)
atatAAAAAGCGTTCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCCCGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCCCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTGTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAACCCTGCAACTCTTTTTAACTCATGCTAACTTGTTGGCTCTactgatg > 2:952180/1‑283 (MQ=255)
atatAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAAttgt > 2:1622049/1‑275 (MQ=255)
atatAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAattatt > 1:878287/1‑289 (MQ=255)
taAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCa < 2:1577840/289‑1 (MQ=255)
cGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTcc > 2:1135396/1‑254 (MQ=255)
cGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTAc > 2:777741/1‑288 (MQ=255)
cGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTAc > 1:83055/1‑288 (MQ=255)
cGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTAc > 1:346603/1‑288 (MQ=255)
cGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTAc > 2:601074/1‑288 (MQ=255)
cGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTAc > 2:560247/1‑288 (MQ=255)
tCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCg > 1:772506/1‑289 (MQ=255)
ttCTCACAATCACATTTGCATAGGCTTCAATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACAt < 2:1061112/289‑1 (MQ=255)
ctcACATTCAAATGATATTCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGGGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAg < 2:804381/289‑1 (MQ=255)
aaTCAAATGATCATTGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATGAGTGGGTTACTCGTCTTCATCCTCAACACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGt < 2:1812115/289‑1 (MQ=255)
aaTCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGt < 2:849053/289‑1 (MQ=255)
tcatcGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAgg > 1:366543/1‑288 (MQ=255)
atcGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCCCATAGCCAGTAGTGTCggg > 2:24449/1‑286 (MQ=255)
atcGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAgg > 2:927507/1‑286 (MQ=255)
atcGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAgg > 1:1765617/1‑286 (MQ=255)
cTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACtgatga < 2:872263/289‑1 (MQ=255)
tCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAg < 2:772506/289‑1 (MQ=255)
cTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTTCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCTCCCGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTCCAAACATTGTTAACTCCTGCTACATTGTTGACTCTAATTATTTCATGCTACCCCGCACATAGCCAGTAAAGTCAGGACTGAGTAAGa > 2:1799331/1‑289 (MQ=255)
aaTCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCGTGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTAtctc < 1:1729013/289‑1 (MQ=255)
aTTAGTGTTTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGTTAAACCTGCAAACATTGTTAACTc < 1:1143505/198‑1 (MQ=255)
ttAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGAtta < 1:1348921/289‑1 (MQ=255)
aGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGAttact > 1:753638/1‑289 (MQ=255)
aGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCGGGGAttact > 1:941450/1‑289 (MQ=255)
tgtgtTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGAttacttt > 2:176447/1‑289 (MQ=255)
tACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTaa < 1:675958/209‑1 (MQ=255)
tACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGAttactttac > 2:1828947/1‑286 (MQ=255)
cTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGa > 2:1485513/1‑247 (MQ=255)
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tCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACTCTGGCGTCAGGAc > 1:1822807/1‑288 (MQ=255)
aaaaCGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACTCTGGCGTCAGGAcgcc > 2:1760374/1‑286 (MQ=255)
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tGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACTCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTCCCGCTTAAGCCAc < 1:564257/288‑1 (MQ=255)
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tcttctGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACTCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTCCCGCTTAAGCCACCTGCCGTGGGCGa < 1:1461994/286‑1 (MQ=255)
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tCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGTGAAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACTCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTCCCGCTTAAGCCACCTGCCGTGGGCGATGCTTTTACACTCCGGCTATGCCGATCATCCGTATAGCCGCTTTGTTATTGTGGTCgccgagcc > 1:892903/1‑289 (MQ=255)
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|||
AGTTAAATTTATATCAGCATAAATGGGTCAGGACGCTTTTAATCACATATAAAAAGCGTCCTTTTTCTCACAATCAAATGATCATCGGCTTCTATAACGAAATCGATACGGATTAGTGTGTTACTCGTCTTCATCCTCAAAACGCGCCACGATTCGCTCGCCGGAGTGGTTGGCACGCAGCTCTTCTGCCACCAGCGCGATTGCCTGGCCGCTGCTCATCCCTTGTGCCATCAGTTCCTGGATCCGCTCGACAGCTTTTTGCTGCTGTTCATGGGTGAGACTAGGTAAACCTGCAAACATTGTTAACTCCTGCTAAATTGTTGGCGCTAATTATTTCATGCTACCCGGCACATAGCCAGTAGAGTCAGGACTGATGAAGACGTTATCTCCCGCTGTGATTACTTTACTCTGGCGTCAGGACGCCGCTGAATTTTATTTCTCCCGCTTAAGCCACCTGCCGTGGGCGATGCTTTTACACTCCGGCTATGCCGATCATCCGTATAGCCGCTTTGATATTGTGGTCGCCGAGCCGATTTGCACTTTAACCACTTTCGGTAAAGA > CP042583/1575095‑1575655
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
