Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,605,404 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,605,404 | 0 | G | C | 99.6%
| 643.4
/ NA
| 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (142/133); total (143/134) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,605,405 | 0 | C | G | 99.6%
| 647.2
/ NA
| 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (143/133); minor base T (0/1); total (143/134) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 1,605,406 | 0 | T | A | 100.0%
| 661.3
/ NA
| 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (143/134); total (143/134) |
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
GCATTGCAGTGGCACTGATCAAACTCCAGACGGCAGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGGCTGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACGCTAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGGCTATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCGCTGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAAGCTAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTACTAG > CP042583/1605127‑1605684
|||
gCAGTGGCACTGATCAAACTCCAGACGGCAGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGaa < 1:1473899/289‑1 (MQ=255)
aggaccAAAGTCCAGACGGCTGGAGGCAGTTGGAAACGCGGAAAACGCTTAGCCAGCAAGCAACGAATCGTCAAGGTGGCCAGCCATGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCGTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGtt < 2:542961/284‑1 (MQ=255)
gATCAAACTCCAGACGGCAGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGACCAATCAGtt > 2:1508349/1‑287 (MQ=255)
aTCAAACTCCAGACGGCAGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCTCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCt > 2:445085/1‑289 (MQ=255)
cAGACGGCAGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCt < 1:664715/289‑1 (MQ=255)
aGACGGCAGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCCGTCGAACAATCAGTTGACTTTGGTccc > 2:1033630/1‑287 (MQ=255)
aGACGGCAGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCt > 1:160894/1‑288 (MQ=255)
aGACGGCAGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCt > 1:268592/1‑288 (MQ=255)
aGACGGCAGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAAGCGGCCAGTGGACCAATCAGTTGCTTTTGTTCCt > 2:1385232/1‑288 (MQ=255)
aGACGGCAGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTAGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGGTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCGGTTGCGTTGGGTCCTg > 2:625993/1‑289 (MQ=255)
aGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTAGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCAttt > 1:1923606/1‑289 (MQ=255)
tGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATttcgct > 1:788871/1‑289 (MQ=255)
ttttgtAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGTGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCTAATCGGCCAGTGGAACAAGCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATttcgcttc < 1:1726565/286‑1 (MQ=255)
acagccAGAAACCGCTTGCCCAGAAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACAGTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGGTCCAGTTAACCGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTa < 2:1290469/284‑1 (MQ=255)
gCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGt > 1:130224/1‑289 (MQ=255)
cTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTGTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAACCAGTTGCTTTTGGTCCGGCCCATTTCGCTTCGCCGCGAATGTTTCAatat > 2:1354599/1‑287 (MQ=255)
aTCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGa > 1:1877956/1‑289 (MQ=255)
tCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACAATGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGCAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGAt < 1:466646/289‑1 (MQ=255)
ggggCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGca < 2:609436/288‑1 (MQ=255)
ggggCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGca < 2:1418723/288‑1 (MQ=255)
ggggCACGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCAAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTAGTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCGTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGca < 2:354104/288‑1 (MQ=255)
gccagccaGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGcacc > 2:1530373/1‑287 (MQ=255)
ccagccagGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGTTGTTTGCAACACt > 2:1308330/1‑289 (MQ=255)
ccagccagGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGCTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCCCt > 1:1496497/1‑289 (MQ=255)
cagGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATc < 1:766137/289‑1 (MQ=255)
cggCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATcc < 2:805364/288‑1 (MQ=255)
cACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATcc < 1:1385232/286‑1 (MQ=255)
cACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATcc < 2:906902/286‑1 (MQ=255)
tACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATATATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAAAATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGTGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCACGTGCTTTTTGCACCATTTAATCCTGTTTCaa > 1:1813737/1‑289 (MQ=255)
tACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCg < 1:598636/246‑1 (MQ=255)
tACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACt > 1:1587004/1‑275 (MQ=255)
tACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACt < 2:1587004/275‑1 (MQ=255)
tACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCa > 1:1059057/1‑288 (MQ=255)
tACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGGAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCACGTGATTTTTGCACCCCTGAATCCTGGTTCa > 1:1002104/1‑288 (MQ=255)
gAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATttcgctt < 1:1184701/213‑1 (MQ=255)
gAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTcc > 1:493316/1‑288 (MQ=255)
gAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTAACTCCTGTTTCAACACCTTc > 2:1838170/1‑288 (MQ=255)
gAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCGTTTGGTCGTGCTCATTTGGCTTCGTCGGGAATGTTTTAAGATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTTATTTTTGCACATCTGCATCCGGTTTCAACACCTTcc > 2:100038/1‑288 (MQ=255)
aGCCGAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCTCGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGGAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGATTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTccga < 1:1009493/289‑4 (MQ=255)
aGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCATTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCTCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTTCACCACTGACTCCTGTTTCAACACtttacg > 2:1768106/1‑285 (MQ=255)
aGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTccga > 2:294635/1‑286 (MQ=255)
aGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTccga > 2:489745/1‑286 (MQ=255)
aGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTccga > 1:72873/1‑286 (MQ=255)
aGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTccga > 2:110684/1‑286 (MQ=255)
aGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTccga < 1:839697/289‑4 (MQ=255)
cAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTccgag < 1:350412/287‑5 (MQ=255)
cAAAAAACAGCATCAGGGAGGGGAAATGGATAAATCGCAGCGCGGTCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTccgag < 2:193208/287‑5 (MQ=255)
acaCCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGtt < 2:21088/287‑1 (MQ=255)
aCCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCCGAGAAGTTTa < 1:294635/289‑1 (MQ=255)
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|||
GCATTGCAGTGGCACTGATCAAACTCCAGACGGCAGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGGCTGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACGCTAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGGCTATCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCGCTGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAAGCTAGTGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTACTAG > CP042583/1605127‑1605684
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A