Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,578,510 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,578,510 | 0 | A | T | 99.2%
| 544.0
/ NA
| 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (113/119); minor base G (0/2); total (114/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
| * | CP042583 | 1,578,511 | 0 | G | C | 99.6%
| 552.9
/ NA
| 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (113/122); total (114/122) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,578,512 | 0 | C | G | 100.0%
| 552.7
/ NA
| 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (114/122); total (114/122) |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
CAAACCATGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAAAGCGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTAGTATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATT > CP042583/1578234‑1578788
|||
cAAACCATGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGTCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCCGTGCCGGCCTACTGTGACCACTGTATTGAATCGGTCAGCCCg > 2:316519/1‑288 (MQ=255)
cAAACCATGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCg < 1:1434155/288‑1 (MQ=255)
aaaCCATGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCgg < 1:352700/288‑1 (MQ=255)
ccATGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGCCa > 1:1735019/1‑288 (MQ=255)
ccATGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACa > 2:619082/1‑288 (MQ=255)
ccATGCAGACATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAACACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAAAGGTGCCTGCGGTCTCGTTCCGGCAGTCATGGCTTCCTATTACCACTTTATTGAATCGGTACGCCCGGACa > 2:169484/1‑288 (MQ=255)
tGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCta < 2:1759328/289‑1 (MQ=255)
tGTATAGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCATGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTATAACGATCCGATGAATGTCATCGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCCGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCATGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAACCCGGACATCTATACCCGtt > 1:1899666/1‑289 (MQ=255)
cgatcgCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCACTACCCGTTACtgt > 2:693176/1‑287 (MQ=255)
atcgCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTTCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTCCTATGACCACTTTATTTAATCGGTCAGCCCGGGCCTCTATACCCGTTACtt > 2:1232551/1‑286 (MQ=255)
atcgCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGCCCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTAt > 2:1261829/1‑289 (MQ=255)
atcgCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTAt > 1:947848/1‑289 (MQ=255)
atcgCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTAt > 1:1742894/1‑289 (MQ=255)
atcgCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTAt > 1:562612/1‑289 (MQ=255)
atcgCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTAt > 1:977638/1‑289 (MQ=255)
atcgCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTAt > 1:115313/1‑289 (MQ=255)
cgGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCg > 2:75174/1‑262 (MQ=255)
gacacCGAAGGGGTACGGCCAGGCCCGCTGGGCGT‑CCACGGCCGGGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGgc < 2:417840/287‑1 (MQ=255)
agagcaaaGGTGTACTGCCGGGCCCTCTGCGCGTGACAC‑GTCGTGCGTCTGCACGGCGACGGGTGGTGGTTTCCAGCGATAAACTTGCAAACTATCCGATGCATGGCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAGAACGCCGCCGGTTGTCGTGTGGTAACTTCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCTGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGCCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTGTGGCAGCGGgc‑gc < 2:1420718/283‑1 (MQ=255)
ccGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGGGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGAt < 2:1560897/289‑1 (MQ=255)
cGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGAtt > 1:1538776/1‑289 (MQ=255)
gAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTg < 1:397549/289‑1 (MQ=255)
gtACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCa < 2:1538776/288‑1 (MQ=255)
tACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCAtt > 1:516007/1‑289 (MQ=255)
cTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTGACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGt > 2:880492/1‑289 (MQ=255)
ggCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATAc > 1:1852421/1‑245 (MQ=255)
ccGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATg < 1:1336980/288‑1 (MQ=255)
gCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAAc < 2:837162/289‑1 (MQ=255)
tGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTTGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCGGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCCGGCTTGCTATGACCACTTTATTGAATCGGTAAGCCCGGACATCCATACCCGATACTTTATGGCAGCGGGCGGCGATTGG‑GCCTTGTATAAAATGAACg > 2:1576044/1‑288 (MQ=255)
tGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCg > 1:635086/1‑289 (MQ=255)
cgcAGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGc > 1:349440/1‑288 (MQ=255)
cGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAgg < 1:1523003/289‑1 (MQ=255)
gATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCa < 2:1368588/238‑1 (MQ=255)
gATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCa > 1:1368588/1‑238 (MQ=255)
gATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGc > 1:1845536/1‑289 (MQ=255)
gATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGc > 1:623654/1‑289 (MQ=255)
gATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGCTAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTTTATAAAATGACCGCCTCTTTTTCCGGTGCGGACGCTGGTTGCCAggtc > 2:447350/1‑287 (MQ=255)
tGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGa < 1:880492/289‑1 (MQ=255)
tgggTTTCCAGGGATCAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTTCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAg < 2:562612/287‑1 (MQ=255)
ttCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGgt < 1:581285/289‑1 (MQ=255)
gATAAACTGTCTAACGGTCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGc < 2:1652538/287‑1 (MQ=255)
gATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGc < 2:516007/287‑1 (MQ=255)
aTAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTg > 1:1453097/1‑285 (MQ=255)
cTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTgttcaatggc < 2:285864/289‑9 (MQ=255)
tCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGTGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTTCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTTTTCAATCGCTGCTGCg > 2:1370637/1‑289 (MQ=255)
cGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCg > 2:1446671/1‑158 (MQ=255)
cGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCCGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGgctgcgtgggg > 2:1513823/1‑283 (MQ=255)
cGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCggg < 1:1261829/289‑1 (MQ=255)
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ttATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCAtt > 2:1169330/1‑272 (MQ=255)
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CAAACCATGCAGGCATGTATCGATCGCGGGATGAACACCGAAGGTGTACTGCCAGGCCCGCTGCGCGTGCCAC‑GTCGTGCGTCTGCCCTGCGCCGGATGCTGGTTTCCAGCGATAAACTGTCTAACGATCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAAAGCGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGC‑GCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTAGTATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATT > CP042583/1578234‑1578788
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
