Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,617,785 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,617,785 | 0 | A | T | 100.0%
| 727.2
/ NA
| 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (157/147); total (157/147) |
| * | CP042583 | 1,617,786 | 0 | G | C | 99.7%
| 712.2
/ NA
| 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (157/146); minor base T (0/1); total (157/147) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,617,787 | 0 | T | A | 99.0%
| 713.5
/ ‑5.9
| 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (156/144); minor base C (0/3); total (157/147) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
TGTTAGCGAACCGACGGTGAATCGTTTCTGTCGCAGCATGGACACGCGCGGTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAAAGTTACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATAGTCTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTAGTGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTGCCCTCACCTCTGCGGGTACCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGAC > CP042583/1617505‑1618066
|||
ccGACGGTGAATCGTTTCTGTCGCAGCATGGACACGCGCGGTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTCCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCAcg > 1:399846/1‑289 (MQ=255)
gTGAATCGTTTCTGTCGCAGCATGGACACGCGCGGTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACCGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCAcgatgcg < 2:1855884/288‑1 (MQ=255)
gTCGCAGCATGGACACGCGCGGTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTACTCACTCAGGCAAAAAATATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCtt > 1:1699652/1‑289 (MQ=255)
caTGGACACGCGCGGTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGttt < 2:671848/288‑1 (MQ=255)
tGGACACGCGCGGTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTaa < 2:1624426/289‑1 (MQ=255)
tGGACACGCGCGGTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTaa < 1:944036/289‑1 (MQ=255)
gcgcgGTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCg < 2:1278440/289‑1 (MQ=255)
gcgcgGTTTTCCTGATTATAAACTTCACCTGACACAGAGACTGCCGCATGGCACTACCTATGTTAATCACAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTAAATCATCCACAGGTAAAATATTTAGGGCCGCAATGGCAACGCGTGTTCCTGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCg < 2:1494172/289‑1 (MQ=255)
cgcgGTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCAGTGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCgg > 1:551059/1‑289 (MQ=255)
ggggTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGGACCAGAGTGTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAAGATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAAGCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCgg < 2:1409893/286‑1 (MQ=255)
ttCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTa < 1:591772/289‑1 (MQ=255)
ttCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCAAAGAGTATGGAGAATGGCACTCCCTATGTTAATCTCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCACGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTa < 2:1216705/289‑1 (MQ=255)
ttcTGATTTTATACTTCTGTTGGAACAGGGTGGGGCGAATGGCAATCCTTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGAAAGCGTTGAGTCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGTATAAATCGGCCATCAGCCGCGGCGTCGATTTGCTCACTCAGGCTAAAAAAATCGCCTTTTTCGTATTAGGCTCTTTAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGGTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTAc < 2:1151756/287‑1 (MQ=255)
tCCTGATTTTAACCTTCATCTGGGACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACGCAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTAc < 2:106072/289‑1 (MQ=255)
cTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTc < 1:946676/289‑1 (MQ=255)
ggttttAAGCGTCCTCTGGCACTGCGTCTGGGGAATGGTACTCACTATGTTACTCGCAATGTCAAGTAGGATGCCGGCGGTGGCTCTTCCCCATGGAATATTTTTGAGTCCGCGATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAAGCTGCCATCAAACGCGCCGTAGGCTTGCTCACGCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTCCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTcc < 2:1757200/286‑1 (MQ=255)
ttttAAACTTCATCCGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCCTACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCga < 2:781317/288‑1 (MQ=255)
tttAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCgatg > 2:1556153/1‑289 (MQ=255)
tttAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCgatg > 1:694222/1‑289 (MQ=255)
acaCTTCATCTGGCACAGAGTCTGGGGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGata < 1:127193/287‑1 (MQ=255)
tCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGtg < 2:392882/289‑1 (MQ=255)
cATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACCTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGt > 2:1603304/1‑287 (MQ=255)
agagTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCAt < 1:1343665/289‑1 (MQ=255)
agagTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCAt > 1:1880376/1‑289 (MQ=255)
tGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGCTGATATCGTGCTGCAACGCATGAGttt > 1:13291/1‑288 (MQ=255)
ggCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGTTCACTCAGGCAAAAAAAATTGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAg > 2:209665/1‑285 (MQ=255)
ggCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGTTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAg < 1:209665/285‑1 (MQ=255)
aTGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATTaa > 1:100000/1‑289 (MQ=255)
ggCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGTAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATg < 2:1939723/285‑1 (MQ=255)
ggCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGTAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATg > 1:1939723/1‑285 (MQ=255)
ggCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAAtt > 1:362785/1‑289 (MQ=255)
ggCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAAtt > 1:1138015/1‑289 (MQ=255)
cTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTTCTTCAACGCATGAGTTGGATGAATTGTAg > 2:1786405/1‑289 (MQ=255)
gTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCCACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGgag > 2:1916235/1‑289 (MQ=255)
tCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCga > 1:1306392/1‑237 (MQ=255)
tCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCga < 2:1306392/237‑1 (MQ=255)
tCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGata > 1:145211/1‑242 (MQ=255)
tCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGtgctg > 2:603576/1‑250 (MQ=255)
tCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGtgctg < 2:1428755/250‑1 (MQ=255)
tCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGtgctg > 1:1428755/1‑250 (MQ=255)
tCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTTCTGCAACGCATGCGTTGTATGAATTGTATCGACGGATACgtg > 2:827499/1‑289 (MQ=255)
tCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACgtg > 2:1186207/1‑289 (MQ=255)
tCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACgtg > 2:289756/1‑289 (MQ=255)
tGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGGTCCAGTGGTGTACTCCGATGATACCGTGCTTCCACGCATGAGCTGTATGAATTGTATTGACGGCTACggtgtggtg > 2:1092738/1‑289 (MQ=255)
gTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGc < 1:641972/289‑1 (MQ=255)
cAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTg < 2:1138015/289‑1 (MQ=255)
aaGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTtc < 2:62612/289‑1 (MQ=255)
tGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGa > 1:1552301/1‑261 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
